| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,810,153 | Δ1 bp | coding (537/738 nt) | ygaZ → | putative L‑valine exporter, norvaline resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,810,150 | 0 | T | . | 99.3% | 621.5 / ‑2.0 | 141 | coding (534/738 nt) | ygaZ | putative L‑valine exporter, norvaline resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base . (66/72); minor base A (0/1); total (66/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
GCTGCACTGACCGTCATGGCAATGGATGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGT‑AATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGGTTTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACG > NC_000913/2809851‑2810450 | ctgcACTGACCGTCATGCCAATGGATGTACGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGT‑AATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGGttt < 1:1048017/301‑1 (MQ=255) cGTCATGGCAATGGATGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATCCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGT‑AATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCgg > 1:466298/1‑301 (MQ=255) taaTGGCAATGTATGTGAGCCGTGTATTGTAAAGCCCGTCACAGAGGAGCCGAATTTTTCAGCGTCTGCAAAAAGCGAAAACCGCCCAGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCATGACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGT‑AATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTACTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGc < 2:465767/298‑1 (MQ=255) tGGCAATGGATGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGCACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGTTCTTCGCGGTTATTTGGTACGGT‑AATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCGTGCTGCAAGCTTATCCCGCCGTTGACGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCAct > 2:254748/1‑300 (MQ=255) aaTGGATGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGT‑AATAGGGGAATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCggtcttctttt > 2:1278061/1‑292 (MQ=255) aaTGGATGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGCGGGTATTTGGTACGGT‑AATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCTTTAGGtttatctactacacgccgcgtg > 1:305478/1‑282 (MQ=255) tCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGT‑AATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTc > 1:717674/1‑300 (MQ=255) 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ttATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCg < 1:418768/300‑1 (MQ=255) cccGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTgg > 1:698453/1‑301 (MQ=255) ccgccgTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTggg > 1:350127/1‑301 (MQ=255) cgTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAAt < 1:548950/301‑1 (MQ=255) aaGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATgccag > 1:1208913/1‑299 (MQ=255) tcTGCAGTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTGGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATgcccgcc < 2:1152822/300‑1 (MQ=255) tGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCCTTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCcca > 1:919824/1‑301 (MQ=255) gCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATgcccgccaga > 1:1154241/1‑298 (MQ=255) ttttATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACg < 1:59125/301‑1 (MQ=255) | GCTGCACTGACCGTCATGGCAATGGATGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGT‑AATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGGTTTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACG > NC_000913/2809851‑2810450 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |