| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 87902 | 962 (0.610) | 309 (0.180) +TTT |
71/216 | 37.4 | 22.3% | intergenic (+29/‑831) | JCVSYN2_00345/JCVSYN2_00350 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L31 |
| ? | CP016816 | 87903 = | 1117 (0.620) | intergenic (+30/‑830) | JCVSYN2_00345/JCVSYN2_00350 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L31 | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 1434 total aligned reads displayed.
TTGTGTAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAAC‑AAT‑CCA‑‑‑TT‑TTTT‑TTTT‑TTTTT‑AATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTATTTTA > CP016816/87775‑88029 | ttGTGTAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAAC‑AAT‑CCa > 2:2172477/1‑128 (MQ=255)ttGTGTAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAAC‑AAT‑CCa > 1:3736352/1‑128 (MQ=255) gtgtAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAATTAAAGTTAAAATTTATAATAAAATTGATATTAATTGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATATCTGATTTAAATGGATTATTAAAC‑AAT‑CCA‑‑‑tt < 1:3527907/128‑1 (MQ=255) tgtAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATTGATTATAAAAC‑AAT‑CCA‑‑‑tt‑t > 1:2526781/1‑128 (MQ=255) tgtAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAAC‑AAT‑CCA‑‑‑tt‑t > 1:3387548/1‑128 (MQ=255) tAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAAC‑AAT‑CCA‑‑‑tt‑ttt > 2:60301/1‑128 (MQ=255) tAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAAC‑AAT‑CCA‑‑‑tt‑ttt > 2:1052643/1‑128 (MQ=255) aCAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAAC‑AAT‑CCA‑‑‑tt‑tttta > 1:1983675/1‑127 (MQ=255) aCAAAAGTGGGTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGTTTATAAAATTTATATTCATGGAAAGTCAAATTAATATTTAGATTTTTAATATCTGATTTAAATTGATTATTAAAC‑AAT‑CCA‑‑‑tt‑tttt‑t < 2:1174396/128‑1 (MQ=255) aaaaGTTGTTATTGACTTGCAAGTAAATTTTAAATTGATAATAAAATTTATATTCATGGAAAGTCAAATTAATATTTATATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAAC‑AAA‑CCA‑‑‑tt‑tttt‑ttt < 1:1865114/128‑1 (MQ=255) 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TTGTGTAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAAC‑AAT‑CCA‑‑‑TT‑TTTT‑TTTT‑TTTTT‑AATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTATTTTA > CP016816/87775‑88029 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |