| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,474,174 | 1 | .→C | 0.9% | 0.1 0.0 ‑0.0 | 218 | intergenic (‑93/+4) | rpsG/rpsL | 30S ribosomal subunit protein S7/30S ribosomal subunit protein S12 |
| Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (103/113): total (104/114) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.93e-01 | ||||||||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
CACGTTTTCGAGAGCTACTTCGAATGCTTCCAGTTCAGATTTACCAGAGCGCTGAGCCAGGGTCTCCAGCGCGCTGTATACGATAGATTCAGCAGTAGATTTTTTACCATCTACCATCAGGATATTTACAAATTTAGCCAGCAGTTCTGATCCGAACTTCGGATCCGGCAGAATTTTACGCTGACCAATGACGCGACGACGTGGCATGGAAATACTCCGTTGTTAATTCAGGATTGTCCAAAACTCTACGAGTTTAGTTTGACATTTAAGTTAAAACGTTTGGCCTTACTTAACGGAGAA‑CCATTAAGCCTTAGGACGCTTCACGCCATACTTGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACCCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCAGGTTGTGACCTTCACCACCGATGTAGGAAGTCACTTCGAAACCGTTAGTCAGACGAACACGGCATACTTTACGCAGCGCGGAGTTCGGTTTTTTAGGAGTGGTAGTATATACACGAGTACATACGCCACGTTTTTG > NC_000913/3473875‑3474468 | cACGTTTTCGAGAGCTACTTCGAATGCTTCCAGTTCAGATTTACCAGAGCGCTGAGCCAGGGTCTCCAGCGCGCTGTATACGATAGATTCAGCAGTAGATTTTTTACCATCTACCATCAGGATATTTACAAATTTAGCCAGCAGTTCTGATCCGAACTTCGGATCCGGCAGAATTTTACGCTGACCAATGACGCGACGACGTGGCATGGAAATACTCCGTTGTTAATTCAGGATTGTCCAAAACTCTACGAGTTTAGTTTGACATTTAAGTTAAAACGTTTGGCCTTACTTAACGGAGAA‑c < 2:1223614/301‑1 (MQ=255) tttCGAGAGCTACTTCGAATGCTTCCAGTTCAGATTTACCAGAGCGCTGAGCCAGGGTCTCCAGCGCGCTGTATACGATAGATTCAGCAGTAGATTTTTTACCATCTACCATCAGGATATTTACAAATTTAGCCAGCAGTTCTGATCCGAACTTCGGATCCGGCAGAATTTTACGCTGACCAATGACGCGACGACGTGGCATGGAAATACTCCGTTGTTAATTCAGGATTGTCCAAAACTCTACGAGTTTAGTTTGACATTTAAGTTAAAACGTTTGGCCTTACTTAACGGAGAA‑CCATTa < 2:392028/301‑1 (MQ=255) tttCGAGAGCTACTTCCAATGGTTCCAGTTAAAATTTACCCAGGCGCTTGGCCAGGGTTTCCAGCGCGCTGTATACGATAGATTCAGCAGTAGATTTTTTACCATCTACCATCAGGATATTTACAAATTTAGCCAGCAGTTCTGATCCGAACTTCGGATCCGGCAGAATTTTACGCTGACCAATGACGCGACGACGTGGCATGGAAATACTCCGTTGTTAATTCAGGATTGTCCAAAACTCTACGAGTTTAGTTTGACATTTAAGTTAAAACGTTTGGCCTTACTTAACGGAGAA‑CCATTa < 2:698723/301‑1 (MQ=255) agtgCTACTGCGAATGCTTCCAGTTCAGATTTACCAGAGCGCTGAGACAGGGTCTCCAGCGCGTTGTATACGATAGATTCAGCAGTAGAGTTTTTACCATCTACCATCAGGATAGTTACAAATTTAGCCAGCAGTTCTGATCCGAACTTCGGATCCGGCAGACTTTTACGCTGACCAATGACGCGACGACGTGGCATGGAAATACTCCGTTGTTAATTCAGGATTGTCAAAAACTCTACGAGTTTAGTTTGACATTTAAGTTAAAACGTTTGGCCTTACTTAACGGAGAA‑CCATTAAGcc < 2:1493967/297‑1 (MQ=255) 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cGGAGAA‑CCATTAAGCCTTAGGACGCTTCACGCCATACTTGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACCCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCAGGTTGTGACCTTCACCACCGATGTAGGAAGTCACTTCGAAACCGTTAGTCAGACGAACACGGCATACTTTACGCAGCGCGGAGTTCGGTTTTTTAGGAGTGGTAGTATATACACGAGTACATACGCCACGTTTTTg < 2:240878/301‑1 (MQ=255) | CACGTTTTCGAGAGCTACTTCGAATGCTTCCAGTTCAGATTTACCAGAGCGCTGAGCCAGGGTCTCCAGCGCGCTGTATACGATAGATTCAGCAGTAGATTTTTTACCATCTACCATCAGGATATTTACAAATTTAGCCAGCAGTTCTGATCCGAACTTCGGATCCGGCAGAATTTTACGCTGACCAATGACGCGACGACGTGGCATGGAAATACTCCGTTGTTAATTCAGGATTGTCCAAAACTCTACGAGTTTAGTTTGACATTTAAGTTAAAACGTTTGGCCTTACTTAACGGAGAA‑CCATTAAGCCTTAGGACGCTTCACGCCATACTTGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACCCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCAGGTTGTGACCTTCACCACCGATGTAGGAAGTCACTTCGAAACCGTTAGTCAGACGAACACGGCATACTTTACGCAGCGCGGAGTTCGGTTTTTTAGGAGTGGTAGTATATACACGAGTACATACGCCACGTTTTTG > NC_000913/3473875‑3474468 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |