| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 34945 | 1731 (0.630) | 693 (0.230) +AAA |
126/214 | 29.6 | 26.7% | intergenic (+49/+117) | JCVSYN2_00105/JCVSYN2_00110 | ABC transporter permease/cell division protein FtsH |
| ? | CP016816 | 34946 = | 1927 (0.610) | intergenic (+50/+116) | JCVSYN2_00105/JCVSYN2_00110 | ABC transporter permease/cell division protein FtsH | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 871 total aligned reads displayed.
TTTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/34819‑34945‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAA‑AATAATATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTTGTCTT > CP016816/34946‑35072 ||| TACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAAGGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGAATAACCCAACTACATTGTGTTTGCTTTTTTTATTTACTATTGAAA > 1:5843467/1‑128 TACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACAAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAATATTAAACCAAATACATTGTGTTTTATTTTTATATTTACTATTGAAA > 1:4201340/1‑128 ACTTTTTTTTGAGTTTCAACAAAAACTTTATTAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAATATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTAATATTTAAAA < 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AAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTATTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAataaaattt > 1:2641369/1‑119 AGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTTTTTGGTTATTTTATTTACTATTTAAAAAAAAAAAAAAAA‑TAAAATAaatta > 1:4000691/1‑123 AGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAataaaatttt > 2:132912/1‑118 GTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAAAaaatttaaaa > 1:1389778/1‑118 GTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTAATATTTAAAAAAAAAAAAAAAATAATAAaaataaaat > 1:1138940/1‑119 TAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAA‑AATAAAATtaacataa > 2:1037269/1‑120 AGAAATGCTGAACCAAGTACAAAGCTAAGTGAAGATGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTAGGATTTTTAATATACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAATAATAAaaaaaaaaatct > 2:1449592/1‑116 ATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑AAAAAAAAAAAAAAA‑AATAATATAATTTGCATACTATA > 1:859292/1‑128 TGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAA‑AA‑AATATAATTTAAATAATATAA > 2:5184687/1‑128 TGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑AAAAAAAAAAAAAAA‑AATAATATAATTTGATTAATATAA > 2:3897875/1‑128 CTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTTGTTTTTTTATTTACTATTGAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAAAAAAAAATTAAATAATATAAA > 1:307147/1‑128 CTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGATTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑AAAAAAAAAAAAAAA‑AATAAAATAATTTGCTTAAT‑TAAAAA > 1:6777738/1‑128 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AAAAAAAAAAAAAA‑AATAATATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTTGTCTT < 2:3116591/128‑1 ||| TTTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACATTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/34819‑34945‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAA‑AATAATATAATTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTTGTCTT > CP016816/34946‑35072 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |