| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,187,658 | T→G | L770R (CTC→CGC) | rpoC → | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,187,658 | 0 | T | G | 95.1% | 117.1 / ‑2.5 | 41 | L770R (CTC→CGC) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base G (23/16); minor base A (1/1); total (24/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 | |||||||||||
TGGTAACTGCGGGCGAACGCTACAACAAAGTTATCGATATCTGGGCTGCGGCGAACGATCGTGTATCCAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCTGCTGCACGAACAGTGGTG > NC_000913/4187364‑4187955 | tggtAACTGCGGGCGAACGCTACAACAAAGTTATCGATATCTGGGCTGCGGCGAACGATCGTGTATCCAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTTGTCAGCTTGCTGGTATTCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACAGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACGCCAGTa > 2:75277/1‑301 (MQ=255) 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tATGCGTTGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACGCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCg < 2:66201/300‑1 (MQ=255) gCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACGCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGAATCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTa > 2:256032/1‑301 (MQ=255) cGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACGCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTaa > 2:120256/1‑301 (MQ=255) 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tACGCCAGTACTTCAGCTCCACCCACGGTGCTCGTAACGGGCTGGCGGATACCGCACAGAAAACTGCGAGCGCCGGTTAGCTGACTCGACGGCTGGTAAACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGATGGTGGTGACGTTAATGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCTGCTGCACGAACAgtggtg < 2:239962/301‑1 (MQ=255) | TGGTAACTGCGGGCGAACGCTACAACAAAGTTATCGATATCTGGGCTGCGGCGAACGATCGTGTATCCAAAGCGATGATGGATAACCTGCAAACTGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCTGCTGCACGAACAGTGGTG > NC_000913/4187364‑4187955 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |