| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 29,486 | 0 | C | A | 42.9% | 166.9 / 68.8 | 112 | intergenic (+291/‑165) | dapB/carA | dihydrodipicolinate reductase/carbamoyl phosphate synthetase small subunit, glutamine amidotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/18); new base A (0/48); total (46/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.33e-17 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AG‑AAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAAT > NC_000913/29337‑29633 | ttttGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AG‑AAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCcac > 1:706765/1‑150 (MQ=255)ttttGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AG‑AAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCcac < 1:366048/150‑1 (MQ=255)ttttGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AG‑AAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCcac > 2:732789/1‑150 (MQ=255) tttGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AG‑AAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCcaca < 2:900530/150‑1 (MQ=255) tgttgtTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AG‑AAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACaaa > 1:1287029/1‑150 (MQ=255) gttgttTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AG‑AAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACaaaa < 2:935596/150‑1 (MQ=255) gttgttTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AG‑AAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAaat > 1:1673486/1‑151 (MQ=255) ttAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AG‑AAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAatat < 1:544824/150‑1 (MQ=255) tAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AG‑AAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAAtata < 1:183669/150‑1 (MQ=255) aaTGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AG‑AAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaaa < 1:541433/151‑1 (MQ=255) aaTGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AG‑AAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaa < 2:1027298/150‑1 (MQ=255) aTGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AG‑AAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaaa > 2:365926/1‑150 (MQ=255) aTGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AG‑AAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaaa > 1:1615865/1‑150 (MQ=255) aTGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AG‑AAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaaa > 2:798338/1‑150 (MQ=255) gTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AG‑AAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaaaaaa < 1:1896066/151‑1 (MQ=255) tAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AG‑AAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaaaaaa < 2:1404012/150‑1 (MQ=255) tAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AG‑AAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAt > 2:1260446/1‑151 (MQ=255) aaaTTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AG‑AAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATc < 2:930832/151‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |