| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 165267 | 1502 (0.590) | 771 (0.300) | 97/250 | 20.9 | 34.3% | intergenic (+231/‑311) | JCVSYN2_00665/JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser |
| ? | CP016816 | 165271 = | 1462 (0.580) | intergenic (+235/‑307) | JCVSYN2_00665/JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 784 total aligned reads displayed.
ATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTAAAAGAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTT‑TTTTTTTTTTTTTT‑T‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/165142‑165267‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tAA‑TGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTG‑TCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGAAAAAATATTGTTAAAAGTAATACTAAAATTATTTAATGTTAATTAAAACTTAAATAAAACATAAAATTA > CP016816/165271‑165397 ATCTCAATTGTATGAATTTGTAAGAAACTAAAACTATTATTTTTTTATATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTTAACTTGTAAAAAATAGC‑TTT‑TTTTTTTTTTTTTA‑TAA‑TGGA < 1:1901547/128‑1 CACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTT‑TTTTTTTTTTTTTT‑TAtatatttaa > 2:5239672/1‑119 CTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTT‑TTTTTTTTTTTTTT‑Ttttataattaaa > 2:360385/1‑116 TTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTT‑TTTTTTTTTTTTTTATAA‑TTTAAATATA > 1:1106049/1‑128 TGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTT‑TTTTTTTTTTTTTTATAA‑TTTAAATATAA > 1:5432639/1‑128 TGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTT‑TTTTATTTTTATTT‑AAA‑TTGAAATATAAA > 1:1500382/1‑128 GTATGAATTAGTAATAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTTAAATTGTAAAAAATAGC‑TTT‑TTTTTTTTTTTTTA‑TAA‑TGGAAATATAAAT < 1:458893/128‑1 GTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATATC‑TTT‑TTTTTTTTTTTTTTATAA‑AGTAAATAAAAA > 1:3055665/1‑128 TATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTT‑TTTTTTTTTTTTTTATAA‑TGTAAATATAAAT > 1:4618601/1‑128 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TAA‑TGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTG‑TCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGAAAAAATATTGTTAAAAGTAATACTAAAATTATTTAATGTTAATTAAAACTTAAATAAAACATAAAATTA < 2:4480024/128‑1 ATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTAAAAGAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTT‑TTTTTTTTTTTTTT‑T‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/165142‑165267‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tAA‑TGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTG‑TCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGAAAAAATATTGTTAAAAGTAATACTAAAATTATTTAATGTTAATTAAAACTTAAATAAAACATAAAATTA > CP016816/165271‑165397 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |