| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,376,505 | 0 | A | C | 47.4% | 72.2 / 36.0 | 57 | T158P (ACC→CCC) | ycjR | putative TIM alpha/beta barrel enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/1); new base C (0/27); total (29/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.00e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATATTGC > NC_000913/1376358‑1376653 | ttACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACAccc > 2:265887/1‑151 (MQ=255)ttACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACAccc > 1:305620/1‑151 (MQ=255) ccgccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCg < 2:13424/151‑1 (MQ=255) ccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCg > 1:813982/1‑151 (MQ=255) cgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCg > 2:613322/1‑150 (MQ=255) tCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCccgcc > 1:106229/1‑151 (MQ=255) gccgcGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCccgccg > 1:720000/1‑150 (MQ=255) gccgcGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGt > 1:303311/1‑151 (MQ=255) ccgcGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGtt > 1:784159/1‑151 (MQ=255) tAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACAtc > 2:861496/1‑151 (MQ=255) tGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACAtcgtcg > 1:509034/1‑150 (MQ=255) ggACGGCGACCGCAAAAGGGTGAGTGATCCCCGGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTCCCGGACCCGTGGTGTACCTCGACCCTTTAA‑C‑CCGC‑TATCGGGATCATATGAAAAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACAtcg < 1:728964/146‑1 (MQ=255) ggcgcccaaaaaaGGGGGAGGGATTCCCTGCGCGTACTGGAACGGGGCGCCGCGCGTCCCGGACCCGGGGTTTATCCCGAACC‑TTAA‑A‑CCCCTTAACGGGATAAAATAAACACCCCCCCCCCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGaaa < 2:737812/139‑1 (MQ=255) gCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACg > 2:410204/1‑150 (MQ=255) aCCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCt > 1:421566/1‑151 (MQ=255) ccGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCtt > 2:198938/1‑151 (MQ=255) ccGAAAAAGGGGGGGTGTTCCCCTGCGCGTACTGGAACAGGCCCCCGCGCGTCCCGGAACCGTGGTGTACCTCAACCCGTAAA‑C‑CCCC‑TATCAGAATAATATGACCACCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATc < 2:798584/149‑1 (MQ=255) aaaaTGGTGGTTGATTCCCTGCGCGTACTGAAACAGGTCGCCGCGCTCCCCGGACCCGTGTTTTATCTCGACCCGTTAA‑C‑CCTC‑TATAAGAATCATATAACCACCCCCCCCGCCGTTGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTaaa < 2:626299/150‑1 (MQ=255) aaaaTGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTaaa > 2:372016/1‑150 (MQ=255) aaaaTGGGGAGTGTTTCCCTGGGTTTACTGGAACAGCCCGCCGCGCGTCCCGAACCCGTGGTTTTTCCAGACCCTTTAA‑C‑CCGT‑TACCAGAATTAAATTAAAACCCCCCCGGCGGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTaa < 1:633025/149‑1 (MQ=255) aaaTGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAAc > 1:877368/1‑150 (MQ=255) aaaTGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAAc > 1:36972/1‑150 (MQ=255) tGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGt > 1:541294/1‑151 (MQ=255) tgaTTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGAtt > 2:158800/1‑151 (MQ=255) cccTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTCCCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCTTTAA‑C‑CCGC‑TATCAGGATAATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCg < 1:527714/150‑1 (MQ=255) cccTGCGCGTACGGGAACAGTTCGCCGCGCGTCCCGGAGCCGTGTTGTTTCCCGACCCGTTAA‑C‑CCGC‑TAGCAGTCTAATATGACCAACCCCCCCCCCGACGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTa < 2:128191/147‑1 (MQ=255) cccGGCGCTTACTGAAACGGGTCGCCGCGCGTCCCGGACCCGGGGTTTATCCCAACCCTTTAA‑C‑CCGC‑TATCAGGATAATAGGACAAACCCCCCCCCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCgg < 2:403514/151‑1 (MQ=255) cTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCg > 1:812456/1‑151 (MQ=255) tGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCg > 2:192701/1‑150 (MQ=255) ggAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATcac > 1:781307/1‑151 (MQ=255) ggTCGCCGCGCTTCCCGGACCGGGGGTGTATCTCAAACCTTTAA‑C‑CCGC‑TATCAGGATCATATAATAAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATg < 1:259856/148‑1 (MQ=255) cgccgcGCGTACGGGAACCGGGGTGTATCTGAACCCGTAAA‑C‑CCGC‑TATAAGGATAATATGACCACCCCCCTCGCCGGTGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGaa < 1:527691/147‑1 (MQ=255) cggcgtgTCCCGGACCCGTGGTGTATCCCGCA‑CGTTAACC‑CCGC‑TAACAGGATAATATAATACACCCCCGCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGaa < 2:258694/143‑1 (MQ=255) gcgTCCCGGACCCGTGGTGTATCTCGACCCGTTAA‑C‑CCGC‑TATCAGGATCATATGACCAACCCCCCCCCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCg < 1:428165/146‑1 (MQ=255) gTACCGGACCCGTGGTTTACCTCGACCCTTTAA‑C‑CCGC‑TATCAGGATCATATGAACAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGaagaag < 1:748664/150‑1 (MQ=255) gTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCgaaga > 2:696803/1‑148 (MQ=255) ggAACGGTGGTTTCTCAGGACCTGTTAA‑C‑CCGC‑TATAAGGATCATATAAGCACCCCCCCCGCCTATTCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATg < 2:463231/132‑1 (MQ=255) gaacccGTGGTGTATC‑CCAACCCTTAA‑ACCCGC‑TATAAGAATAATATAACCACCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATaa < 2:187942/145‑1 (MQ=255) gttgtATCTAGACCCTTAAA‑C‑CCGT‑TATCAGCATAATATAACCACCCCCCGCGAAGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGgcgc < 2:63890/147‑1 (MQ=255) ggtgTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGgcgc > 2:655913/1‑149 (MQ=255) tttATCTCGACCCGTTAA‑C‑CCGC‑TATCAGGATCATATGACCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAgg < 1:601517/148‑1 (MQ=255) tgtATCTCGAACCGTTAA‑C‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAgg < 1:479543/150‑1 (MQ=255) tATCTCAACCCGTTAA‑C‑CCGC‑TATCAGGATAATATGACAAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGgcg < 1:647555/150‑1 (MQ=255) aTCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCt > 1:199910/1‑151 (MQ=255) cccGACCCGTAAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTg < 2:909437/148‑1 (MQ=255) cGAACCTTTAA‑C‑CCGC‑TATCAGGATAATATCACCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCAt < 2:32338/151‑1 (MQ=255) gAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATg > 2:428827/1‑151 (MQ=255) ttAA‑C‑CCGC‑TATCAGGAATAAATAACAAACCCCCTCGCCAATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACaa < 1:191751/149‑1 (MQ=255) cccttaacAGGACAATATAAACACCCCCCCCGCAGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACcgcg < 2:789088/142‑1 (MQ=255) cGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGAcc > 1:192303/1‑151 (MQ=255) tATCAGAATCATATGACAAACCCCCCCCCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCt < 1:701183/149‑1 (MQ=255) aGGATAAAATGATCACCCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTc < 1:629177/149‑1 (MQ=255) taatagGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTc < 1:192702/147‑1 (MQ=255) tCATATGATCACCCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCa < 1:202669/150‑1 (MQ=255) cATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCAtg > 2:409734/1‑151 (MQ=255) tGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGc > 1:323397/1‑150 (MQ=255) aaCACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATATTg > 1:897848/1‑151 (MQ=255) acacCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATATTGc > 1:97240/1‑151 (MQ=255) acacCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATATTGc > 2:728016/1‑151 (MQ=255) acacCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATATTGc > 2:849414/1‑151 (MQ=255) | TTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATATTGC > NC_000913/1376358‑1376653 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |