| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 420,278 | 0 | C | A | 33.6% | 1534.1 / 179.7 | 1062 | intergenic (‑561/+282) | JCVSYN2_01895/JCVSYN2_01900 | 30S ribosomal protein S10/tRNA‑Thr |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (354/322); new base A (168/174); total (540/522) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1083 total aligned reads displayed.
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AAAAAATTTAAAATTAAAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCAT‑TATCTATTAATCAA‑TTTTA‑TGCTCG‑‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTT‑‑ACAAAAATATAATTTATTTGATTAAACGTATATTTATGTTT‑AATAAAAATGGAAAAGAAAGTGAATTGTCATAATAATTTAATTAAATATATAACAATGTAAGTTTTAAAACTTACTTTTTTGTTTTTATTTACTGTAAAACAAAAAAAGAAGA > CP016816/420148‑420405 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |