| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 165267 | 923 (0.500) | 540 (0.290) | 80/248 | 27.5 | 37.2% | intergenic (+231/‑311) | JCVSYN2_00665/JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser |
| ? | CP016816 | 165271 = | 905 (0.490) | intergenic (+235/‑307) | JCVSYN2_00665/JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 545 total aligned reads displayed.
TAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTAAAAGAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTT‑TTTTT‑T‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/165140‑165267‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tAATGGAAATA‑TAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGAAAAAATATTGTTAAAAGTAATACTAAAATTATTTAATGTTAATTAAAACTTAAATAAAACATAAAATTA > CP016816/165271‑165397 TTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATATC‑TTTTTTTTTTTT‑TTTTT‑AAAT > 1:175689/1‑128 TATCGCACATGTAATAATTAGTAAGAAACTAAAACAAATATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTTAACTTGTAAAAAATACC‑TTTTTTTTTTTT‑TTTTTATAATG < 1:655496/128‑1 CACTTGTTTGAATTATTAATAAAATAAAAATATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTTTAAAAAATATC‑‑TTTTTTTTTTT‑TTTTA‑TAATGGAAATA‑T < 1:1285536/128‑1 CTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATTCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTT‑TTTTT‑AAAatttaaatat > 2:3800296/1‑118 CTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTT‑TATTT‑TAAatataaaata > 1:2893005/1‑118 CTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑‑TTTTTTTTTTT‑TTTTA‑TAATGTAAATA‑TAA > 2:41409/1‑128 TTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATATTTAAAAAATTAATTTTAAATTGTAAAAAATAGC‑TTATTTATTTTT‑TTTTT‑AAAattaaattata > 1:1838914/1‑117 TGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTT‑TTTTA‑TAATGGAAATA‑TAAA < 1:3609847/128‑1 TATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTT‑TTTTTATATTGTAAATA‑TAAAT > 2:1012859/1‑128 ATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTT‑TTTTA‑AAATTTAAAAA‑TAAATat > 2:604847/1‑126 ATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑‑TTTTTTTTTTT‑TTTTA‑TAATTTAAATA‑TAAATTTT > 2:2517112/1‑128 TGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTT‑TTTTTATAATTTAAAAA‑TAAATTT > 1:3937463/1‑128 GAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTTATTTTA‑TAATAGAATTA‑TAAATTTT > 2:3567009/1‑128 GAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATATTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTT‑TTTTT‑TTAATGAAAAA‑TAAAaatta > 2:1671137/1‑123 AATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCATTTATTTTTTTT‑TTTTA‑TAATGTAAATA‑TAAATTTTA > 2:137774/1‑128 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AGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTT‑TTTTTATAATTTAAATA‑TAAATTTTAttta > 1:3964825/1‑124 AGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTT‑TTTTT‑ATATTGTAATATTAAATTTTATGTt > 2:3507249/1‑127 GTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTT‑TTTTTATAATTAAAATA‑AAAATTTTATGTAT > 1:2219758/1‑128 gAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGA‑TTTTTTTTTTTT‑TTTTTATAATTTAAATT‑TAAATTTTATTTATTT > 2:3636885/2‑128 AAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTT‑TTTTT‑TATATTAAATA‑TAAATTTTtatttattt > 2:2802730/1‑119 AAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑‑TTTTTTTTTTT‑TTTTA‑TAATGTAAATA‑TAAATTTTAGGTATTTTTTTt > 1:2085664/1‑127 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TAATGGAAATA‑TAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGAAAAAATATTGTTAAAAGTAATACTAAAATTATTTAATGTTAATTAAAACTTAAATAAAACATAAAATTA < 1:378986/128‑1 TAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTAAAAGAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTT‑TTTTT‑T‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/165140‑165267‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tAATGGAAATA‑TAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGAAAAAATATTGTTAAAAGTAATACTAAAATTATTTAATGTTAATTAAAACTTAAATAAAACATAAAATTA > CP016816/165271‑165397 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |