| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,335,654 | 0 | T | A | 9.8% | 144.0 / 5.8 | 51 | intergenic (‑64/+40) | eptA/adiC | lipid A phosphoethanolamine transferase/arginine:agmatine antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/22); new base A (3/2); total (27/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.19e-01 | |||||||||||
GCCAGTGGTCGATTAAGCCATAAGAAAGAGCTTAGTGTCAGGACAATATTAATCACGCTGAAAGCGACGACCGGCATCGACAAGAAAACCAGTACGTTATGCAGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAACCTCTTTCGCTCCGGACCCCACCACGGCCCAGATGCAGTAGAGGAAGGCAATGGTAGTAACTGCCAGATATGCCGGGCGTGCTTTACCAAAGTGACCGTGTCCGAGCAGCAGTAACGCCGCACAGGTGTAAAGATATGGCACCAGT > NC_000913/4335355‑4335949 | gcCAGTGGTCGATTAAGCCATAAGAAAGAGCTTAGTGTCAGGACAATATTAATCACGCTGAAAGCGACGACCGGCATCGACAAGAAAACCAGTACGTTATGCAGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAACGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAAACTTAAGtt > 2:135135/1‑301 (MQ=255) 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gctcttccgattttgCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAAGCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAACCTCTTTCGCTCCGGACCCCACCACGGCCCAGATGCAGTAGAGGAAGGCAATGGTAGTAACTGCCAGATATGCCGGGCGTGCTTTACCAAAGTGACCGTGTCCGAGCAGCAGTAACGCCGCACAg < 1:533601/287‑1 (MQ=255) a‑aT‑TAAGTGTACCTTAATTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGGTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTGTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAACCTCTTTCGCTCCGGACCCCACCACGGCCCAGATGCAGTAGAGGAAGGCAATGGTAGTAACTGCCAGATATGCCGGGCGTGCTTTACCAAAGTGACCGTGTCCGAGCAGCAGTAACGCCGCACAGGTGTAAAg < 2:18301/301‑1 (MQ=255) a‑aT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCACGGTGACAAATGACCACATAACCTCTTTCGCTCCGGACCCCACCACGGCCCAGATGCAGTAGAGGAAGGCAATGGTAGTAACTGCCAGATATGCCGGGCGTGCTTTACCAAAGTGACCGTGTCCGAGCAGCAGTAACGCCGCACAGGTGTaaaa > 2:161907/1‑300 (MQ=255) aGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAACCTCTTTCGCTCCGGACCCCACCACGGCCCAGATGCAGTAGAGGAAGGCAATGGTAGTAACTGCCAGATATGCCGGGCGTGCTTTACCAAAGTGACCGTGTCCGAGCAGCAGTAACGCCGCACAgagatcggaagaga > 2:534274/1‑288 (MQ=255) gCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAACCTCTTTCGCTCCGGACCCCACCACGGCCCAGATGCAGTAGAGGAAGGCAATGGTAGTAACTGCCAGATATGCCGGGCGTGCTTTACCAAAGTGACCGTGTCCGAGCAGCAGTAACGCCGACAAGGAGTAAAGAAATgg > 1:630166/1‑301 (MQ=255) ccAACCTTAAGAACTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAACCTCTTTCGCTCCGGACCCCACCACGGCCCAGATGCAGTAGAGGAAGGCAATGGTAGTAACTGCCAGATATGCCGGGCGTGCTTTACCAAAGTGACCGTGTCCGAGCAGCAGTAACGCCGCACAGGAGTAAAGATATgga > 2:93840/1‑300 (MQ=255) cAACCTTAAGAACTTAAGGTTGGC‑TTAAT‑TTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCCGGGTGACAACTGACCACCTAACCTCTTTCGCTCCGGACCCCACCCCGGCCCAGATGCCGTAGAGGAAGGCAATGGTAGTAACTGCCAGACATACCGGGCGTGCTTTACAAAAGTAACCACGTCCGAGCAACAATAACGCAGCACAACTGTAAAAAAATgacccc > 1:512077/1‑296 (MQ=255) tttAAGTTCTTAAGGTTGGTTTTTATGTTTGCTGGATTTAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTGTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAACCTCTGTCGCTCCGGACCCCACCACGGCCCAGATGCAGTAGAGGAAGGCAATGGTAGTAACTGCCAGATATGCCGGGCGTGCTTTACCAAAGTGACCGTGTCCGAGCAGCAGTAACGCCGCACAGGTGTAAAGATATGGCACCAg < 1:532165/300‑1 (MQ=255) ttAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAACCTCTTTCGCTCCGGACCCCACCACGGCCCAGATGCAGTAGAGGAAGGCAATGGTAGTAACTGCCAGATATGCCGGGCGTGCTTTACCAAAGTGACCGTGTCCGAGCAGCAGTAACGCCGCACAGGTGTAAAGATATGGCACCAgt < 2:93610/301‑1 (MQ=255) | GCCAGTGGTCGATTAAGCCATAAGAAAGAGCTTAGTGTCAGGACAATATTAATCACGCTGAAAGCGACGACCGGCATCGACAAGAAAACCAGTACGTTATGCAGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAA‑AT‑TAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAACCTCTTTCGCTCCGGACCCCACCACGGCCCAGATGCAGTAGAGGAAGGCAATGGTAGTAACTGCCAGATATGCCGGGCGTGCTTTACCAAAGTGACCGTGTCCGAGCAGCAGTAACGCCGCACAGGTGTAAAGATATGGCACCAGT > NC_000913/4335355‑4335949 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |