| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP016816 | 484,793 | A→T | intergenic (‑102/+69) | JCVSYN2_02220 ← / ← JCVSYN2_02225 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L7/L12 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP016816 | 484,793 | 0 | A | T | 96.8% | 8526.9 / 109.6 | 2916 | intergenic (‑102/+69) | JCVSYN2_02220/JCVSYN2_02225 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L7/L12 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/50); new base T (1391/1433); total (1433/1483) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 2988 total aligned reads displayed.
TTATTTAAAAAATAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAA‑AAAAAAAACAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCA > CP016816/484666‑484916 | aaaaaaTAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAat‑ataaaa > 1:4398638/1‑128 (MQ=255) aaaaaTAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAat‑ataaaaa < 1:500990/128‑1 (MQ=255) aaTAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTAAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCa > 1:310229/1‑128 (MQ=255) tAGTCATAACTCATAGATTTAATAGTTTTATAGTTGACCAAATAATAAGATAGAGCATAGAAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAAt < 1:1552309/128‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |