| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 76896 = | 1133 (1.000) | 50 (0.050) | 35/226 | 20.8 | 4.8% | intergenic (‑145/+40) | JCVSYN2_00300/JCVSYN2_00305 | UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/hypothetical protein |
| ? | CP016816 | = 76892 | 959 (0.940) | intergenic (‑141/+44) | JCVSYN2_00300/JCVSYN2_00305 | UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1186 total aligned reads displayed.
TTATATATATTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATAT‑AAAGA‑TAAATTTTTTAAAGAAAAATA‑TT‑ACAA‑C‑‑‑TTTTT‑TT‑TTTTTTTTTGGAACTAACATATAATTTTACCAATTATTAGAATTTCAATTTCACAGA‑TGAATTGATTTCTTCTAATAATTTGTCTA‑TATAGATGTTTTTTATATCTAAATCAGTGATCTTTACT > CP016816/76769‑77023 | tatatatTAGTGAACTTAATGATGTAAAATACAAAATAATAAAAACTTTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAAAAAAATTAAAT‑AAAGA‑TAAATTTTTTAAAGAAAAATA‑TT‑AAAA‑C‑‑‑atttt‑tt < 2:2327488/128‑1 (MQ=255) tatatatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATAGAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATACCCCTTTAAATTCAAAAAACATTATAT‑AAAGA‑TAAATTTTTTAAAGAAAAATA‑AT‑ACAA‑C‑‑‑ttttt‑tt > 2:966845/1‑128 (MQ=255) tatatTAGTGAACTTAAGGTAGTATAAAAAAAATTAATAAAAACTGTACAACCAAAAATCCCCTTTAAATTAAAAAAACTTTATAT‑AAATA‑TAAATTTTTTAAACTAAAATA‑AA‑AAAA‑A‑‑‑atttt‑tt‑tt < 2:2392492/128‑1 (MQ=255) tatatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATAT‑AAAGA‑TAAATTTTTTAAAGAAAAATA‑TT‑ACAA‑C‑‑‑ttttt‑tt‑tt > 2:258406/1‑128 (MQ=255) 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TTATATATATTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATAT‑AAAGA‑TAAATTTTTTAAAGAAAAATA‑TT‑ACAA‑C‑‑‑TTTTT‑TT‑TTTTTTTTTGGAACTAACATATAATTTTACCAATTATTAGAATTTCAATTTCACAGA‑TGAATTGATTTCTTCTAATAATTTGTCTA‑TATAGATGTTTTTTATATCTAAATCAGTGATCTTTACT > CP016816/76769‑77023 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |