| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,376,505 | 0 | A | C | 41.1% | 107.1 / 10.4 | 56 | T158P (ACC→CCC) | ycjR | putative TIM alpha/beta barrel enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/7); new base C (0/23); total (26/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.85e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAA‑CCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATAT > NC_000913/1376358‑1376650 | ttACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAA‑CCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACAccc > 2:120904/1‑151 (MQ=255) tACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAA‑CCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACAccc < 1:825627/150‑1 (MQ=255) aCCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAA‑CCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCt < 2:722767/150‑1 (MQ=255) ccgccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAA‑CCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTc < 1:527251/150‑1 (MQ=255) ccgccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAA‑CCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCg > 1:465009/1‑151 (MQ=255) ccgccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAA‑CCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCg < 1:875191/151‑1 (MQ=255) gccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAA‑CCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGcc < 2:278474/151‑1 (MQ=255) aTGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAA‑CCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATg < 2:754918/151‑1 (MQ=255) gccgcGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAA‑CCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGt > 2:430804/1‑151 (MQ=255) cgcgTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAA‑CCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGtt > 2:582902/1‑150 (MQ=255) tggCCTGGACGGCGCCCGAAAAAGGGTGAGTGATCCCCTGCGGGTACTGGAACGGGTCGCCGCGCGTCCCGGAC‑CCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGAATCATATGATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACa < 1:209655/147‑1 (MQ=255) tAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAA‑CCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACAtc > 1:281776/1‑151 (MQ=255) ggggacccaaaaaGGGGGAGTGTTCCCCGGGGCGTACTGAAACAGGTCCCCGCGCGTCCCGGAA‑CGGGGGTTTACCCCGACCCGTAAAC‑CCGC‑TACCAGAAAAAAAGGATCACCACCCCCCCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGaaaa < 2:423144/140‑1 (MQ=255) acgaaaaatTGGGGGGTGCTTCCCGGCGCTTACTGGAACAGGCCGCCGCCCGTCCCGGAC‑CGGGGTTTTCTCTCAAACCGTAAAC‑CCGT‑TATCGGCATCATTTAATAACCCCCCCCGCCGTTGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATc < 1:396704/145‑1 (MQ=255) ccaaaaaaGGGTGAGTGATCCCCTGCGCGTACGGGAACGGGTCGCCGCGCGTCCCGAAC‑CCGGGGTTTATCCCAACCCTTTAAC‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCACCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACg < 1:86218/142‑1 (MQ=255) aaaggggggtgtgtTTCCCTGCCCTTCCGGGACCGGGTCCCCGCGCGTCCGGGAC‑CCGTGTTGTTTCCCG‑ACCTTTAAA‑CCCCTTATCAGGTTAATATAATAAACCCCCCCCCCGTTCCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTaa < 2:594559/139‑1 (MQ=255) aaaaGGGTGAGTGATTCCCGGCGGGTACGGAAACGGGTCCCCGCGCTTCCCGAAC‑CGGGGGTGTACCCCGAACCGTTAAC‑CCGC‑TATCAGGACAATATGACCAACCCCCCCGCGGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTaa < 2:156797/149‑1 (MQ=255) aaaTGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAA‑CCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAAc > 1:274860/1‑150 (MQ=255) aaTGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAA‑CCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACAt > 1:148840/1‑151 (MQ=255) ggTGAGTGTTCCCCTGCGGGTCGGGAAACGGGTCGCGGCGGGTCCGGGAC‑CGGTGTTGTATCCCGACCCGTAAAA‑CCGC‑TACAAGAATAATATGATCACCCCCCTGGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATg < 2:542429/149‑1 (MQ=255) gttccccTGCGCGTACGGGAACGGGTCGCCGCGTGTCCCGGAA‑CCGGGGTGTATCTCAACCCGTAAAC‑CCGC‑TATCAGGTTCATATGAAAAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTa < 2:410937/147‑1 (MQ=255) ttCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAA‑CCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATc > 2:659284/1‑151 (MQ=255) tccccTGCGCGTACTGAACCGGGCCCCCGCGCG‑CCCGGAA‑CCGTGGTTTTTCCCCAACCCTTAAACCCGT‑TATCAGGATCAAATAACAACCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGAtt < 2:460481/146‑1 (MQ=255) ccTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAA‑CCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGc > 1:635486/1‑151 (MQ=255) tACGGGAACGGGTCGCCGCGCGTCCCGGAA‑CGGTGGTTTATCTCGACCCGTAAAC‑CCGC‑TATCAGGATAATATGACCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGAt < 1:308734/146‑1 (MQ=255) gaaaCGGGTCGCCGCGCGTCCCGGAC‑CGGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAC‑CCGC‑TAGCAGGTTCATATGATAAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATca < 2:694890/148‑1 (MQ=255) gAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAA‑CCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATcac > 1:669144/1‑150 (MQ=255) gctcccgcggcgccccGAAA‑CGGTGGTTTATCCAGAACGTTTAAC‑CCTC‑AATGAGAAAAATATGATCAACCCCCTGGCGGAAGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGa < 2:253826/135‑1 (MQ=255) gcccccgcGCGCACCGGAC‑CGGGGGTTTATC‑CCAACCCTTAAACCCGT‑TATCAGAATCATATAATCACCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGaa < 2:604637/145‑1 (MQ=255) cgccgcGCGTACCGAAA‑CCGTGGTGTATCTCAAACCTTAAAC‑CCGC‑TATCAGGATAATATAATCAACCCCCCCGCCGTGGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATcac < 2:664842/142‑1 (MQ=255) cgcgcgTACCGGAA‑CCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCga > 1:303015/1‑150 (MQ=255) cgcgTACCGGAA‑CCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCga > 1:215995/1‑148 (MQ=255) gcgTCCCGGAC‑CGGTGGTGTATCGCGACCCTTAAAA‑CCGC‑TACCAGGATAATATAAACAACCCCCGCGCGGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCgaag < 2:271798/149‑1 (MQ=255) gcgTACCGGAA‑CCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGCTTTCTATCACATGAATATCgaaga > 1:80577/1‑150 (MQ=255) gcgtccGGAACCCGTGGTGTACCTCGAACCTTTAAC‑CCGT‑TATCAGGATAATATGATAAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCgaag < 2:171804/145‑1 (MQ=255) gTACCGGAA‑CCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCgaaga > 2:849299/1‑148 (MQ=255) ccGGAC‑CCGGGTTGTATCTCGACCCTTTAAA‑CCGC‑TTCAAGGACCATATAACCAACCCCCCCCCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAagaagaga < 1:163078/150‑3 (MQ=255) aa‑CCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTg > 1:871671/1‑151 (MQ=255) acccGTTGTGTTGCTCGAACTGTTAAC‑CCGC‑TATAAGGATCATATGACCACCCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTg < 2:268542/149‑1 (MQ=255) ccctttgtgtAT‑TCCAACCTTTAAACCCGT‑TACCAGAATAATATGAACACCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTgg < 2:298733/145‑1 (MQ=255) ccGTGGTTTATCTCGACCCTTTAAC‑CCTC‑TAACAGAATCATATTATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTgg < 1:311013/150‑1 (MQ=255) gtggtgTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGgcgc > 2:80524/1‑151 (MQ=255) tgtATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGgc > 1:316139/1‑151 (MQ=255) ctcGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGc > 2:9934/1‑151 (MQ=255) cgcGAACGGTAAAC‑CCGC‑TACCGGGATAATATGAACAACCCCCCCGCCGTTGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGc < 1:273237/149‑1 (MQ=255) gAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATg > 1:839673/1‑151 (MQ=255) aaCCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATg > 2:801568/1‑150 (MQ=255) aCCCTTAAACCCGC‑TATAAGGATCATATGATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCAt < 1:375139/149‑1 (MQ=255) cGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACa > 1:844772/1‑150 (MQ=255) cGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACa > 1:667571/1‑150 (MQ=255) c‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTg > 2:341263/1‑151 (MQ=255) cAGTATCATATAATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCt < 1:687646/149‑1 (MQ=255) ggATAATATAACCACCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCg < 1:703335/149‑1 (MQ=255) cATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCa > 2:172859/1‑149 (MQ=255) tatGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCAtgtg > 1:504460/1‑151 (MQ=255) tCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCatat > 1:844948/1‑151 (MQ=255) | TTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAA‑CCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATAT > NC_000913/1376358‑1376650 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |