| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,079,053 | 0 | T | . | 73.7% | 66.7 / 40.9 | 39 | intergenic (‑171/‑252) | putA/putP | fused DNA‑binding transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase/proline:sodium symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/6); new base . (14/14); total (18/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCGAGATAAGAAAAAATCGCCTGCTTAATTAACCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGACTTTTTCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTGAGAGAGTGCAACCTGATGAAAAATAGTGTCGCTGAGCACTAAAATTTAATGTAAATGGTGTGTTAAATCGATTGTGAATAACCAGCGCTTCCGGCAGGATACGGTCGCCCTGGTAAAACATAAACTCTGTTACCCCGTTCCGGTGGCAGATATAACGGCAAGTTTCGACATTGCCGATAATAATTTTTTGGAGACTTTAGATGGCTATTAGCACACCGATGTTGGTGACATTTTGTGTCTA > NC_000913/1078757‑1079345 | ttggggtaaaGACAAAAGCGTCTGCATAAGTAACCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCCGACCTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGACttttc < 2:191669/293‑2 (MQ=255) tttaatgtaCCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGGTGCGTCGTACAGCTTAACACCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGAC‑TTTTCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGaa < 2:188478/300‑1 (MQ=255) aaCCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCCAGCTTAAAAATGAATGAAACGCTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAATTCAGACTGTTTCTCTGCGGCAGTTAACTTTTTTGAAAGGTg > 2:243003/1‑300 (MQ=255) aCGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGAC‑TTTTCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTGAGAGAGTg < 1:215447/301‑1 (MQ=255) ttgaccgGCAGACTTAAAACCCCTACGCGTCGCGTCGTCCATCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCAGTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGAC‑TTTTCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTGAGAGAGTg < 2:392532/293‑1 (MQ=255) cAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATCAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGAC‑TTTTCTCTGCGGCAGTTAAAATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGGGAGAGATAGCAACAtgatga > 2:357576/1‑301 (MQ=255) cAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGAC‑TTTTCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTGAGAGAGTGCAACCtgatga > 1:156317/1‑301 (MQ=255) aCTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGAC‑TTTTCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGAAAAAAATGTGAGAGAGTGCAACCTGATGaaaa > 2:236205/1‑301 (MQ=255) aTACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGACTTTTTCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTGAGAGAGTGCAACCTGATGAAAAATAg < 1:251889/301‑1 (MQ=255) cTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGAC‑TTTTCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTGAGAGAGTGCAACCTGATGAAAAACAGTGTCg > 1:209081/1‑300 (MQ=255) gcgtcgTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGACTTTTTCTCTGAGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTGAGAGAGTGCAACATGATGAAAAATAGTGTCGCTGAGCACTa > 1:210277/1‑301 (MQ=255) atgggaaccaccaccatgggggtTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGACTATTTCGATGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAAGGTGAGAGAGTGCAACCTGATGAAAAATAGTGTCGCTGAGCACTAAAATTTaaa > 1:282162/17‑300 (MQ=255) aCCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATAATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGAC‑TTTTCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTGAGAGAGTGCAACCTGATGAAAAATAGTGTCGCTGAGCACTAAAATTTAATGTAAATg < 1:412774/301‑1 (MQ=255) ccccCTGGTGGTGGTTTCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGACTTTTTCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTGAGAGAGTGCAACCTGATGAAAAATAGTGTCGCTGAGCACTAAAATTTAATGTAAATgg < 2:259387/301‑1 (MQ=255) tggtTCCCATGACATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGAC‑TTTTCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTGAGAGAGTGCAACCTGATGAAAAATAGTGTCGCTGAGCACTAAAATTTAATGTAAATGGTGTGTTAAATc < 1:357594/300‑1 (MQ=255) ccATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGAC‑TTTTCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTGAGAGAGTGCAACCTGATGAAAAATAGTGTCGCTGAGCAAGAAAATTTAATGTAAATGGTGTGTTAACTCGATTGAGAATaa > 2:181561/1‑301 (MQ=255) aTTACTTCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGAC‑TTTTCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTGAGAGAGTGCAACCTGATGAAAAATAGTGTCGCTGAGCACTAAAATTTAATGTAAATGGTGTGTTAAATCGATTGTGAATAAcc < 2:29783/301‑1 (MQ=255) tgttCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGACTTTTTCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTGAGAGAGTGCAACCTGATGAAAAATAGTGTCGCTGAGCACTAAAATTTAATGTAAATGGTGTGTTAAATCGATTGTGAATAACCAGCGCTTCCg > 1:413504/1‑301 (MQ=255) ctattccgagcttaaattAACGTTATAGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACAATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGAC‑TTTTCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTGAGAGAGTGCAACCTGATGAAAAATAGTGTCGCTGAGCACTAAAATTTAATGTAAATGGTGTGTTAAATCGATTGTGAATAACCAGCGCTTCCGGc < 2:405530/284‑1 (MQ=255) 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ttGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGAC‑TTTTCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTGAGAGAGTGCAACCTGATGAAAAATAGTGTCGCTGAGCACTAAAATTTAATGTAAATGGTGTGTTAAATCGATTGTGAATAACCAGCGCTTCCGGCAGGATACGGTCGCCCTGGTAAAACATAAACTCTGTTACCCCGTTCCGGTGGCa > 1:45529/1‑301 (MQ=255) aaCCATGTTAAAAGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGAC‑TTTTCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTGAGAGAGTGCAACCTGATGAAAAACAGTGTCGCTGAGCACTAAAATTTAATGTAAATGGTGTGTTAAATCGATTGTGAATAACCAGCGCTTCCGGCAGGATACGGTCGCCCTGGTAAAACATAAACTCTGTTACCCCGTTCCGGTGGCAGAtata < 2:209073/301‑1 (MQ=255) cATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGAC‑TTTTCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTGAGAGAGTGCAACCTGATGAAAAATAGTGTCGCTGAGCACTAAAATTTAATGTAAATGGTGTGTTAAATCGATTGTGAATAACCAGCGCTTCCGGCAGGATACGGTTGCCCTGGTAAAACATAAACCCTGTTACCCCGTGCCGGTGGCAGATATAACGGCACATTTCGCCAt > 2:413696/1‑301 (MQ=255) 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aaaTCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGAC‑TTTTCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTGAGAGAGTGCAACCTGATGAAAAATAGTGTCGCTGAGCACTAAAATTTAATGTAAATGGTGTGTTAAATCGATTGTGAATAACCAGCGCTTCCGGCAGGATACGGTCGCCCTGGTAAAACATAAACTCTGTTACCCCGTTCCGGTGGCAGATATAACGGCAAGTTTCGACATTGCCGATAATAATTTTTTGGAGACTTTAGATGGCTATTAg < 2:81296/299‑1 (MQ=255) aatatGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGACTTTTTCTCTTCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTGAGAGAGTGCAACCTGATGAAAAAGAGTGTCGCTGAGCACTAAAATTTAATGTAAATGGTGTGTTAAATCGATTGTGAATAACCAGCGCTTCCGGCAGGATACGGTCGCCCTGGTAAAACATAAACTCTGTTACCCCGTTCCGGTGGCAGATATAACGGCAAGTTTCGACATTGCCGATAATAATTTTTTGGAGACTTTAGATGGCTATTAGCACAcc < 2:413484/300‑1 (MQ=255) atatGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGAC‑TTTTCGCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTGAGAGAGTGCAACCTGATAAAAAATAGTGTCGCTGAGCACTAAAATTTAATGTAAATGGTGTGTTAAATCGATTGTGAATAACCAGCGCTTCCGGCAGGATACGGTCGCCCTGGTAAAACATAAACTCTGTTACCCCGTTCCGGTGGCAGATATAACGGCAAGTTTCGACATTGCCGATAATAATTTTTTGGAGACTTTAGATGGCTATTAGCACACCg < 1:181569/300‑1 (MQ=255) 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TTCGAGATAAGAAAAAATCGCCTGCTTAATTAACCAGTGTGGTGTGCGATCGATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGACTTTTTCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATGTGAGAGAGTGCAACCTGATGAAAAATAGTGTCGCTGAGCACTAAAATTTAATGTAAATGGTGTGTTAAATCGATTGTGAATAACCAGCGCTTCCGGCAGGATACGGTCGCCCTGGTAAAACATAAACTCTGTTACCCCGTTCCGGTGGCAGATATAACGGCAAGTTTCGACATTGCCGATAATAATTTTTTGGAGACTTTAGATGGCTATTAGCACACCGATGTTGGTGACATTTTGTGTCTA > NC_000913/1078757‑1079345 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |