| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,390,406 | T→G | 9.5% | intergenic (‑46/+51) | psd ← / ← rsgA | phosphatidylserine decarboxylase/ribosome small subunit‑dependent GTPase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,390,406 | 0 | T | G | 9.5% | 178.6 / 11.1 | 64 | intergenic (‑46/+51) | psd/rsgA | phosphatidylserine decarboxylase/ribosome small subunit‑dependent GTPase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/27); new base G (3/3); total (34/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.46e-01 | |||||||||||
ATTCGGATCGGTATCGATTGGGCGTACTTCGTCACGCAGCGGACGGACAAAGAATTCGTTAAAGGTGCGGTAGCTGGCGGTGTCCGGCTTTTGCGCCTCTTTCATGTCGACCTTGTAGTATTTAACGAACAGATCGATAACCAGTTTTGTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACG‑ATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGTTTCCGCGATTTTCCCTTCCTCAACCGCTTCCCGGATAGCGCAGCCCGGATCGGTATCGTGTTTGCAATCGCGATATTTACACAGACCTAAATAGTCATGGAATTCGACAAAGCCCTGAGTGATTTGTTCCGGCTCCAGGTGCCAGAGGCCGAACTCA > NC_000913/4390112‑4390697 | aTTCGGATCGGTATCAATTGGGCGTACTTCGTCACGCAGCGGACTGACAAAGAATTCGTTAAAGGTGCGGTAGCTGGCGGTGTCCGGCTTTTGCGCCTCTTTCATGTCGACCTTGTAGTATTTAACGAACAGATCGATAACCAGTTTTGTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTACAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGa > 2:558277/1‑301 (MQ=255) 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tATCGATTGGGCGTACTTCGTCACGCAGCGGACGGACAAAGAATTCGTTAAAGGTGCGGTAGCTGGCGGTGTCCGGCTTTTGCGCCTCTTTCATGTCGACCTTGTAGTATTTAACGAACAGATCGATAACCAGTTTTGTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGAATCCTGaaaaaa > 2:320966/1‑301 (MQ=255) gATTGGGCGTACTTCGTCACGCAGCGGACGGACAAAGAATTCGTTAAAGGTGCGGTAGCTGGCGGTGTCCGGCTTTTGCGCCTCTTTCATGTCGACCTTGTAGTATTTAACGAACAGATCGATAACCAGTTTTGTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAggg > 2:386166/1‑301 (MQ=255) gTACTTCGTCACGCAGCGGACGGACAAAGAATTCGTTAAAGGTGCGGTAGCTGGCGGTGTCCGGCTTTTGCGCCTCTTTCATGTCGACCTTGTAGTATTTAACGAACAGATCGATAACCAGTTTTGTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTCGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCAGAAAAAAAGGGGaaaattt > 1:222402/1‑295 (MQ=255) 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ATTCGGATCGGTATCGATTGGGCGTACTTCGTCACGCAGCGGACGGACAAAGAATTCGTTAAAGGTGCGGTAGCTGGCGGTGTCCGGCTTTTGCGCCTCTTTCATGTCGACCTTGTAGTATTTAACGAACAGATCGATAACCAGTTTTGTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACG‑ATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGTTTCCGCGATTTTCCCTTCCTCAACCGCTTCCCGGATAGCGCAGCCCGGATCGGTATCGTGTTTGCAATCGCGATATTTACACAGACCTAAATAGTCATGGAATTCGACAAAGCCCTGAGTGATTTGTTCCGGCTCCAGGTGCCAGAGGCCGAACTCA > NC_000913/4390112‑4390697 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |