| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 573,890 | IS5 (–) +4 bp | 92.5% | intergenic (+20/‑63) | ylcG → / → quuD | uncharacterized protein, DLP12 prophage/DLP12 prophage; putative antitermination protein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 573890 = | 8 (0.070) | 87 (0.790) | 59/544 | NT | 91.5% | intergenic (+20/‑66) | ylcG/quuD | uncharacterized protein, DLP12 prophage/DLP12 prophage; putative antitermination protein |
| ? | NC_000913 | = 575785 | NA (NA) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 573893 | 8 (0.070) | 110 (1.000) | 77/544 | NT | 93.1% | intergenic (+23/‑63) | ylcG/quuD | uncharacterized protein, DLP12 prophage/DLP12 prophage; putative antitermination protein |
| ? | NC_000913 | 574591 = | NA (NA) | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
CGCCATCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATGCGTAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCT‑GGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGT‑CGGCGAAGGTAAGTTGATG‑ACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAGTCATTTTTGTCAAGCAGGTTGATTTTGTAATCAACGAAAGTAGACAT‑ATTTTTGTTGAAGTAATAGGTTGCACCTACATC‑AACATATTTGACTAAGTCCTGATCGCCCCATACTCCAAGATCCTTACCTTTAGATTGCAGGTAAGCAACGGACGGACGCAGACCGAAATCGAACTGATATTGTGCAACAGCTTCGAAGTTTTGGGCTTTATTAGCAACGAAGTGATCAGCAAATACAGTCATATTCTGGGTTTCAGAATAGGTAGTGGCCAGGTAAATGTTGTTAGCGTC > NC_000913/575492‑576084 | ggcCATGGCTCAGGTTGTACCAATGCGGCATGAAGGGAATGCGTAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTGGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCT‑GGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGT‑CGGCGAAGGTAAGTTGATG‑ACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTg < 1:890288/299‑1 (MQ=2)cgcCATCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATGCGTAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCT‑GGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGT‑CGGCGAAGGTAAGTTGATG‑ACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTg < 2:867059/300‑1 (MQ=11)cgcCATCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATGCGTAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCT‑GGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGT‑CGGCGAAGGTAAGTTGATG‑ACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTg < 2:737824/300‑1 (MQ=11)cgcCATCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATGCGTAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCT‑GGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGT‑CGGCGAAGGTAAGTTGATG‑ACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGa < 2:898380/301‑1 (MQ=11) 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aTGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCT‑GGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGT‑CGGCGAAGGTAAGTTGATG‑ACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAGTCATTTTTGTCAAGCAGGTTGATTTTGTAATCAACGAAAGTAGAc < 2:487968/301‑1 (MQ=255) gTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCT‑GGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGT‑CGGCGAAGGTAAGTTGATG‑ACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAGTCATTTTTGTCAAGCAGGTTGATTTTGTAATCAACGAAAGTAGACat‑a > 2:913827/1‑301 (MQ=255) ttCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCT‑GGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGT‑CGGCGAAGGTAAGTTGATG‑ACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAGTCATTTTTGTAAAGCAGGTTGATTTTGTAATCAACGAAAGTAGACAT‑Att < 2:667183/301‑1 (MQ=255) 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ccttccttAGTGAAGTCATTTTTGTCAAGCAGGTTGATTTTGTAATCAACGAAAGTAGACAT‑ATTTTTGTTGAAGTAATAGGTTGCACCTACATC‑AACATATTTGACTAAGTCCTGATCGCCCCATACTCCAAGATCCTTACCTTTAGATTGCAGGTAAGCAACGGACGGACGCAGACCGAAATCGAACTGATATTGTGCAACAGCTTCGAAGTTTTGGGCTTTATTAGCAACGAAGTGATCAGCAAATACAGTCATATTCTGGGTTTCAGAATAGGTAGTGGCCAGGTAAAtgt < 1:635017/295‑1 (MQ=255) ccttAGTGAAGTCATTTTTGTCAAGCAGGTTGATTTTGTAATCAACGAAAGTAGACAT‑ATTTTTGTTGAAGTAATAGGTTGCACCTACATC‑AACATATTTGACTAAGTCCTGATCGCCCCATACTCCAAGATCCTTACCTTTAGATTGCAGGTAAGCAACGGACGGACGCAGACCGAAATCGAACTGATATTGTGCAACAGCTTCGAAGTTTTGGGCTTTATTAGCAACGAAGTGATCAGCAAATACAGTCATATTCTGGGTTTCAGAATAGGTAGTGGCCAGGTAAATGTTGTTAGCGTc < 1:122520/301‑1 (MQ=255) ccttAGTGAAGTCATTTTTGTCAAGCAGGTTGATTTTGTAATCAACGAAAGTAGACAT‑ATTTTTGTTGAAGTAATAGGTTGCACCTACATC‑AACATATTTGACTAAGTCCTGATCGCCACATACTCCAAGATCCTTACCTTTAGATTGCAGGTAAGCAACGGACGGACGCAGACCGAAATCGAACTGATATTGTGCAACAGCTTCGAAGTTTTGGGCTTTATTAGCAACGAAGTGATCAGCAAATACAGTCATATTCTGGGTTTCAGAATAGGTAGTGGCCAGGTAAATGTTGTTAGCGTc < 2:313615/301‑1 (MQ=255) | CGCCATCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATGCGTAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCT‑GGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGT‑CGGCGAAGGTAAGTTGATG‑ACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAGTCATTTTTGTCAAGCAGGTTGATTTTGTAATCAACGAAAGTAGACAT‑ATTTTTGTTGAAGTAATAGGTTGCACCTACATC‑AACATATTTGACTAAGTCCTGATCGCCCCATACTCCAAGATCCTTACCTTTAGATTGCAGGTAAGCAACGGACGGACGCAGACCGAAATCGAACTGATATTGTGCAACAGCTTCGAAGTTTTGGGCTTTATTAGCAACGAAGTGATCAGCAAATACAGTCATATTCTGGGTTTCAGAATAGGTAGTGGCCAGGTAAATGTTGTTAGCGTC > NC_000913/575492‑576084 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |