| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,810,153 | Δ1 bp | coding (537/738 nt) | ygaZ → | putative L‑valine exporter, norvaline resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,810,150 | 0 | T | . | 98.6% | 629.5 / ‑0.1 | 144 | coding (534/738 nt) | ygaZ | putative L‑valine exporter, norvaline resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base . (69/72); minor base G (1/1); total (70/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
TGCTGCACTGACCGTCATGGCAATGGATGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGA‑ACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGTAATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGGTTTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGC‑GTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAAC > NC_000913/2809850‑2810444 | tgctgcACTGACCGTCATGGCAATGGATGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGA‑ACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGTAATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGGt < 2:449461/301‑1 (MQ=255) ccGTCATGGCAATGGATGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTGGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCTCCGCTGGAGCGAGA‑ACTGGATGATCGGCATTGCCTTCCGTGCATGGTCATCGTGGGTCTTTGGTACGGTAATACGGGCATTCTCCGGCAGTGGTTTGCTGCAATGCTACCCCGCCGTTGCACATGCTTTAGG‑TTTATGCttac > 1:1129441/1‑298 (MQ=255) ttCATGGCAATGTATTGTCGCAATGTTTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGACTGCAAACATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGA‑ACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGTAATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGc < 2:962916/300‑1 (MQ=255) aaTGGATGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGA‑ACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTCCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTTCGGTAATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAATGTTATCCCCCCGTCTACGCTGCATTTGG‑TTTATGCTTCCGGCAATAtttt > 1:406792/1‑300 (MQ=255) 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ttGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGC‑GTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGc < 2:1088266/301‑1 (MQ=255) tgcAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGC‑GTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg > 2:653499/1‑301 (MQ=255) gcAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCTCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGC‑GTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg > 1:156100/1‑300 (MQ=255) ccccGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGC‑GTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGtgtg < 1:1156819/300‑1 (MQ=255) ccgccgTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGC‑GTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTggg < 2:1026663/301‑1 (MQ=255) cgccgTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGC‑GTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGt > 2:422508/1‑301 (MQ=255) aaGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGC‑GTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATgcccg < 2:329742/301‑1 (MQ=255) gCATTAGG‑TTTATGCTGCCGGCATTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCGAACAATCGCTTTGAGTTACCGCAGCGCTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGC‑GTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACAAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCcca < 1:829732/300‑1 (MQ=255) cATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGC‑GTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCccaac < 2:1130799/301‑1 (MQ=255) | TGCTGCACTGACCGTCATGGCAATGGATGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGA‑ACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGTAATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGGTTTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGC‑GTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAAC > NC_000913/2809850‑2810444 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |