| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,066,308 | A→T | 8.0% | I289N (ATT→AAT) | ygfI ← | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,066,308 | 0 | A | T | 8.0% | 239.4 / 8.7 | 81 | I289N (ATT→AAT) | ygfI | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/31); new base T (3/4); total (46/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.74e-01 | |||||||||||
ATCTCAACCGTCGTGCCAATGTGCAGCCATGTTGATCACAGCGAACACAGCGTCAAAGTGATCATCACCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTA‑TCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATATGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATCAAAATATTTCAGCGTTGCCGGATTCACCAGTCGCCAGGCAAAATGCGGGATCACCGTCAGAAAATGTCCGCGCTCCACGGCGCTGATTTTGGCCATAAAACTGTAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGTCGCATATTCGCATCAATCATTGCTTCGAAGTTGGCCCGGTTCTGAAAGCGCATTTGTAGCCAGGGCAGCTCC > NC_000913/3066011‑3066607 | aTCTCAACCGTCGTGCCAATGTGCAGCCATGTTGATCACAGCGAACACAGCGTCAAAGTGATCATCACCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTA‑TCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAA‑CTTCAGCAataa > 2:317170/1‑300 (MQ=255) gggaaCCGTTGTGCGAATGTGCGGCCAGGTTGATCACAGCGAACACAGCGTCAAAGTGATCATCACCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTA‑TCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATATGc < 1:439953/298‑1 (MQ=255) cgtGCCAATGTGCAGCCATGTTGATCACAGCGAACACAGCGTCAAAGTGATCATCACCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACCTCCTATGTATCGGGATTA‑TCTGCATCGCTATCTGGACAATGCGCCTGGCGGACCTATTCACCACGATCTTCGCCACGTCTTCGCCTTACACCCTAATTAAATTGAAACCGGCCCGAAGCCGGGCAACTGACTCGACCCCTTCAGAT‑CTTCCGCAATATGCTGACGccac > 1:1778/1‑298 (MQ=255) cgtGCCAATGTGCAGCCATGTTGATCACAGCGAACACAGCGTCAAAGTGATCATCACCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTA‑TCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGCCACGATGCTTCAGCATATTGCTGAAgatc < 2:78503/301‑4 (MQ=255) cgtGCCAATGTGCAGCCATGTTGATCACAGCGAACACAGCGTCAAAGTGATCATCACCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTA‑TCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACCCGTCCCCTCACGAT‑CTTCAGCAATATGCTGACGCATc > 1:591525/1‑301 (MQ=255) aaTGTGCAGCCATGTTGATCACAGCGAACACAGCGTCAAAGTGATCATCACCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTA‑TCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGCCACGATGCTTCAGCATATTGCTGAAG‑ATCGTGACg < 2:37854/301‑1 (MQ=255) tgttCAGCCATGTTGATCACAGCGAACACAGCGTCAAAGTGATCATCACCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTA‑TCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGATGCTTCAGCATATTGCTGAAG‑ATCGTGACggg < 2:303556/301‑2 (MQ=255) 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tCTGCTCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTA‑TCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATATGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATCaaaa < 2:300789/301‑1 (MQ=255) gTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTA‑TCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑ATTCAGCAATATGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGAATCAAAATATTTCaa > 2:416257/1‑300 (MQ=255) ttttCCCCTCTTCAACTCGCCCGCACTTTCATTGTTAATTGTGCACATCCTTTGTATCGGGATTA‑TCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATATGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATCAAAATATTTCAGCg < 1:199399/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |