BRESEQ :: Evidence

Read alignment evidence...
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*	CP016816	105,361	1	.	A	39.8%	445.4 / inf	910	intergenic (+856/+70)	JCVSYN2_00420/JCVSYN2_00430	translation elongation factor Tu/alanine‑‑tRNA ligase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (209/338); new base A (153/208); total (362/548)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.13e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.03e-22

Only 100 of 1122 total aligned reads displayed.

TTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAA‑GATTAATGT‑TAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTT‑‑T‑‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAA‑‑AAAA‑‑AAAAACAAGAC‑C‑TAATA‑TTGTTAAAAACAATTAAT‑TAAGTCT‑TGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCA  >  CP016816/105234‑105488

   tAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAA‑GATTAATGT‑TAATATAAATTAGCTAATTATTTATTATTATTAATTATTTTATTTATCATTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTT‑‑T‑‑‑A‑AT‑‑aaa                                                                                                                                       >  1:2515883/1‑128 (MQ=255)

    aaaaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAA‑GATTAATGT‑TAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑AATT‑‑T‑‑‑A‑AT‑‑aaaa                                                                                                                                      >  1:1370251/1‑128 (MQ=255)

      aaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAA‑GATTAATGT‑TAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTT‑‑T‑‑‑A‑AT‑‑ataaaa                                                                                                                                    >  1:1884875/1‑128 (MQ=255)

      aaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAA‑GATTAATGT‑TAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTT‑‑T‑‑‑A‑AT‑‑aaaaaa                                                                                                                                    >  1:1163302/1‑128 (MQ=255)

          aCTTATTATAGTATGAAATAATAAA‑GATTAATGT‑TAATATAAATTATCTAATTATTTATTATTATTTATTATTTTATATATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAA‑ATTT‑‑T‑‑‑A‑AT‑‑aaaaaaaaa‑‑a                                                                                                                              >  1:3130900/1‑128 (MQ=255)

          aCTTATTATAGTATGAAATAATAAA‑GATTAATGT‑TAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTT‑‑T‑‑‑A‑AT‑‑aaaaaaaaa‑‑a                                                                                                                              >  2:513490/1‑128 (MQ=255)

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               ttatAGTATGAAATAATAAA‑GATTAATGT‑TAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAATT‑ATTT‑‑T‑‑‑A‑AT‑‑aaaaaaaaa‑‑aaaa‑‑aa                                                                                                                       >  1:4329422/1‑128 (MQ=255)

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                tataGTATGAAATAATAAA‑GATTAATGT‑TAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATAT‑‑T‑‑‑A‑AT‑‑aaaaaaaaa‑‑aaaa‑‑aaa                                                                                                                      >  1:86127/1‑128 (MQ=255)

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                 ataGTATGAAATAATAAA‑GATTAATTT‑TAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATTATTTATTATTTTATTTATAAATTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTT‑‑A‑‑‑A‑AT‑‑aaaaaaaaa‑‑aaaa‑‑aaaa                                                                                                                     >  1:3431631/1‑128 (MQ=255)

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                                      ttaattt‑taattAAAATTTGCTAATTTTTTATTTGGTTTTTTTAGTTTATTTATATTTTTAAAATAATTAATTTAATTAAAAA‑ATTT‑‑T‑‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAA‑‑AAAA‑‑AAAAACAAGAC‑C‑TAATA‑TTGTTaa                                                                                              <  1:1278034/128‑1 (MQ=255)

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                                               aaaataAATTATATAATTATTTATTAGTATTTATTATTTTATTTATACTTTTAAAATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTT‑‑T‑‑‑A‑ATA‑AAAAAAAAA‑‑AAAA‑‑AAAAACAAGAC‑C‑TAATA‑TTGTTAAAAACaat                                                                                       <  2:1706813/125‑1 (MQ=255)

                                               aaTATAAATTTTTTAATTATTTATTAGTTTTTATTTTTTTATTTATAATTTTAATTAAATTTATTTAATTAAAAT‑ATTT‑‑T‑‑‑A‑ATA‑AAAAAAAAA‑‑AAAA‑‑AAAAACAAGAC‑C‑TAATA‑TTGTTAAAAACaat                                                                                       <  2:227309/128‑1 (MQ=255)

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                                                                   ttattatttttgattATTTTATTTATCCTTTTAATATAATTATTTTAATAAAAAT‑ATAT‑‑TAA‑A‑AA‑‑AAAAAAAAA‑‑AAAA‑‑AAAAACAAGAC‑C‑TAATA‑TTGTTAAAAACAATTAAT‑TAAGTCT‑TGATttat                                                                  <  1:3297872/119‑1 (MQ=255)

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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 14 ≤` `ATCG/ATCG` `< 15 ≤` `ATCG/ATCG` `< 16 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`