| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,354,228 | (T)7→8 | intergenic (‑178/‑497) | yhcC ← / → gltB | putative Fe‑S oxidoreductase, Radical SAM superfamily protein/glutamate synthase, large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,354,221 | 1 | . | T | 93.2% | 500.2 / 25.5 | 148 | intergenic (‑171/‑504) | yhcC/gltB | putative Fe‑S oxidoreductase, Radical SAM superfamily protein/glutamate synthase, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/6); new base T (67/70); total (72/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
CCACGCCCGATGGTACCGTCACGGTTAGGGCAGCTAAAACCGCCGTGCAGCGTCAGCTTATGCACCTTTTGCCCATAACGACGGGTGAGATCACCACCAAACATATTGACTAATTTCTGTAACTGCATAATCTGATAGACCGCGCCTTGAAAAGAGGCCAAAGCCTGCCATTTTTAGCTCAATTCGGCGATGACCTGGATCAATCGTCCCGGCCTGCTTTTATCAACTGCATAATCAATCAAAATTACCGAAATTTCATGCATAATCACATAAATCACTTTTGCTTATCTTGTGTCAGA‑T‑TTT‑T‑TTATCTCCTGATGGATTTTAGGCAAAAACAGTAGCATGAAACGTCATTACCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCG > NC_000913/3353923‑3354513 | ccacGCCCGATGGTACCGTCACGGTTAGGGCAGCTAAAACCGCCGTGCAGCGTCAGCTTATGCACCTTTTGCCCATAACGACGGGTGAGATCACCACCAAACATATTGACTAATTTCTGTAACTGCATAATCTGATAGACCGCGCCTTGAAAAGAGGCCAAAGCCTGCCATTTTTAGCTCAATTCGGCGATGACCTGGATCAATCGTCCCGGCCTGCTTTTATCAACTGCATAATCAATCAAAATTACCGAAATTTCATGCATAATCACATAAATCACTTTTGCTTATCTTGTGTCAGA‑t‑t < 1:204626/301‑1 (MQ=255) 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CCACGCCCGATGGTACCGTCACGGTTAGGGCAGCTAAAACCGCCGTGCAGCGTCAGCTTATGCACCTTTTGCCCATAACGACGGGTGAGATCACCACCAAACATATTGACTAATTTCTGTAACTGCATAATCTGATAGACCGCGCCTTGAAAAGAGGCCAAAGCCTGCCATTTTTAGCTCAATTCGGCGATGACCTGGATCAATCGTCCCGGCCTGCTTTTATCAACTGCATAATCAATCAAAATTACCGAAATTTCATGCATAATCACATAAATCACTTTTGCTTATCTTGTGTCAGA‑T‑TTT‑T‑TTATCTCCTGATGGATTTTAGGCAAAAACAGTAGCATGAAACGTCATTACCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCG > NC_000913/3353923‑3354513 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |