Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP016816202,4770CA47.7% 300.3 / 255.5 510intergenic (+255/‑420)JCVSYN2_00840/JCVSYN2_00845hypothetical protein/lipoprotein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (150/112);  new base A (73/166);  total (227/283)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-09
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 568 total aligned reads displayed.

AAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTT‑TAT‑CTTCACAAAT‑AAAAAAAAAACAATCCCCTTTTAAAA‑AATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGACATAATATATATCT  >  CP016816/202350‑202598
                                                                                                                                  |                                                                                                                          
aagtaGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGTGTAAATAAAATACCATAAACTTAATAATTATTATAATGTATATACTCATGATCTAATAATTTAGATCAT‑TAT‑CAACACAAAT‑AAAAAAAAAAc                                                                                                                            >  1:2315927/1‑128 (MQ=255)
aagtaGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTAAATAAATCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTT‑TAT‑CTTCACAAAT‑AAAAAAAAAAc                                                                                                                            <  2:3390578/128‑1 (MQ=255)
 agtagtGAAGTTAGTGTAAATATTATAGTTAAGGTTAATTAAAATACAATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTT‑TAT‑CTTCACAAAT‑AAAAAAAAAACa                                                                                                                           <  2:4055214/128‑1 (MQ=255)
  gtagtGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATTATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTT‑TAT‑CTTCACAAAT‑AAAAAAAAAACaa                                                                                                                          <  1:3478885/128‑1 (MQ=255)
   tagtGAAGTTAGTGTATATAATAGAGTTATGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTT‑TAT‑CTTCACAAAT‑‑AAAAAAAAACAATc                                                                                                                        <  2:1914577/128‑1 (MQ=255)
   tagtGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTTATCTATATTATTATTTGTT‑TAT‑CTTCACAAAT‑Aaaaaaaaaaaaaa                                                                                                                         >  2:3557999/1‑127 (MQ=255)
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   tagtGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTA‑TTTTTTATTTGTT‑TAT‑CTTCACAAAT‑AAAAAAAAAACAATc                                                                                                                        <  1:3956129/128‑1 (MQ=255)
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    agtGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCTTGATCTATTTTTTTATTTGTT‑TAT‑CTTCAAAAAT‑AAAAAAAAAACaaaa                                                                                                                        >  1:491805/1‑126 (MQ=255)
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    agtGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTT‑TAT‑CTTCACAAAT‑AAAAAAAAAACAATc                                                                                                                        <  2:3610653/128‑1 (MQ=255)
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    agtGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAATACTT‑AAA‑CTTCACAAAT‑AAAAAAAAAAAAAta                                                                                                                        >  2:3634582/1‑127 (MQ=255)
    agtGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATCTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTT‑TAT‑CTTCACAAAA‑AAAAAAAAAAAAATc                                                                                                                        >  1:1627279/1‑128 (MQ=255)
    agtGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATATAAATCCTCTTTATCTATTTTTTTATTTAAT‑TAT‑ATTCACAAAT‑Aaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                                        >  1:274255/1‑126 (MQ=255)
     gttaatttATTGTAAATTATAGAGTTAAGTTAAATTAAAATACAATAAACTTAATAATTCTTATAATTTAGATCCTAGTGATATATTTTTTTATTTGTT‑TAT‑CTTCACAAAT‑AAAAAAAAAACAATcc                                                                                                                       <  2:1973352/122‑1 (MQ=255)
     gtGAAGTTTGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTT‑TAT‑CTTCACAAAT‑AAAAAAAAAACAATcc                                                                                                                       <  1:1435658/128‑1 (MQ=255)
     gtGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTATAAAATCTTTATCTATTTATTTATTAATT‑TAT‑CTTCACAaaa‑aaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                                       >  1:245861/1‑125 (MQ=255)
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     gtGAACTTAGTTTAAATAATAGAGTTTAGGTTAATTAAAATACCATAAACATAATAATTCTTATAATTTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTT‑TAT‑CTTCACAAAT‑AAAAAAAAAACAATcc                                                                                                                       <  2:229413/128‑1 (MQ=255)
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       gAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTATATCATCTTGATCTATTTTTTTATTTTTT‑TAT‑ATTAACAAAT‑AAAAAAAAAACaaaaaaa                                                                                                                     >  1:1313133/1‑123 (MQ=255)
       gAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTTATCTATTTTTTTATTTGTT‑TAT‑CTTCACAAAT‑AAAAAAAAAACAATcccc                                                                                                                     <  2:4458447/128‑1 (MQ=255)
         attttttgtAAATAATAGAGTTAATGTTAATTAAAATTCCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTT‑TAT‑CTTCACAAAT‑AAAAAAAAAACAATCCCCtt                                                                                                                   <  1:1068333/122‑1 (MQ=255)
         aGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTATATCCTCTTAATCTATTTTTTTATTTATT‑TAT‑CTTAACAAAT‑AAAAAAAAAACaaaaaacaa                                                                                                                   >  1:2239495/1‑121 (MQ=255)
          gTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCTTGATCTATTTTTTTATTTGTT‑TAT‑CTTCACAAAT‑AAAAAAAAAACAATCCCCtaa                                                                                                                  >  2:2656447/1‑126 (MQ=255)
          gTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTATTATATATT‑TAT‑CTTCACAAAT‑AAAAAAAAAAAAATaccataa                                                                                                                  >  2:841412/1‑124 (MQ=255)
          gTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTAAAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAAATGTT‑TAT‑CTTAAAAAAT‑Aaaaaaaaaaaaaacacaata                                                                                                                  >  1:1497813/1‑120 (MQ=255)
              gtgtAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCTTGATCTATTTTTTTATTTATT‑TAT‑ATTCAAAAAT‑AAAAAAAAAACAAACACCtaaaaaa                                                                                                              >  1:2594563/1‑122 (MQ=255)
                gtAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATTTATATAATCTATATCTATTTTATTATTTATT‑TAT‑ATTAACAAAA‑AAAAAAAAAAAAATcaaattaaaaaaa                                                                                                            >  1:598631/1‑116 (MQ=255)
                   aataatAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATTTATATACTATATATATATTTTATTAATTTTT‑TAT‑ATTCACAAAT‑AAAAAAAAAACAATACCAttaaaaattaaa                                                                                                         >  2:92315/1‑118 (MQ=255)
                   aataatAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATACTCGTGATCTATTTTTTTATTTTTT‑TAT‑CTTAACAAAT‑AAAAAAAAAAAAATCACCttaaaaattaaa                                                                                                         >  1:1906583/1‑118 (MQ=255)
                    ataataGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTT‑TAT‑CTTCACAAAT‑AAAAAAAAAACAATCCCC‑‑Ttaaaa‑attaaaa                                                                                                     >  2:3878536/1‑128 (MQ=255)
                     taataGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATATTTTTATTTGTT‑TAT‑CTTAACAAAT‑‑AAAAAAAAACAATAACCTTAaaaaa‑aaaaaaa                                                                                                     >  1:4391452/1‑128 (MQ=255)
                      aataGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATATTTTTATTTGTT‑TAT‑CTTCACAAAT‑AAAAAAAAAACAATCCC‑‑AAtaaaa‑aataaaaaa                                                                                                   >  2:4222208/1‑128 (MQ=255)
                        taGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTT‑TAT‑CTTCACAAAT‑AAAAAAAAAACAATACCC‑‑TTAAAA‑ATTaaaaaaaa                                                                                                 >  1:564121/1‑128 (MQ=255)
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                              tAATGTTTATTAAAATAAAATAAAATAAATAAATATTATAATTTATAAACTAGTTATATATTTTTTTATTTTTT‑TAA‑CTTAACAAAA‑AAAAAAAAAACAATCCCC‑‑TTAAAA‑ATTaaaaaaaaaaaaaa                                                                                           <  2:4260329/128‑1 (MQ=255)
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                               aaGGTTAATTAAAATACAATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTTTT‑TAT‑CTTCACAAAT‑AAAAAAAAAAAAATCCAC‑‑TTAAAA‑ATTaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                          >  1:2363633/1‑128 (MQ=255)
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                                  gTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTTTT‑TAT‑ATTAACAAAT‑AAAAAAAAAACAATCCCC‑‑TTAAAA‑ATTaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                       >  2:470120/1‑128 (MQ=255)
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                                    taattaaAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTTATCTATTTTTTTATTTATT‑AAT‑ATTCACAAAT‑AAAAAAAAAACAA‑‑‑ACAAATAAAA‑AATtaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                    >  1:2923851/1‑128 (MQ=255)
                                    taattaaAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTT‑TAT‑CTTCACAAAT‑AAAAAAAAAACAATCCCC‑‑TTAAAA‑ATTaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                     >  1:4022558/1‑128 (MQ=255)
                                    taattaaAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTT‑TAT‑ATTCACAAAT‑AAAAAAAAAACAATCCCC‑‑‑TAAAA‑AATtaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                    >  1:3611916/1‑128 (MQ=255)
                                      attaaAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTT‑TAT‑CTTCACAAAT‑AAAAAAAAAACAATCCCC‑‑TTAAAA‑ATTaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                   >  1:4192268/1‑127 (MQ=255)
                                         aaaaTACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTATTATATTTTTA‑TAT‑CTTCACAAAT‑AAAAAAAAAACAATAAC‑‑ATAAAAA‑ATTaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                >  2:2957417/1‑124 (MQ=255)
                                          aaaaACAATAAAATTAATAATTATTATAATTTATATCCAAGTGTTATATTTTTTTATTTTTT‑TTT‑ATTAAAAAAA‑AAAAAAAAAAAAATCCCC‑‑TTAAAA‑ATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTaaa                                                                               <  1:1177566/128‑1 (MQ=255)
                                          aaaTACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTT‑TAT‑CTTCACAAATAAAAAAAAAAACAATCAC‑‑ATTAAAA‑ATTaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                >  2:526045/1‑124 (MQ=255)
                                           aaTACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTT‑TAT‑ATTCACAAAT‑AAAAAAAAAAAAATAAC‑‑ATTAAAA‑ATTAaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                              >  2:4160948/1‑128 (MQ=255)
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                                                                                           ttttttATTTTTT‑TTT‑ATTAAAAAAT‑AAAAAAAAAAAAATACCC‑TTAAAAA‑ATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTAttttt                               <  2:2728200/128‑1 (MQ=255)
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                                                                                             ttttAATAGTT‑TAA‑CATAACAAAA‑AAAAAAAAAACAAAACCC‑‑ATAAAA‑AAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACAATTTATTTTTaaaa                           <  1:4245662/128‑1 (MQ=255)
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                                                                                                        atattaattaaaaaT‑AAAAAAAAAAAAATACACTT‑‑‑AAA‑AATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATAtt                  <  2:2197574/117‑1 (MQ=255)
                                                                                                                aaaaaaa‑aaaaaaaaaaaaATCAC‑‑ATTAAAA‑AATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGACataa           <  1:4340162/125‑1 (MQ=255)
                                                                                                                     aT‑AAAAAAAAAACAATCCCC‑‑TTAAAA‑ATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAACACAATTTATTAAAATAAAAAATTAAAAACAATTTTATTTTAAAAATAATTAATTTACAAAatatat      >  2:1123753/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                                      aaaaaaaaaaaaaaaaATACATTAAAAA‑TATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGACATAatat        <  2:324255/126‑1 (MQ=255)
                                                                                                                        aaaaaaaaaaCAATCCCCTT‑‑‑AAA‑AATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA‑TAAAAAAAAAATATATTTATAAAAATTAAAAATTAAACAACATTTTATATATAAAATAATATATAGAAATAaaataaatat  >  2:3525778/1‑126 (MQ=255)
                                                                                                                                  |                                                                                                                          
AAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTT‑TAT‑CTTCACAAAT‑AAAAAAAAAACAATCCCCTTTTAAAA‑AATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGACATAATATATATCT  >  CP016816/202350‑202598

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑