New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? CP016816 = 105361638 (0.350)351 (0.170)
+AAA		 94/210 19.7 32.1% intergenic (+856/+70) JCVSYN2_00420/JCVSYN2_00430 translation elongation factor Tu/alanine‑‑tRNA ligase
?CP016816 105362 = 779 (0.370)intergenic (+857/+69) JCVSYN2_00420/JCVSYN2_00430 translation elongation factor Tu/alanine‑‑tRNA ligase
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff.

Only 100 of 1184 total aligned reads displayed.

TGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATT‑AATTTAATTAAAATA‑TTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑AA‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAAT‑ATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCT‑TGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCAT  >  CP016816/105235‑105489
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     aaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATG‑AATTTAATTAAAATA‑TTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑aa‑aaaa                                                                                                                              >  1:1163302/1‑128 (MQ=255)
     aaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGATAATATAAATTAGATAAGTATTTATTATTATTCATAAGTTTATATATCCTATTAATATAAAG‑AATATAATTAAAAAA‑TATT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑aa‑aaaa                                                                                                                              >  1:3260442/1‑128 (MQ=255)
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                atatTATTAAAAAATAATTATTAATTTTAATATAAATTATATAATTATTTATTATTATTTTTTATTTTATTTAAAATTTTAATAAAATT‑AATTTAATTAAAATA‑TTTT‑‑‑‑aa‑‑a‑‑‑aa‑aaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                                   <  2:2770320/128‑1 (MQ=255)
                ataGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTTATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATA‑AATTTAATTAAAATA‑TTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑aa‑aaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                                   >  1:1618993/1‑128 (MQ=255)
                  aGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTATTATTGATTATTTTAATTATACTTTTAATATAATA‑AATAAAATAAAAATA‑TAAA‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑aa‑aaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                                 >  1:764792/1‑127 (MQ=255)
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                    tATGAAATAATAAATATTAATGTTAATATAAATTATCTAATTATTTATTAGGATTGTTTATTTTATTTATCCTTTTAATATAATT‑AATTTAATTAAAAAA‑TTTT‑‑‑‑AA‑‑A‑‑‑AA‑AAAAAAAAAAAAAAAACaa                                                                                                               <  1:3598244/128‑1 (MQ=255)
                     ttgaataaataatGTTTAATTTTTATATAAATTATCTAAGTATTTTTTTTGATTGTTTTTTTTTTTTATCCTTTTTATTTAATT‑TATTTAATTAAAAAA‑TTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑aa‑aaaaaaaaaaaaaaaaacaa                                                                                                              <  1:1094077/121‑5 (MQ=255)
                     attaaaTATAAAAAATTAATTTTAAAATAAATATTCTAAATTTTTTTTATGATTTATTATTTTATTTATACTTTTAAAATAATT‑TATTTAATTAAAATA‑TTTT‑‑‑‑Aa‑‑a‑‑‑aa‑aaaaaaaaaaaaaaaaacaa                                                                                                              <  2:2989727/125‑5 (MQ=255)
                     attaaaTAAAAAATATATATTTTAATATAAATATACTAATTATTTTATAGTATTTATTAATTTATATAAACTTTTAATAAAATT‑AATTTAATTAAAAAT‑TTTT‑‑‑‑Aa‑‑a‑‑‑aa‑aaaaaaaaaaaaaaaaacaa                                                                                                              <  2:792157/125‑5 (MQ=255)
                       gAAATAATAAATATTAATGTTAATATAAATTATCTAATTATTTATTATGATTTATTATTTTATTTATCCTTTTAATAAAATT‑AATTTAATTAAAAAA‑TTTT‑‑‑‑AA‑‑A‑‑‑AA‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGAc                                                                                                            <  2:1111365/128‑1 (MQ=255)
                        aaaTAATAAATATTAATTTTAATATAAATTAGCTAATTATTTATTATTATTTATTATTTTATTTATACTTTTAATATAATT‑AATTTAATTAAAATA‑TTTT‑‑‑‑AA‑‑TA‑‑AA‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGAc                                                                                                            <  2:2482206/128‑1 (MQ=255)
                        aaaTAATAAATATTAATGTTAATATAAATTAGCTAATTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATACTTTTAATATAATT‑AATTTAATTAAAATA‑TTTT‑‑‑‑AA‑‑A‑‑‑AA‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGAcc                                                                                                           <  2:4105651/128‑1 (MQ=255)
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                            aataaataTAAATTTTAATATAAATTATCTAATTATTTATAATGATTTATTATTTTATTTATCCTTTAAATAAAATT‑AATTTAATTAAAAAA‑TTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAat‑at                                                                                                    <  2:1239636/128‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                     aaTA‑TTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑AA‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAAT‑ATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCT‑TGACTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCAcc             <  2:2068016/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                     aaTA‑TTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑AA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAACTAAT‑ATTTTTAAAAACAATTAATTAATTAT‑TTATTTATTAAATTTTATTTTTTAAAAAATTAACATTTAGAAAAATTAGCTTTTAATCCAca             >  1:2624264/1‑127 (MQ=255)
                                                                                                                     aaTA‑TTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑AA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAT‑ATTTTTAAAAAAAATTAATTAAGTAT‑TGATTTATTAAATATTATTTTTTAAAAAATTTACATTTACAAAAATTAACGTTtccaacaca             >  1:1553239/1‑122 (MQ=255)
                                                                                                                     aaTA‑TTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑AA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAA‑ATTTTTAAAAAAAATTAATTAATAAT‑TTATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACATTTAGATAAATTAGATTTTCCTCCAcc             >  1:2795766/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                                      ata‑tTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAAT‑ATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCT‑TGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCttt          <  1:3795024/128‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                                        taaa‑aaaaaaaaaaaaaaaaaaAGCCCAAAT‑TTTGTTAAAAAAAATAAATTAAGGTT‑TTATTTTTAAAATATTATTTTTTAAAAAAATTAACTTATGATAAATTAGGGTGTCCTCCACATTTTGtcaa    >  1:2275002/3‑126 (MQ=255)
                                                                                                                                        aaaa‑aaaaaaaaaaaaaaaaCAAGACCTAAT‑ATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCT‑TGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGtctc    <  2:576592/126‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                          |                                                                                                                                  
TGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATT‑AATTTAATTAAAATA‑TTTT‑‑‑‑AA‑‑T‑‑‑AA‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAAT‑ATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCT‑TGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCAT  >  CP016816/105235‑105489

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.