| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1096961 = | 157 (0.890) | 52 (0.400) | 24/438 | 10.5 | 31.1% | intergenic (+132/+604) | ycdU/serX | putative inner membrane protein/tRNA‑Ser |
| ? | NC_000913 | = 1097503 | 116 (0.900) | intergenic (+674/+62) | ycdU/serX | putative inner membrane protein/tRNA‑Ser | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
GGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAG‑GAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGA‑TTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGG‑CACCCGGTGTGTGCAATATACG‑AAAAAAAAGCCCGTACTTT‑CGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTT‑GTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGA‑GCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCA > NC_000913/1096664‑1097256 | ggTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAG‑GAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGA‑TTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGT‑CACCCg > 1:948216/1‑301 (MQ=255) ttGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAG‑GAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGA‑TTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGG‑CACCCGgtgt < 2:1619386/301‑1 (MQ=255) ggCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAG‑GAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGA‑TTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGG‑CACCCGgggtgt > 1:1483352/1‑301 (MQ=255) cAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAG‑GAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGA‑TTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGG‑CACCCGGtgtgtg < 2:373018/300‑1 (MQ=255) aaCGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAG‑GAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGA‑TTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGG‑CACCCGGTGTGTGCa < 2:401676/301‑1 (MQ=255) ttGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAG‑GAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGA‑TTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGG‑CACCCGGTGTGTGCAAtata < 1:155336/301‑1 (MQ=255) tAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAG‑GAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGA‑TTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGG‑CACCCGGTGTGTGCAATATACG‑a > 2:1194299/1‑301 (MQ=255) gaGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAG‑GAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGA‑TTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGG‑CACCCGGTGTGTGCAATATACg < 2:1062191/299‑1 (MQ=255) aaTGGCGGATTTGGTTTGTAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTACTTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTCTGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAG‑GAAGTGATAGGAAGTGTCCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGCGTAACCAGACATTTGATGTTCTCGA‑TTTTACCTCGACTTAACACACGTGGCAGGGGG‑CACCTGGTGTGTGCATTAGTCG‑aaaa > 1:304364/1‑301 (MQ=255) aaTGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAG‑GAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGA‑TTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGG‑CACCCGGTGTGTGCAATATACG‑aa < 2:1006976/299‑1 (MQ=255) ggCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAG‑GAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGA‑TTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGG‑CACCCGGTGTGTGCAATATACG‑aaaaaaa > 1:1137629/1‑301 (MQ=255) gTTTGAAGCCTATTTGTTACGCTGCTATGTAATGTGCATTATTTAATATTGTGTAGAGTGTCGATTCCTGTGGCATAAGGATTGTATGAGGGCATGTGACAGGTAGTTGCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAG‑GAAGGGATAGGAAGTGAGCAGATAATACAGAGATGTTCTGTACTCTCTTGCGCAGTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGA‑TTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGG‑CACCCGGTGTGTGCAATATACG‑AAAAAAAAGCCCGTAc < 1:1533216/300‑1 (MQ=255) ccTATTTTTTGCTCGTCTATGTACCTTACTTAATTTACTATTTCGTCTATTGTCGTTTCCTCGGGCATAACGCTTTTATGATGTGCTGTCACATGTACTTCCGTGGGGCGCATTTTAATAAGGGAT‑GAAGTGAGAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGATTAACCAGACAGTTGATTTGCACGA‑TTTCCCCTCCCCCTAACAGATGGGGGCGGGGG‑CACCCGGTGTGTGCAACATACG‑AAAAAAAAGCCCGTACTTT‑CTTACg < 2:1137223/301‑1 (MQ=255) ccTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGTGCATTTTAATAAGTGAG‑GAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGA‑TTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGG‑CACCCGGTGTGTGCAATATACG‑AAAAAAAAGCCCGTACTTT‑CGTACg < 2:1137221/301‑1 (MQ=255) ccTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAG‑GAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGA‑TTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGG‑CACCCGGTGTGTGCAATATACG‑AAAAAAAAGCCCGTACTTT‑CGTACg < 2:1223406/301‑1 (MQ=255) cTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAG‑GAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGA‑TTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGG‑CACCCGGTGTGTGCAATATACG‑AAAAAAAAGCCCGTACTTT‑CGTACGa > 2:1531559/1‑301 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(MQ=9) ttattgtgCACGA‑TTCCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGCCGGGGG‑CACCCGTGGTGTGCAATATACG‑AAAAAAAACCCCGGACTTT‑CGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCTCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTT‑GTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGA‑GCTCTTCTTTAAATATGGCGGTg < 2:1049630/293‑1 (MQ=255) ttGATGTGCACGA‑TTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGG‑CACCCGGTGTGTGCAATATACG‑AAAAAAAAGCCCGTACTTT‑CTTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCTTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTT‑GTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGA‑GCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAggg < 2:1102363/301‑1 (MQ=255) gtgCACGA‑TTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGG‑CACCCGGTGTGTGCAATATACG‑AAAAAAAAGCACGGACGTG‑AGTAGGAGCGGGTCTGTACATAGGACCGGGAGGGGGGGATGCACTCGATTCGCACACCTCGCGCGCCGCCCCCTCCCGGCCGTCCTGGTAGCTCAAACTGGCTGttnnnnnnnnnnnnnnnca > 1:347221/1‑186 (MQ=255) gCACGA‑TTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGG‑CACCCGGTGTGTGCAATATACG‑AAAAAAAAGCCCGTACTTT‑CGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTT‑GTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGA‑GCTCTTCTTTAAATATGGCGGGGAGGGGGGGAtt > 2:880736/1‑301 (MQ=255) cACGA‑TTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGG‑CACCCGGTGTGTGCAATATACG‑AAAAAAAAGCCCGTACTTT‑CGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGCCTATCCACCCGGCTGTGGCCAGTT‑GTCTACCCCCGGTCGGTGCCTCCCATCCCCCCCGTTTGTGCAATACACCAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTAAGACGCTC‑TCTTTAAATATTGCCGTGGGGGGGGGAttt > 1:1481354/1‑300 (MQ=14) tctccgtcgccgaaCAGACGTGGGCGGTGG‑CAACCGGTTGTTGAAATATACG‑AAAAAAACTCCCGTACTTT‑CGTACGAGCACGTCTTGAAATTGGGCGGTGGGGGGGGTATTGCCTCGCCTGGCTCGCCCTGAGGGCAGCCCGTTCACTGCGTAGAAGGTATGTCCGAGTGGCTGTCGCCAGTC‑GTCGACCCCCGGTCAGGGCTTCTCGTCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGA‑GCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACtcgct < 1:109562/289‑1 (MQ=11) ccctcccTGACAGACGTGGGAGGGCG‑CCCCCGGTGTTTGCAATATACG‑AAAAAAAAGCCCGTACGTT‑CGTACGAGCTATTCTTTCATTATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCGGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGCCCAACTGGCTGTCGCCAGTT‑GTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGA‑GCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACtcgcttcgc < 2:1279138/297‑1 (MQ=11) gCCCTAACAGACGTGGGCGGGGG‑CACCCGGTGTGTGCAATATACG‑AAAAAAAAGCCCGTACTTT‑CGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTT‑GTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGA‑GCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGCTTGACTCGCTtcgctcg > 2:1546233/1‑301 (MQ=255) gaCAGGCGTGGGGGGGGG‑CACACGGTGTGTGCAATATACG‑AAAAAAAAGCCCGTGCTTG‑CGTACGAGCTGTTCTTTAAATATGGCGGTGGGGGGGGGTTTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCACCCCGCTCTCTGCGTTCACGGCCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTT‑GTCGACCCCCGGTGGGGGCGTCTCAGCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGA‑GCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGccc < 1:879746/298‑1 (MQ=11) cGGGGG‑CACCCGGTGTGTGCAATATACG‑AAAAAAAAGCCCGTACTTT‑CGTACGAGCTCTTTTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTT‑GTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGA‑GCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCg > 2:548123/1‑300 (MQ=25) | GGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAG‑GAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGA‑TTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGG‑CACCCGGTGTGTGCAATATACG‑AAAAAAAAGCCCGTACTTT‑CGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTT‑GTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGA‑GCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCA > NC_000913/1096664‑1097256 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |