| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 308,054 | (C)7→8 | coding (1279/2526 nt) | ecpC ← | ECP production outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 308,047 | 1 | . | C | 93.0% | 282.6 / 10.4 | 87 | coding (1286/2526 nt) | ecpC | ECP production outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/1); new base C (35/45); total (41/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.25e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TACCGCTGTAGACATTTTGATAGTAATCTGCCGTGTAATAATGGCTGTTGTAACGGCGGTCATCATTGTAGCTGATGCTGAATGTGCCCAGCTTCGACCACAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCG‑C‑C‑CC‑C‑CCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAG‑CCGGAGGTCGAGGCACCTGCTAGCCAACTCTCTTTAGCTGGTCGCGTCTTTTTCCCGTTTTCCGACCAGCGATCCATATGAAAGCTACCGCCCCATACCTGCCACGCCAGTGGTGCACCGACGCCGCGCCCCCGGCTAAACAGCTTATTGACCCGCTGGGTGCGTTTGCTGATCACGCGACCGTTAACGATC > NC_000913/307754‑308331 | tgacgcttgaGACGTTTTGAGAGTATAATTCAGTGGAAGGATGGCTGTGGTAACGTCTGTCATCATAGTAGACGGTGCTGTATGTGCCCCGGTTCGACCACGGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCAACGCTGCGTCGCATGTGAGTGCCAATGCGGGTTGTTTCCTGATGAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGCGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCAAGCATATTTTGCAGGTAAACGTTGATCG‑c‑c‑cc‑c‑cc < 2:890573/292‑1 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |