| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,129,765 | 1 | .→A | 1.0% | 1.8 0.0 ‑0.3 | 205 | coding (1114/1218 nt) | wcaD | putative colanic acid polymerase |
| Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | ||||||||||
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (94/109): total (95/110) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 5.32e-01 | ||||||||||
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
AGGTTAAAGATACCATTGAGATTTTCCAGATACTCACGGGTGCCGTCGTTGGAACCGCCATCGACAACAATCCATTCGAAGCTGATATCTTCCACCTGCGCCAGATGCGCCAGCGAGGCATGTGTTTTGACTATCCCTTCGAGGTTACGAAACGCGACAGTGATTATGCTAAGCAACATGTTCTTATTCTTACCTCGTAATATTTAACGCTTTTCGCAAAATAAACGGACAGACGATTAAAAATGCATATTCCGGGCTAAATATCGAACCGGTAAAAAACAGCGA‑TACCGGAGT‑AAAAAGATATAATTGCACGCGAAAATTGCGGTTATCACCAAAAGCGTTGATCATCATTTTTATCACTTTCCCCATGTACCACAGTGATAAAAACACCGCGAACCAGGAAAAATAAATAATCAGCAGATACAAACCATTGTCTATGGTTTTTCCGACATCCGCACCGTTAAATATTCCGAATGATGCGACATATTCATAAAGTGAGCCAAATCTGACTACACCGTCAATATGGGTCAAAGAATAACCGACCATCACCAGCGGACCGACAATACGATAATATGATGACGATCCTTC > NC_000913/2129472‑2130059 | aGGTTAAAGATACCATTGAGATTTTCCAGATACTCACGGGTGCCGTCGTTGGAACCGCCATCGACAACAATCCATTCGAAGCTGATATCTTCCACCTGCGCCAGATGCGCCAGCGAGGCATGTGTTTTGACTATCCCTTCGAGGTTACGAAACGCGACAGTGATTATGCTAAGCAACATGTTCTTATTCTTACCTCGTAATATTTAACGCTTTTCGCAAAATAAACGGACAGACGATTAAAAATGCATATTCCGGGCTAAATATCGAACCGGTAAAAAACAGCGA‑AACCGGAGT‑AAAAAGa > 2:210639/1‑301 (MQ=255) ggTTAAAGATACCATTGAGATTTTCCAGATACTCACGGGTGCCGTCGTTGGAACCGCCATCGACAACAATCCATTCGAAGCTGATATCTTCCACCTGCGCCAGATGCGCCAGCGAGGCATGTGTTTTGACTATCCCTTCGAGGTTACGAAACGCGACAGTGATTATGCTAAGCAACATGTTCTTATTCTTACCTCGTAATATTTAACGCTTTTCGCACAATAAACGGCCAGACCATTAAAACTGCATATTCCGGGCTAAATATCGACCCGGTAACAAACAGCGA‑ACCCGGAGT‑AACAAGaa > 2:647916/1‑300 (MQ=255) gTTAAAGATACCATTGAGATTTTCCAGATACTCACGGGTGCCGTCGTTGGAACCGCCATCGACAACAATCCATTCGAAGCTGATATCTTCCACCTGCGCCAGATGCGCCAGCGAGGCATGTGTTTTGACTATCCCTTCGAGGTTACGAAACGCGACAGTGATTATGCTAAGCAACCTGTTCTTATTCTTACCTCGTAATATTTAACGCTTTTCGCAAAATCAACGGACAGACGATTAAAAATGCATATTCCGGGCTAAATACCAAACCGGTAAAAAACAACAA‑TACCGGCAT‑aaaaaaaaa > 1:1351033/1‑297 (MQ=255) aaaGATACCATTGAGATTTTCCAGATACTCACGGGTGCCGTCGTTGGAACCGCCATCGACAACAATCCATTCGAAGCTGATATCTTCCACCTGCGCCAGATGCGCCAGCGAGGCATGTGTTTTGACTATCCCTTCGAGGTTACGAAACGCGACAGTGATTATGCTAAGCAACATGTTCTTATTCTTACCTCGTAATATTTAACGCTTTTCGCAAAATAAACGGACAGACGATTAAAAATGCATATTCCGGGCTAAATATCGAACCGGTAAAAAACAGCGA‑TACCGGAGT‑AAAAAGATATaa > 2:912905/1‑301 (MQ=255) aaGATACCATTGAGATTTTCCAGATACTCACGGGTGCCGTCGTTGGAACCGCCATCGACAACAATCCATTCGAAGCTGATATCTTCCACCTGCGCCAGATGCGCCAGCGAGGCATGTGTTTTGACTATCCCTTCGAGGTTACGAAACGCGACAGTGATTATGCTAAGCAACATGTTCTTATTCTTACCTCGTAATATTTAACGCTTTTCGCAAAATAAACGGACAGACGATTAAAAATGCATATTCCGGGCTAAATATCGAACCGGTAAAAAACAGCGA‑TACCGGAGT‑AAAAAGATATAAt < 2:117447/301‑1 (MQ=255) aatcccATTGGGCTTTTCCAGGTACCAACGGTTGCCGTCGTTGGAACCGCCATCGACAACAATCCATTCGAAGCTGATATCTTCCACCTGCGCCAGATGCGCCAGCGAGGCATGTGTTTTGACTATCCCTTCGAGGTTACGAAACGCGACAGTGATTATGCTAAGCAACATGTTCTTATTCTTACCTCGTAATATTTAACGCTTTTCGCAAAATAAACGGACAGACGATTAAAAATGCATATTCCGGGCTAAATATCGAACCGGTAAAAAACAGCGA‑TACCGGAGT‑AAAAAGATATAATTg < 1:912897/297‑1 (MQ=255) aaTACCATTGAGATTTTCCAGATACTCACGGGGGCCGTCGTTGGAAACGCCAACGACAACAATCCATTCGAAGCTGATATCTTCCACCTGCGCCAGATGCGCAAGCGAGGCATGTGTTTTGACTATCCCTTCGAGGTTACGAAACGCGACAGTGATTATGCTAAGCAACATGTTCTTATTCTTACCTCGTAATATTTAACGCTTTTCGCAAAATAAACGGACAGACGATTAAAAATGCATATTCCGGGCTAAATATCGAACCGGTAAAAAACAGCGA‑TACCGGAGT‑AAAAAGATATAATTg < 1:632524/300‑1 (MQ=255) atacaagtgagtatgttcAGGTACTCACGGGTGCCGTCGTTGGAACCGCCAGCGACACAAATCCATTCGAAGGTGATAGCTGCCAACTGCGCCAGATGCGCCAGCGAGGCATGTGTTTTGACTATGCCTTCGAGGTTACGAAACGCGACAGTGATTATGCTAAGCAACATGTTCTTATTCTTACCTCGTAATAGTTAACGCTTTTCGCAAAATAAACGGACAGACGATTAAAAATGCATATTCCGGGATAAATATCGAACCGGTAAAAAACAGCGA‑TACCGGAGT‑AAAAAGATATAATTg < 1:222568/283‑1 (MQ=255) aTACCATTGAGATTTTCCAGATACTCACGGGTGCCGTCGTTGGAACCGCCATCGACAACAATCCATTCGAAGCTGATATCTTCCACCTGCGCCAGATGCCCCAGCGAGGCATGTGTTTTGACTATCCCTTCGAGGTTACGAAACGCGACAGTGATTACGCTAAGCAACATGTTCTTATTCTTACCTCGTAATATTTAACGCTTTTCGCAAAATAAACGGACAGACGATTACAAATCAAAATTCAGGGCTAAATATCGAAACGTAAAAAAAAAGAGA‑AACCGAAGT‑AAAAAAATATAATTga > 1:550319/1‑300 (MQ=255) ccATTGAGATTTTCCAGATACTCACGGGTGCCGTCGTTGGAACCGCCATCGACAACAATCCATTCGAAGCTGATATCTTCCACCTGCGCCAGATGCGCCAGCGAGGCATGTGTTTTGACTATCCCTTCGAGGTTACGAAACGCGACAGTGATTATGCTAAGCAACATGTTCTTATTCTTACCTCGTAATCTTTAACGCTTTTCGCACAATAAACGGACAGACGATTAAAAATGCATATTCCGGGCTAAATAGCGACCCGGTAAAAAACAGCGA‑TACCGGAGT‑ACAACGATATAATTGAAcg > 2:679924/1‑301 (MQ=255) 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gccagtcgtggtgaacGCCAGCGACAACCATCCATTCCAAGGTGAGATCTGCCACCTGTGCCAGAGGGTCCAGGGATGCATGGTGTTTGACGATCCCTTCTAGGTTACGAAAAGCGACAGTGATTATGCTAAGTAACATGTTCTTATGCTGACCTCGTAATATTTAACGCTTTTCGCAAAATAAACGGACAGACGAGTAAAAATTCATATTCCGGGCGAAATATCGAACCGGTAAAAAACAGCGA‑TACCGGAGT‑AAAAAGATATAATTGCACGCGAAAATTGCGGTTATCACCAAAAGCg < 1:1255473/285‑1 (MQ=255) tcgtTGGAACATCCATCGACAAAAAGCCATGCGAGGCTGATACCTTCCACCTGCTCCAGATGATCCAGCTAGTCATGTGTTTTGACTATCCCGTCTATGTTACGAAACGCGACAGTGATTATGCTAAGCAACATGTTCTTATTCTTACCTCTGAATATTTAACGCGTTTCGCAAAAGAAACGGACAGACGATTAAAAATGCATATTCCGGGCTAAATATCGAACCGGTAAAAAACAGCGA‑TACCGGAGT‑AAAAAGTTATAATTGCACGCGAAAATTGCGGTTATCACCAAAAGCGTTGatc < 1:148009/301‑1 (MQ=255) aTCGACAACAATCCATTCGAAGCTGATATCTTCCCCCTGCGCCAGATGCGCCAGCGAGGCATGTGTTTTGACTATCCCTTCGAGGTTACGAAACGCGACAGTGATTATGCTAAGCAACATGTTCTTATTCTTACCTCGTAATATTTAACGCTTTTCGCAAAATAAACGGACAGACGATTAAAAATGCATATTCCGGGCTAAATATCGAACCGGTAAAAAACAGCGA‑TACCGGAGT‑AAAAAGATATAATTGCACGCGAAAATTGCGGTTATCACCAAAAGCGTTGATCATCATTTTTATCAc < 2:252349/301‑1 (MQ=255) aTCGACAACAATCCATTCGAAGCGTATATCTTCCACCTGCGCCAGATGCGCAAGCGAGGCATGTGTTTTGACTATCCCTTCGAGGTTACGAAACGCGACAGTGATTATGCTAAGCAACATGTTCTTATTCTTACCTCGTAATATTTAACGCTTTTCGCAAAATAAACGGACAGACGATTAAAAATGCATATTCCGGGCTAAATATCGAACCGGTAAAAAACAGCGA‑TACCGGAGT‑AAAAAGATATAATTGCACGCGAAAATTGCGGTTATCACCAAAAGCGTTGATCATCATTTTTATCAc < 2:828342/301‑1 (MQ=255) aacaaTCCATTCGAAGCTGATATCTTCCACCTGCGCCAGATGCGCCAGCGAGGCATGTGTTTTGACTATCCCTTCGAGGTTACGAAACGCGACAGTGATTATGCTAAGCAACATGTTCTTATTCTTACCTCGTAATATTTAACGCTTTTCGCAAAATAAACGGACAGACGATTAAAAATGCATATTCCGGGCTAAATATCGAACCGGTAAAAAACAGCGA‑TACCGGAGT‑AAAAAGATATAATTGCACGCGAAAATTGCGGTTATCACCAAAAGCGTTGATCATCATTTTTATCACTTTccc < 2:1351060/301‑1 (MQ=255) caaTCCATTCGAAGCTGATATCTCCCACCGCCGCCAGATGCGCCATCGAGGCATGTGTTTTGACTATCCCTGCGAGGTTACGAAACGCGACAGTGATTATGCTAAGCAACATGTTCTTATTCTTACCTCGTAATATTTAACGCTTTTCGCAAAATAAACGGACAGACGATTAAAAATGCATATTCCGGGCTAAATATCGAACCGGTAAAAAACAGCGA‑TACCGGAGT‑AAAAAGATATAATTGCACGCGAAAATTGCGGTTATCACCAAAAGCGTTGATCATCATTTTTATCACTTTCCCCa < 2:1238159/301‑1 (MQ=255) 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agtcaggtgtttctccTACCCCTGCTAGGTTACGAAACGCGAACGTGATTATGCTAAGCAACATGGTATTATGCTTACCTCGTAATATTTAACGCTTTTCGCAAAATAAACGGACAGACGATTAAAAATTCATATTCCGGGCTAAATATCGAACCGGTAAAAAACAGCGA‑TACCGGAGT‑AAAAAGATATAATTGCACGCGAAAATTGCGGTTATCACCAAAAGCGTTGATCATCATTTTTATCACTTTCCCCATGTACCACAGTGATAAAAACACCGCGAACCAGGAAAAATAAATAATc < 1:109365/285‑1 (MQ=255) gtgtTTTGACTATCCCTTCGAGGTTACGAAACGCGACAGTGATTATGCTAAGCAACATGTTCTTATTCTTACCTCGTAATATTTAACGCTTTTCGCAAAATAAACGGACAGACGATTAAAAATGCATATTCCGGGCTAAATATCGAACCGGTAAAAAACAGCGA‑TACCGGAGT‑ACAAAGATATAATTGCACGCGAAAATTGCGGTTATCACCAAAAGCGTTGATCATCATTTTTATCACTGTCCCCATGTACCACAGTGATAAAAACACCGCGAACCAGGAAAAATAAATACTCAGAAGAt > 2:1084011/1‑301 (MQ=255) gtgtTTTGACTATCCCTTCGAGGTTACGAAACGCGACAGTGATTATGCTAAGCAACATGTTCTTATTCTTACCTCGTAATATTTAACGCTTTTCGCAAAATAAACGGACAGACGATTAAAAATGCATATTCCGGGCTAAATATCGAACCGGTAAAAAACAGCGA‑TACCGGAGT‑AAAAAGATATAATTGCACGCGAAAATTGCGGTTATCACCAAAAGCGTTGATCATCATTTTTATCACTTTCCCCATGTACCACAGTGATAAAAACACCGCGAACCAGGAAAAATAAATAATCAGCAGAt > 2:545797/1‑301 (MQ=255) 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AGGTTAAAGATACCATTGAGATTTTCCAGATACTCACGGGTGCCGTCGTTGGAACCGCCATCGACAACAATCCATTCGAAGCTGATATCTTCCACCTGCGCCAGATGCGCCAGCGAGGCATGTGTTTTGACTATCCCTTCGAGGTTACGAAACGCGACAGTGATTATGCTAAGCAACATGTTCTTATTCTTACCTCGTAATATTTAACGCTTTTCGCAAAATAAACGGACAGACGATTAAAAATGCATATTCCGGGCTAAATATCGAACCGGTAAAAAACAGCGA‑TACCGGAGT‑AAAAAGATATAATTGCACGCGAAAATTGCGGTTATCACCAAAAGCGTTGATCATCATTTTTATCACTTTCCCCATGTACCACAGTGATAAAAACACCGCGAACCAGGAAAAATAAATAATCAGCAGATACAAACCATTGTCTATGGTTTTTCCGACATCCGCACCGTTAAATATTCCGAATGATGCGACATATTCATAAAGTGAGCCAAATCTGACTACACCGTCAATATGGGTCAAAGAATAACCGACCATCACCAGCGGACCGACAATACGATAATATGATGACGATCCTTC > NC_000913/2129472‑2130059 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |