| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 4039784 = | NA (NA) | noncoding (2266/2905 nt) | rrlA | 23S ribosomal RNA of rrnA operon | |||||
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AATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACTCAGTGAAATTGAACTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATC‑CGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCAGCTTGACTGCGAGCGTGA‑CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCATA‑GTGATCCGGTGGTTCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGG > NC_000913/3945680‑3946273 | attgggcgaacagccataccctggggacctaattcacccccatgatgtgatgagccgaaatcgaggtgccaaacaccgccgtcgagatgaactctggggcggtagcagcctgttatccccggagtaccttttatccgttgagcgatggcccttccattcagaaccaccggatcactatgacctgctttcgcacctgctcgcgccgtcacgctcgcagtcaagctggcttatgccattgcactaacctcctgatgtccgaccaggattagccaaccttcgtgctcctccgttactctttagg > 2:1138035‑M1/300‑301 (MQ=255) atgatgGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACTCAGTGAAATTGAACTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATC‑CGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACggg > 2:620233/1‑300 (MQ=14) aaatggcgaacagccatacccttgggacctacttcagccccaggatgtgatgagccgacatcgaggtgccaaacaccgccgtcgatatgaactcttgggcggtatcagcctgttatccccggagtaccttttatccgttgagcgatggcccttccattcagaaccaccggttcactatgacctgctttcgcacctgctcgcgccgtcacgctcgcagtcaagctggcttatgccattgcactaacctcctgatgtccgagcaggctcagccaaccttcgttctcctccgttactatttagg < 2:284463‑M1/2‑1 (MQ=255) aaatggcgaacagccatacccttgggacctacttcagccccaggatgtgatgagccgacatcgaggtgccaaacaccgccgtcgatatgaactcttgggcggtatcagcctgttatccccggagtaccttttatccgttgagcgatggcccttccattcagaaccaccggatcactatgacctgctttcgcacctgctcgcgccgtcccgctcgcagtcaagctggcttatgccattgcactaacctcctgctgtccgaccaggtttagccacccttcgtgctcctccgttcctctttagg < 2:989671‑M1/2‑1 (MQ=255) 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atggcgaacagccatacccttgggacctacgtcagccccaggatgtgatgagccgacatcgaggtgccaaacaccgccgtcgatatgaactcttgggcggtatcagcctgttatccccggagtaccttttatccgttgagcgatggcccttccattcagaaccaccggatcactatgacctgctttcgcacctgctcgcgccgtcacgctcgcagtcaagctggcttatgccattgcactaacctcctgatgtccgaccaggattagccaaccttcgtgctcctccgttactctttaggag > 1:481455‑M1/298‑301 (MQ=255) atggcgaacagccagacccttgggacctacgtcagccccaggatgtgatgagccgacatcgaggtgccaaacaccgccgtcgatatgaactcttgggcggtatcagcctgttatccccggagtaccttttatccgttgagcgatggcccttccattcagaaccaccggatcactatgacctgctttcgcacctgctcgcgccgtcacgctcgcagtcaagctggcttatgccattgcactaacctcctgatgtccgaccaggattagccaaccttcgtgctcctccgttactctttaggag > 2:812793‑M1/298‑301 (MQ=255) tggcgaaaagccatgcccgtgggacctacttcagcccctggatgtgatgagccgaaatcgaggtgcccaacaccgccgtcgatatgaactctggggctgtatcagcctggtatccccggagtaccttttatccgttgagctatggcccttccattcagaaccaccggatcactatgacctgctttcgcacctgctcgcgccgtcacgctcgcagtcaagctggcttatgccattgcactaacctcctgatgtccgaccaggattagccaaccttcgtgctcctccgttactctttaggagg > 1:252604‑M1/297‑301 (MQ=255) 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gccatacccttgggacctacttcagccccaggatgtgatgagccgacatcgaggtgccaaacaccgccgtcgatatgaactcttgggcggtatcagcctgttatccccggagtaccttttatccgttgagcgatggcccttccattcagaaccaccggatcactatgacctgctttcgcacctgctcgcgccgtcacgctcgcagtcaagctggcttatgccattgcactaacctcctgatgtccgaccaggattagccaaccttcgtgctcctccgttactctttaggaggatcc < 2:1005592‑M1/9‑4 (MQ=255) aCCCGAGACTCAGTGAAATTGAACTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATC‑CGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTaa > 2:701525/1‑301 (MQ=31) cGAGACTCAGTGAAATTGAACCCGGTGGAAAGATGCGGGGTACCCGCGTGAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCGTTAATGGAGCTGGACACTGAACATTGAGCCGTGATGTTTAGGATAGGGGGAAGGCTTTGAAGTGTGGACGGCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTTATGTTTGAGGTGCTAACGTGGACCCGTGATC‑CGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATcc < 1:1084347/301‑1 (MQ=11) 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agTAACGGAGAAGCACGAAGGTTGGCTAATCCGGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCAGCTGGACTGCGAGCGTGA‑CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCATA‑GTGATCCGGTGGTTCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGt < 2:699754/299‑1 (MQ=11) | AATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACTCAGTGAAATTGAACTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATC‑CGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCAGCTTGACTGCGAGCGTGA‑CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCATA‑GTGATCCGGTGGTTCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGG > NC_000913/3945680‑3946273 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |