| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP016816 | 165,222 | G→A | intergenic (+186/‑356) | JCVSYN2_00665 → / → JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 165,222 | 0 | G | A | 98.9% | 7777.8 / 51.6 | 2543 | intergenic (+186/‑356) | JCVSYN2_00665/JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (1592/906); minor base . (6/21); total (1603/940) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.87e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 2624 total aligned reads displayed.
CTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCA‑AATTT‑TAAAAGAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGAAAAAATATTGTTAAAAGTAAT > CP016816/165097‑165349 | cTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCT‑AATTT‑TTaaaaaa > 2:3405948/1‑128 (MQ=255)cTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCA‑AATTT‑TTaaaaaa > 1:2322903/1‑128 (MQ=255)cTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCA‑AATTT‑TTaaaaaa < 1:2715900/128‑1 (MQ=255)atttAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCA‑AATTT‑TTaaaaaa > 1:6766822/2‑128 (MQ=255) 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CTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCA‑AATTT‑TAAAAGAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGAAAAAATATTGTTAAAAGTAAT > CP016816/165097‑165349 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |