| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (72/60): total (73/61) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 3.41e-01 | ||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
GAATGACCCCATGTAGATCTTGGGAGGCCAGCCGTATGTTCTTGATCCCTAGAAGTTCCAGTTCGCGCAGGGATGAAAACACTTCCCATGTAGCCGCATCGATCCAATCTGAAACGCTTATACCTGAGTCTGTTAAAAAATTGTCTGTGCGTTTGTTGAGGTCATCGATGAGTTCCTGTCGACCTGGCTTATCTAGTCGGGCGTTTGGGCTGATCGTCAAGTACTCAAGGGTTTTGTTGACCTTTTCCTCTGTGACGATGGAGTACCTACGTCCAAGGGACAG‑GTCAGACTCACACTGCA‑‑‑‑‑TTGATTTGTGCAAAATTGAACTGCAGGGGATCGTCTTTTTATCAGCACCTTTTGAATTCTGAACGATGTCCGAAATGTTCCAACGTGTTTTGCCGGTGCTTTTTACCTGAACGAAGTCGATGTATCCATCAGATACAATGTCGATATCGTCTGTGACCTCGCAGCGCACACTGCGGATAGTCTTGTCACGAAGCATTCGGGTGACATGGTAAGCGGCTACGCAGTCCTGAAATAAGAAACCGTGCTTGGCGGCTACTCCGCCTGAATCGTTCGACTCCATTTAGACATCCGTGACAAT > NC_000913/2764574‑2765171 | gaATGACCCCATGTAGATCTTGGGAGTCCAGCCGTATGTTCTTGATACCTAGAAGTTCCAGTTCGCGCAGGGATGAAAACACTTCCCATGTAGCCGCATCGATCCAATCTGAAACGCTTATACCTGAGTCTGTTAAAAAATTGTCTGTGCGTTTGTTGAGGTCATCGATGAGTTCCTGTCGACCTGGCTTATCTAGTCGGGCGTTTGGGCTGATCGTCAAGTACTCAAGGGTTTTGTTGACCTTTTCCTCTGTTACGATTCAGTACCTACTTCCAAGGGCCAG‑GTCAGCCTCACACTGCA‑‑‑‑‑t > 1:113197/1‑301 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gCA‑‑‑‑‑TTGATTTGTGCAAAATTGAACTGCAGGGGATCGTCTTTTTATCAGCACCTTTTGAATTCTGAACGATGTCCGAAATGTTCCAACGTGTTTTGCCGGTGCTTTTTACCTGAACGAAGTCGATGTATCCATCAGATACAATGTCGATATCGTCTGTGACCTCGCAGCGCACACTGCGGATAGTCTTGTCACGAAGCATTCGGGTGACATGGTAAGCGGCTACGCAGTCCTGAAATAAGAAACCTTGCTTGGCGGCTACTCCGCCTGAATCGTTCGACTCCATTTAGACATCCGTGACAAt > 2:237936/1‑301 (MQ=255) | GAATGACCCCATGTAGATCTTGGGAGGCCAGCCGTATGTTCTTGATCCCTAGAAGTTCCAGTTCGCGCAGGGATGAAAACACTTCCCATGTAGCCGCATCGATCCAATCTGAAACGCTTATACCTGAGTCTGTTAAAAAATTGTCTGTGCGTTTGTTGAGGTCATCGATGAGTTCCTGTCGACCTGGCTTATCTAGTCGGGCGTTTGGGCTGATCGTCAAGTACTCAAGGGTTTTGTTGACCTTTTCCTCTGTGACGATGGAGTACCTACGTCCAAGGGACAG‑GTCAGACTCACACTGCA‑‑‑‑‑TTGATTTGTGCAAAATTGAACTGCAGGGGATCGTCTTTTTATCAGCACCTTTTGAATTCTGAACGATGTCCGAAATGTTCCAACGTGTTTTGCCGGTGCTTTTTACCTGAACGAAGTCGATGTATCCATCAGATACAATGTCGATATCGTCTGTGACCTCGCAGCGCACACTGCGGATAGTCTTGTCACGAAGCATTCGGGTGACATGGTAAGCGGCTACGCAGTCCTGAAATAAGAAACCGTGCTTGGCGGCTACTCCGCCTGAATCGTTCGACTCCATTTAGACATCCGTGACAAT > NC_000913/2764574‑2765171 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |