| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 165253 = | 1148 (0.640) | 186 (0.120) | 75/220 | 36.5 | 16.2% | intergenic (+217/‑325) | JCVSYN2_00665/JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser |
| ? | CP016816 | = 165249 | 919 (0.590) | intergenic (+213/‑329) | JCVSYN2_00665/JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 428 total aligned reads displayed.
ATTTTATGTTTTATTTAAGTTTTAATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCA‑TTA‑T‑A‑AAAAAAAAA‑AAAAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/165395‑165253‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑a‑aaaaaaaaa‑aaaaaaGCTAT‑TTTTTACAAGTTCAAATTAATTCTTTTAAAATTTGCATATACAAAAAATATCTAAAAAGATAATAGTTTTAGTTTCTTACTAATTCATACAAGTGCGATAAATTAATGAAACTAAATATTAT < CP016816/165249‑165123 ATTTTATGTTTTATTTAAGTTTTAATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCA‑TTA‑T‑A > 1:3673784/1‑128 TTTTATGTTTTATTTAAGTTTTAATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTAATATTTCCA‑TTA‑T‑A‑A > 2:2540965/1‑128 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AAAAGCTAT‑TTATTACAAGTTCAAATTAATTTTTTAAAAATTTGCATATACAAAAAATATCTAAAAAGATAATAGTTTTAGTTTCTTACTAATTCATACAAGTGCGATAAATTAATGAAACTAAATAT < 1:2227533/128‑1 AAAGCTAT‑TTTTTACAAGTTCAAATTAATTTTTTAAAAATTTGCATATACAAAAAATATCTAAAAAGATAATAGTTTTAGTTTCTTACTAATTCATACAAGTGCGATAAATTAATGAAACTAAATATT < 2:3878796/128‑1 ATTTTATGTTTTATTTAAGTTTTAATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCA‑TTA‑T‑A‑AAAAAAAAA‑AAAAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/165395‑165253‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑a‑aaaaaaaaa‑aaaaaaGCTAT‑TTTTTACAAGTTCAAATTAATTCTTTTAAAATTTGCATATACAAAAAATATCTAAAAAGATAATAGTTTTAGTTTCTTACTAATTCATACAAGTGCGATAAATTAATGAAACTAAATATTAT < CP016816/165249‑165123 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |