| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3864141 | 199 (1.950) | 4 (0.040) | 4/288 | 9.8 | 2.0% | coding (243/717 nt) | yidP | UTRA domain‑containing GntR family putative transcriptional regulator |
| ? | NC_000913 | = 3864170 | 200 (2.060) | coding (272/717 nt) | yidP | UTRA domain‑containing GntR family putative transcriptional regulator | |||||
| Rejected: Position hash score below cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
ACTCCGCAGATTTCACGCTAAACAGCCTTCTTCCCGGTGAAAAAAAGCTGGCGGAAGAGTTTGCGGTATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGTTACGGATTCAAATCAACGAGCAGATCTACTTCTCCCGTCGCGTTCGTTTTGTGGAAGGGAAACCGCTGATGCTGGAAGACAGCTATATGCCGGTAAAACTGTTCCGTAA > NC_000913/3863942‑3864338 | cAGATTTCACGCTAAACAGCCTTCTTCCCGGTGAAAAAAAGCTGGCGGAAGAGTTTGCGGTATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGgtg < 2:794309/200‑1 (MQ=255) aCGCTAAACAGCCTTCTTCCCGGTGAAAAAAAGCTGGCGGAAGAGTTTGCGGTATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACg > 2:776768/1‑200 (MQ=255) cTAAACAGCCTTCTTCCCGGTGAAAAAAAGCTGGCGGAAGAGTTTGCGGTATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCa > 2:751990/1‑200 (MQ=255) aaaCAGCCTTCTTCCCGGTGAAAAAAAGCTGGCGGAAGAGTTTGCGGTATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAgg > 2:821364/1‑200 (MQ=255) gCCTTCTTCCCGGTGAAAAAAAGCTGGCGGAAGAGTTTGCGGTATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGTCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGaaaa > 2:259365/1‑200 (MQ=255) ggCGGAAGAGTTTGCGGTATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGAttt > 2:684237/1‑200 (MQ=255) gCGGAAGAGTTTGCGGTATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCtggtg > 1:417648/1‑150 (MQ=255) cGGATGAGTTGGCGTTATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGCCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGAGCtggtgg < 1:84226/150‑1 (MQ=255) ggAAGAGTTTGCGGTATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCCGGtcagactggcgg < 2:672432/200‑12 (MQ=255) gTTTGCGGTATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGtt > 1:474415/1‑150 (MQ=255) ttGCGGTATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCtggtgg < 3:538982/141‑1 (MQ=255) gTATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGgtg > 3:513727/1‑141 (MQ=255) cgcgGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCtggtgg < 4:350173/132‑1 (MQ=255) cgcgGATGACCATCCGTAAAGCCAGTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCtggtgg < 4:480198/132‑1 (MQ=255) gATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACg < 3:488850/141‑1 (MQ=255) tGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCGGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGGACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCACCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGcc < 2:539305/200‑1 (MQ=255) ccATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACgg < 1:433062/150‑1 (MQ=255) tCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGaa > 3:164990/1‑141 (MQ=255) tCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTgcc > 2:40509/1‑200 (MQ=255) ccGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGTCTGTTTGTCCTCCGCCACGTTCGTTGCACTTACCTGTTTCGCAAAGATGTACCGCATCAATCCTCCTGTCTTACCGGGCTGTTGGCGGTGTTAACACTGCAgttaat > 3:57469/1‑136 (MQ=255) ccGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACg > 4:524541/1‑132 (MQ=255) ccGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGaaa > 3:550788/1‑141 (MQ=255) gTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGaaaaa > 3:100068/1‑141 (MQ=255) tAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTgccagcc < 2:290992/200‑1 (MQ=255) tAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTgccagcc < 2:168863/200‑1 (MQ=255) acaggcATGGACCGGCTGGTAGCGTGGGGGCAGGTTGTCCGCCGACACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAAATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCAGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCAccagc < 1:520242/145‑1 (MQ=255) gCCATTTACCTGCTGGTAGCGTGGTGGTTGGTGGTCCGCCGCCACGGTATTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTTACCGCGCTGGAGGAGGAGTTAACACGGCAGGGAAAAACGGTCAccagccag > 1:326651/1‑150 (MQ=255) gCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACTTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTc > 3:619133/1‑141 (MQ=255) gCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTTCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCAcaagccag > 1:107555/1‑150 (MQ=255) gCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTc > 3:746464/1‑141 (MQ=255) gCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCAccagccag > 1:651182/1‑150 (MQ=255) gCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGtt > 2:18795/1‑200 (MQ=255) ccATTGACCTGCTGGTAGCGTGCGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTCGGGGCCCTTACCTGTTGCGCAAAGAGGTACTGCATCACAGCGCCAATCGGATTCGCCTGGAGCAGGTGTGATCACGGCAGGGaa > 4:380343/1‑132 (MQ=255) aTTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGTTACg < 2:210745/200‑1 (MQ=255) gACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGTTACGGAt > 2:138061/1‑200 (MQ=255) 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tggtggTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGTTACGGATTCAAATCAACGAGCAGATCTAc < 2:424705/200‑1 (MQ=255) gtggtCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGTTACGGATTCAAATCAACGAGCAGATCTACtt < 2:474466/200‑1 (MQ=255) gtggtCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGTTACGGATTCAAATCAACGAGCAGATCTACtt < 2:447659/200‑1 (MQ=255) gtggtCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGTTACGGATTCAAATCAACGAGCAGATCTACtt < 2:726551/200‑1 (MQ=255) 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cGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGTTACGGATTCAAATCAACGAGCAGATCTACTTCTCCCGTCGCGTTCGTTTTGTGGAAGGGAAACCGCTGATGCTGGAAGACAGCTATATGc < 2:124944/200‑1 (MQ=255) cGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGTTACGGATTCAAATCAACGAGCAGATCTACTTCTCCCGTCGCGTTCGTTTTGTGGAAGGGAAACCGCTGATGCTGGAAGACAGCTATATGc < 2:769024/200‑1 (MQ=255) cGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGTTACGGATTCAAATCAACGAGCAGATCTACTTCTCCCGTCGCGTTCGTTTTGTGGAAGGGAAACCGCTGATGCTGGAAGACAGCTATATGc < 2:585151/200‑1 (MQ=255) aGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGTTACGGATTCAAATCAACGAGCAGATCTACTTCTCCCGTCGcgtt > 1:53517/1‑150 (MQ=255) gACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGTTACGGATTCAAATCAACGAGCAGATCTACtt > 4:720457/1‑132 (MQ=255) ccGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGTTACGGATTCAAATCAACGAGCAGATCTACTTCTCCCGTCACGTTCGTTTTGTGGAAGGGAAACCGCTGATGCTGGAAGACAGCTATATGCCGGTAAAACTg < 2:494746/200‑1 (MQ=255) ggCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACTAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGTTATGGATTCAAATCAACGAGCAGATCTACTTCTCCCGTCGcgttc > 3:339072/1‑141 (MQ=255) ggCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGTTACGGATTCAAATCAACGAGCAGATCTACtt < 1:407861/127‑1 (MQ=255) ggCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGTTACGGATTCAAATCAACGAGCAGATCTACTTCTCCCGTCGCGTTCGATTTGTgg > 1:745494/1‑150 (MQ=255) ggCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCACTGCCAGCCAGTTACGGATTCAAATCAACGAGCAGATCTACTTTTccc > 4:483612/1‑132 (MQ=255) 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gtggAGATATTAAAACGGCCGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTAGAAATCATGCCGTCGCCTCAGGCCATTGCCAGCCAGTTACGGATTCAAATAAACGCGCAGATCTACTTATCCCGTCGCGTTCGTTTTGTGGAAgga < 1:276012/150‑2 (MQ=255) | ACTCCGCAGATTTCACGCTAAACAGCCTTCTTCCCGGTGAAAAAAAGCTGGCGGAAGAGTTTGCGGTATCGCGGATGACCATCCGTAAAGCCATTGACCTGCTGGTAGCGTGGGGGCTGGTGGTCCGCCGCCACGGTAGTGGCACTTACCTGGTGCGCAAAGATGTACTGCATCAAACCGCCAGTCTGACCGGGCTGGTGGAGGTGTTAAAACGGCAGGGAAAAACGGTCACCAGCCAGGTGCTGATTTTTGAAATCATGCCTGCGCCTCCGGCCATTGCCAGCCAGTTACGGATTCAAATCAACGAGCAGATCTACTTCTCCCGTCGCGTTCGTTTTGTGGAAGGGAAACCGCTGATGCTGGAAGACAGCTATATGCCGGTAAAACTGTTCCGTAA > NC_000913/3863942‑3864338 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |