| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,378,802 | 0 | A | C | 53.3% | 30.6 / 41.8 | 30 | V48G (GTA→GGA) | ampC | penicillin‑binding protein; beta‑lactamase, intrinsically weak |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/3); new base C (0/16); total (11/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.66e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-05 | |||||||||||
CCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAA > NC_000913/4378655‑4378941 | ccTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑accg < 1:491933/151‑1 (MQ=255) cGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑accgcca < 1:67969/151‑1 (MQ=255) gAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑accgccac > 1:927445/1‑151 (MQ=255) aGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑accgccacc < 2:686486/151‑1 (MQ=255) cGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATAcc > 1:580343/1‑151 (MQ=255) tAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCtat > 1:349255/1‑151 (MQ=255) aaaTGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCtat > 1:282063/1‑150 (MQ=255) aaaTGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCtat > 1:387246/1‑150 (MQ=255) aaaTGTTTGGCTGACCGACCCTAACTAAAACACCGTTTGCTGTGTGCGGGGCTGTTTTTGGGCGATGCCCGCAAAGCCCAAGG‑AAAATAAAAAGGTTTTCCCTTGAAAAA‑TT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTttgtt < 2:435771/143‑1 (MQ=255) ttttGCTGACCGAACCAAACAAAAACACCTTTTGCGGTGGGAGGGGTTTTTTTTGGGCGATCTCCGCATCCCCCAAGGAAAAGTAAAAAGTTTTCCCT‑TAAAAAA‑TT‑CCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAg < 1:886072/148‑1 (MQ=255) ttGCTGCCCGACCCTACCTCAAACACCGTTTGCTGTGTGAGGGGCTGTTTTTTGGCGATGTCCGCATACCCCCAGGAAAAGAAATAAGTTTTCCCC‑TAAAAAT‑TT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCggg < 2:124948/150‑1 (MQ=255) tGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAAt > 1:895797/1‑151 (MQ=255) ccaacccTAACTAAAACACCGTTTGCTGTGTGACGGGCTGTTTTTGGGCGATGTCCGCATACCCCCAGGAAAAGTAAAAAGTTTTCCCT‑TAATAAT‑TT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATtg < 2:812310/145‑1 (MQ=255) acccTAACTAAAACACCGTTTGCTGTGTGAGGGGCTGTTTTTTGGCGATGTCCGCATACCCCCAGTAAAAGAAATAAGGTTTCCCC‑TGATAAT‑TT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCg < 2:681990/149‑1 (MQ=255) aaCTTAACTCAAACAACGTTTGCGGTGTGACGGGCTGTTTTTTGGCAATGTCCGCATAGCCCCA‑GAAAAGTTAAAAGGTTTTCCC‑TTAAAAA‑TTCCCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGc < 1:59602/150‑1 (MQ=255) ccTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGAt > 1:409463/1‑151 (MQ=255) aacGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGt > 1:168108/1‑151 (MQ=255) ttGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGAtt > 1:467256/1‑151 (MQ=255) gCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttg > 1:439678/1‑151 (MQ=255) gtgtgACGGGTTTTTTTTTGGCGATGTCCGAATGCCCCCAGGAAAAGTAATAGTTTTTCCCC‑TAATAAT‑TT‑CCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttgtt < 1:310176/150‑1 (MQ=255) gaggggCTTTTTTTGGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGAAAAGTAATAGGTTTCCCCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCGCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGAt < 2:712616/138‑1 (MQ=255) gggttttttttgGGCGATGCCCGCATACCCCCGGATAAAAAAATAAGTTTTCCCT‑TAATAAT‑TT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAggg < 2:239787/141‑1 (MQ=255) ggCTATGTCCGCAGACCCCCAGGAAAAGAAATAAGTTTCCCCT‑TAAAAAA‑TT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAg < 1:897724/151‑1 (MQ=255) cGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGc > 2:946400/1‑150 (MQ=255) ccccAGGAAAAGAAAAAGGGTTTCCCC‑TAATAAT‑TC‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCg < 2:58585/144‑1 (MQ=255) ccaaGGAAAAGTAAT‑AGGTTTTCCC‑TTAAAAATTT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGtaattaa < 2:413085/148‑1 (MQ=255) aacataataaGTTTTCCTC‑TCTTAAA‑TC‑ACAGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAgg < 2:132724/145‑1 (MQ=255) aaaGTAAAAAGGTTTCCCC‑TGAAAAA‑TT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAgg < 2:220733/149‑1 (MQ=255) aaGTTTTCCCC‑TAAAAAT‑TT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGc < 2:787799/149‑1 (MQ=255) aaGTTTTCCCC‑TAAAAAT‑TT‑CCCCCCCCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGcg < 1:626949/150‑1 (MQ=255) gttttCCCC‑TAATAAA‑TT‑ACCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGcgtc < 2:942455/148‑1 (MQ=255) gTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGcgtcgt > 1:613969/1‑151 (MQ=255) tttCCCC‑TAAAAAA‑TT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGc < 1:631459/145‑1 (MQ=255) caagATAAT‑TT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGaa < 1:934826/148‑1 (MQ=255) | CCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TGATAAA‑TT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAA > NC_000913/4378655‑4378941 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |