| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,074,357 | 0 | C→. | 10.4% | 18.1 ‑0.4 ‑0.0 | 67 | coding (2819/3120 nt) | flu | CP4‑44 prophage; antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/5): ref base (27/33): total (29/38) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 6.90e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.17e-01 | ||||||||||
CTTCAGTATCACTGACAACCTGATGCTGGAGCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGAATGGCACATCACTGGACCTGCAGGCCGGACTGGAA > NC_000913/2074166‑2074544 | cTTCAGTATCACTGACAACCTGATGCTGGAGCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTTCGTGCCGGTTTTCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTACCCCCCTGc > 1:706345/1‑200 (MQ=255)cTTCAGTATCACTGACAACCTGATGCTGGAGCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGc > 1:233373/1‑200 (MQ=255) tCAGTATCACTGACAACCTGATGCTGGAGCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTg < 1:165572/200‑1 (MQ=255) gTATCACTGACAACCTGATGCTGGAGCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGAc < 1:287861/200‑1 (MQ=255) aTCACTGACAACCTGATGCTGGAGCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCATGGCTGACGGTAAGGACAACACGGGTTATGTGAAGTTCGTGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGCTACGACCTTTGGCAAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCGTCGGTGACAg > 1:665545/1‑200 (MQ=255) aCCTGATGCTGGAGCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAacac > 1:480846/1‑200 (MQ=255) aCCTGATGCTGGAGCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAacac < 1:465704/200‑1 (MQ=255) aCCTGATGCTGGAGCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAacac > 1:361568/1‑200 (MQ=255) acaACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTAc < 1:772226/200‑1 (MQ=255) ataCCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTGCCGACTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCAACTCATCCCGTGCCCACCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACtgg > 1:428872/1‑200 (MQ=255) ataCCGGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGccc < 2:347329/150‑1 (MQ=255) aCCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGAc > 1:105578/1‑159 (MQ=255) ggACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGCCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGAc < 2:728668/150‑1 (MQ=255) ggACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGAc < 2:105572/150‑1 (MQ=255) ggACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGAc < 2:376464/150‑1 (MQ=255) gACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGcccccc < 4:127511/141‑1 (MQ=255) gACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGcccccc > 4:506304/1‑141 (MQ=255) tCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGt < 1:481674/200‑1 (MQ=255) cGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCt > 1:322324/1‑200 (MQ=255) ggTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCtt > 1:473594/1‑200 (MQ=255) aaGGACGACGGCGGTTATGTGAAGTGCGGGCATGGCAGGGAACAAGGTGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCGACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGAACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTgtgagtg < 2:367901/150‑1 (MQ=255) aaGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCATCTGGGCAACCACAACGGTATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCGTCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAacac < 4:426150/141‑1 (MQ=255) ggACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAg > 4:271420/1‑141 (MQ=255) aCGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTAc < 2:189150/150‑1 (MQ=255) cGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTgtgag < 4:462542/141‑1 (MQ=255) ccGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTgtgagtg < 4:637271/141‑1 (MQ=255) ccGGTTATGTGAAGTGCGGGAATGGCAGTGGACAACGTGTGCGTGGCAGTTTCAGTCTGGGCAGCAACAACGATATGAACTTTGGCGAAGGCACCTCAGCCCGGGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAgtgtaggtg < 4:491511/141‑6 (MQ=255) ggTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTTGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACATTGCAAAACACAGTGTGATTGAAt > 4:239516/1‑141 (MQ=255) ggTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGgaga > 1:739705/1‑200 (MQ=255) gTTATGTGAAGTTCGGGCATGTCATTACACAACATATTCTTGCCGGTTTCCTTCTGGGCAGCCACAACGATATAACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAac < 3:29296/126‑1 (MQ=255) aTGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATg < 1:261203/200‑1 (MQ=255) aTGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATg < 1:813517/200‑1 (MQ=255) cGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGa < 1:105310/200‑1 (MQ=255) gCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGCACtggtg > 4:273226/1‑141 (MQ=255) cATGGCAGGGCACAACATGTGCGGGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCt < 2:739483/150‑1 (MQ=255) ttGGCAGATCACAAAATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTggg < 4:408078/140‑1 (MQ=255) ggCAGTGCAGAACATGTGCGTGCCGGATTCCGTGTGGGCAGCCACGACGCTATGACCTTTGGCGAAGGCACCGCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGGCAGTGCAAAACGCAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAAc < 3:282475/132‑1 (MQ=255) gCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTTGGTAc > 4:571087/1‑141 (MQ=255) cAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGt < 2:361536/150‑1 (MQ=255) aGTGCACAACGTGTGCGTGCCGGTTTACGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACtgg < 3:283187/132‑1 (MQ=255) tGCACAACATGTGCGGGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCAAAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAAGtggtg < 3:292265/132‑1 (MQ=255) cacaACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTgcaggc > 1:288974/1‑200 (MQ=255) caacaTGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCt > 4:480215/1‑141 (MQ=255) caacaTGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGc > 2:536822/1‑150 (MQ=255) caacaTGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATg > 1:173896/1‑174 (MQ=255) aacaTGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGt < 4:124964/141‑1 (MQ=255) acaTGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGt < 4:297691/141‑1 (MQ=255) acaTGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCAc > 2:590319/1‑150 (MQ=255) acaTGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCg > 1:415268/1‑200 (MQ=255) acaTGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCgg > 1:782337/1‑200 (MQ=255) ggcCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCGTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGGGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGt < 3:591962/131‑1 (MQ=255) gcCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTcc < 2:386523/150‑1 (MQ=255) gTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCGTTTATcc > 3:548004/1‑132 (MQ=255) cTGGGCAGCCACAACGATATGACCGTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATg < 2:173884/150‑1 (MQ=255) tGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCgggg < 4:633605/141‑1 (MQ=255) tGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCAGCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCgggg < 4:197327/141‑1 (MQ=255) gagCAGCCATAACGAGATGACGTATGGGGAAGGCACCGCATCGCGTGCGCCCATGCGGGACAGTGCCAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAAGTGGTGGGTACAGACTTCTGTTATCCGCACCTTCAg < 3:210449/130‑1 (MQ=255) gCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGAAt < 1:356139/200‑1 (MQ=255) gCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACTTCATTCCGTGCCCCCCCGCGCGATAGTGCAAAACACAGCGCGAGCGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGata > 4:15018/1‑141 (MQ=255) cGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCgtgt > 4:626024/1‑141 (MQ=255) atatGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTgg > 4:500245/1‑141 (MQ=255) gACCTTTGGCGACGACACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTGCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCg < 3:362923/132‑1 (MQ=255) gACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCg < 3:573428/132‑1 (MQ=255) aCCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTgca > 2:33849/1‑150 (MQ=255) tGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCAc < 4:602263/141‑1 (MQ=255) tGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCAc < 4:260147/141‑1 (MQ=255) tGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTAACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCAc < 4:432785/141‑1 (MQ=255) ggCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACt > 4:231922/1‑141 (MQ=255) aCCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGc > 4:134496/1‑141 (MQ=255) ccTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGAATGGCACATCACTGGACCTGCAGGCCGGACTGGaa > 1:279054/1‑200 (MQ=255) | CTTCAGTATCACTGACAACCTGATGCTGGAGCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGAATGGCACATCACTGGACCTGCAGGCCGGACTGGAA > NC_000913/2074166‑2074544 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |