| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_000913 | = 3240729 | 108 (1.060) | 3 (0.030) | 3/296 | 10.7 | 2.8% | coding (786/1245 nt) | sstT | sodium:serine/threonine symporter |
| ? | NC_000913 | 3240733 = | 105 (1.050) | coding (790/1245 nt) | sstT | sodium:serine/threonine symporter | |||||
| Rejected: Position hash score below cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGCCACCATCAATATGGCGGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCC > NC_000913/3240565‑3240918 | ggTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGaa > 2:631706/1‑200 (MQ=255) tctcCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATg > 2:187607/1‑200 (MQ=255) tcCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGgc < 2:26344/200‑1 (MQ=255) cacaCTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGgcgc < 2:549267/200‑1 (MQ=255) cTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCtgtg > 2:17106/1‑200 (MQ=255) gtgGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCtgtgtg > 2:121407/1‑200 (MQ=255) ggCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCGGTGTGTATGC‑‑‑CTTCACCCGCAGCTCGGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCt > 2:728778/1‑200 (MQ=255) cTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGc < 2:266417/200‑1 (MQ=255) cTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCGGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGTAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCGGTGTGTAAGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGc < 2:496497/200‑1 (MQ=255) tACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCAcc < 1:346312/150‑1 (MQ=255) cgcAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCa > 1:717194/1‑150 (MQ=255) cgcAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCa > 1:225198/1‑150 (MQ=255) ctgctgGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCAcc > 3:736175/1‑141 (MQ=255) tgctgGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTg > 1:455631/1‑150 (MQ=255) tgctgGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGAt < 2:135589/200‑1 (MQ=255) gCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCt < 2:208252/200‑1 (MQ=255) tGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAg < 3:274527/141‑1 (MQ=255) ggTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTTGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTAtt > 2:495533/1‑200 (MQ=255) ggTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGc > 3:695928/1‑141 (MQ=255) tGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCg < 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(MQ=255) gctgTGCCTGCGCGAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGCCACCATCAATATggc > 1:657446/1‑150 (MQ=255) gctgTGCCTGCGCGAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAACATGGCGCTGTGTGAACAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATCCCGCTggg > 4:11647/1‑132 (MQ=255) gCCTGCGCGAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTCTTCCGCTGGGAGcca > 4:427794/1‑132 (MQ=255) ccggcgcGAAAGCGGGGTGTATGCCTTCTTCAGCCGCAGCTGTGCAGCGACCATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAGAGCTGAAGCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGccac < 4:489420/129‑1 (MQ=255) cgcgAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGCCACCATCAATATGGCGGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTcg < 2:382476/200‑2 (MQ=255) cgcgAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGCCACCATCAATATGGCGGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTcc < 2:421804/200‑1 (MQ=255) cgAAAGCGGTTTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCGGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGCCACCATCAATATGGCGGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCgg < 2:674786/200‑1 (MQ=255) cgAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGCCACCATCAATATGGCGGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCgg > 2:535798/1‑200 (MQ=255) aaaGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTACAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGCCACCATCAata < 4:265911/132‑1 (MQ=255) aGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGCCACCATCAATATGGCGGGCgca > 3:375301/1‑141 (MQ=255) gCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGCCACCATCAATATGGCGGGCGCAGCAATCACTa < 1:17104/150‑1 (MQ=255) cGGTGTGTATGC‑‑‑CTTAACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGCCACCATCAATATGGCGGGCGCAGCAATCACTATTAc < 1:513584/150‑1 (MQ=255) gtgtgtATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGCCACCATCAATATGGCGGGCGCAGCaa > 3:308518/1‑141 (MQ=255) gtgtATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACTTCTTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGTCACCATCAATATGGCGGGCGCAGCAAtttctacttcc > 1:343757/1‑140 (MQ=255) gtgtATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGCCACCATCAATATGGCGGGCGCAGCAATCACTATTAcc > 1:400895/1‑150 (MQ=255) gtgtATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGCCACCATCAATATGGCGGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTTCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGcc > 2:459203/1‑200 (MQ=255) gtgtATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGCCACCATCAATATGGCGGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGcc > 2:141583/1‑200 (MQ=255) gtgtATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGCCACCATCAATATGGCGGGCCAAGCAATc > 3:366986/1‑141 (MQ=255) tgtGTGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTTAATATGGCGCTGTGTGAAACGCTGAATCTGGATCGCTATACCTATTCCGTGTCTATGCCGCTGGTAGCCACCATCAATATGGCGGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGATGCGGTTAATACGCTGGCTATTCCGGTCGATCTGccc < 2:320163/200‑1 (MQ=255) tGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCg > 3:101391/1‑89 (MQ=255) tGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCg < 4:101387/89‑1 (MQ=255) cttcttCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGCCACCATCAATATGGCGGGCGCAGCAATCACTATTAc < 3:389004/141‑1 (MQ=255) cttcttCACCCACAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGCCACCATCAATATGGCGGGCGCAGCAATCACTATTAc < 3:541110/141‑1 (MQ=255) ttcttcACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAACAGCTGACTCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGCGCCACACTCAATCTGGCGCgcgcctccatc > 4:708824/1‑125 (MQ=255) ttcttcACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGCCACCATCAATATGGCGGGCGCCGCAATc > 4:672569/1‑132 (MQ=255) ttcttcACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGCCACCATCAATATGGCGGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTTACg > 1:571890/1‑150 (MQ=255) tcttcACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGCCACCATCAATATGGCGGGCGCAGCAATCACTATTACCg < 3:435202/141‑1 (MQ=255) tcttcACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGATGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGCCACCATCAATATGGCGGGCGCAGCAATCACTATTACCg < 3:443910/141‑1 (MQ=255) aCCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGCCACCATCAATATGGCGGGCGCAGCAATCACTTTTAc > 1:397244/1‑134 (MQ=255) aCCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGCCACCATCAATATGGCGGGCGCAGCAATCACTATTAc < 2:397292/134‑1 (MQ=255) | GGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCGGTGTGTATGCCTTCTTCACCCGCAGCTCTGCAGCGAACATTCCGGTGAATATGGCGCTGTGTGAAAAGCTGAATCTGGATCGCGATACCTATTCCGTTTCTATTCCGCTGGGAGCCACCATCAATATGGCGGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCC > NC_000913/3240565‑3240918 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |