| Predicted mutation | ||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP016816 | 420,163 | 0 | A | T | 99.3% | 3157.0 / NA | 1040 | intergenic (‑446/+397) | JCVSYN2_01895/JCVSYN2_01900 | 30S ribosomal protein S10/tRNA‑Thr |
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| * | CP016816 | 420,164 | 0 | A | T | 98.3% | 2755.5 / NA | 1028 | intergenic (‑447/+396) | JCVSYN2_01895/JCVSYN2_01900 | 30S ribosomal protein S10/tRNA‑Thr |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/13); new base T (540/470); total (544/484) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1041 total aligned reads displayed.
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CATTCATACTTTTAGTCTCATAAATCTAAGTTTCTAAAATTATTTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAA‑TTTAAAATTAAAATAACTG‑AATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAATTTTAT‑‑GCTCG‑TTTTTTTTTTTTTTTTT‑ACAAAAATATAATTTATTTGATTAAACGTATATT > CP016816/420041‑420285 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |