| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,228,222 | 0 | T | G | 41.8% | 87.1 / 10.9 | 55 | pseudogene (388/1287 nt) | mdtQ | pseudogene; putative channel/filament proteins |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/23); new base G (23/0); total (32/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.98e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCC‑GTGCTTTAACC‑GTACCCAGGC‑GGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGG > NC_000913/2228074‑2228369 | gaagTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGttt < 1:224662/151‑1 (MQ=255) aaTCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTTGCGGGt > 1:797433/1‑144 (MQ=255) aaTCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTcg < 1:882950/151‑1 (MQ=255) tCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTGCTCGCGtttc > 1:928189/1‑147 (MQ=255) atatAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCgccgcc < 1:199298/151‑1 (MQ=255) taGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTTCTCGCGTTCCGCCGccc > 1:608992/1‑149 (MQ=255) gCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTGCTCCCGTTTCGCCGcccct > 1:343924/1‑147 (MQ=255) ggCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCC‑GTGCttt < 2:355348/151‑1 (MQ=255) cGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTTCTCGCGTTCCGCCCCCC‑GTGCttt > 1:98053/1‑149 (MQ=255) aTCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCCCGTTCCGCCCCCC‑CTGCttt > 1:78513/1‑147 (MQ=255) cgcgATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTTCTCGCGGTTCCCCGCCC‑GTGCTTTTAAC‑GTAccc > 2:49110/1‑151 (MQ=255) cgATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTGCTCGCGGTCCCCCCCCC‑GTGCTTTTACC‑CGAcccc > 1:556667/1‑149 (MQ=255) gATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCC‑GTGCTTTAACC‑GTACCCAg < 1:803782/150‑1 (MQ=255) gATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCCGCCCGCCAGCAATTGGCGGGTGTTGTCGCGGTCCTCCCCCC‑CTGCTTTTACC‑CGACCCAgg > 2:403823/1‑151 (MQ=255) aaTGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGGTCCCGGTCCGCCGCCC‑GCGCTTTTAAC‑CCACCCcggc‑gg > 2:934206/1‑151 (MQ=255) tgtTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTTGTCGCGGTTCGCCCCCC‑GGGCTTTTAAC‑GTACCCAGGC‑ggg > 2:319098/1‑147 (MQ=255) tgtTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTTCTTCCGTTTCCCCGCCC‑CGGCTTTTAAC‑CCACCCACGC‑ggg > 1:579520/1‑147 (MQ=255) gtTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCC‑GTGCTTTAACC‑GTACCCAGGC‑GGGCAGt < 1:322748/150‑1 (MQ=255) 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ctTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGGCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCTAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCC‑GTGCTTTAACC‑GTACCCAGGC‑GGGCAGTAA‑CCTcc < 1:998932/149‑1 (MQ=255) ctTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCC‑GTGCTTTAACC‑GTACCCAGGC‑GGGCAGTAA‑CCTcc < 1:669927/149‑1 (MQ=255) tttttCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCC‑GTGCTTTTACC‑GTACCCAGGC‑GGGCAGTAA‑CCTCCGcc > 1:633967/1‑151 (MQ=255) tttttCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTTCTCTCGTTCCCCCCCCC‑CTGCTTTTACC‑GTACCCAGGC‑GGGGAGTAA‑ACTCcccc > 2:290545/1‑151 (MQ=255) ttttCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCC‑GTGCTTTAACC‑GTACCCAGGC‑GGGCAGTAA‑CCTCCg < 2:979993/148‑1 (MQ=255) ttCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTGCTCGCGGTCCGCCCCCC‑GGGGTTTAACCGGAACCCAGGG‑GGGC‑GTAA‑CCTcccccc > 1:859085/1‑149 (MQ=255) tCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCC‑GTGCTTTAACC‑GTACCCAGGC‑GGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGa < 1:983910/150‑1 (MQ=255) cTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTGCTCCCGTTCCCCCGCCC‑GCGCCTTTACC‑CGCCCCCGGC‑GGGGCGGAA‑ACTccccccccat > 2:640494/1‑147 (MQ=255) aTTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCC‑GTGCTTTAACC‑GTACCCAGGC‑GGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGAt < 1:510619/148‑1 (MQ=255) aTTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTGCTCGCGTTTCGCCGCCC‑GTGCTTTAAAC‑GTACCCCAGC‑GGGGAGGAA‑ACTCCCCCCGATTCt > 1:108227/1‑151 (MQ=255) tgctgcAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTGCTCGCGTTCCCCCCCCC‑CGGCTTTTACC‑GGACCCCGGC‑GGGCAGTAA‑ACTcccccccgttcctt > 1:261028/1‑142 (MQ=255) gcAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTTGTCGCGGTCCGGCGCCCGGGGTTTTAACC‑GTCCCCGGGG‑GGGAGGAAA‑CCCCCCCCCGTTTTTTTcccc > 2:780161/1‑151 (MQ=255) cAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCC‑GTGCTTTAACC‑GTACCCAGGC‑GGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAg < 2:330409/151‑1 (MQ=255) cGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCC‑GTGCTTTAACC‑GTACCCAGGC‑GGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATc < 1:951919/150‑1 (MQ=255) tgtTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGGTTCGCCGCCC‑CTGCTTTAAAC‑GTACCCAGGC‑GGGCAGTAA‑ACTCCCCCCGATTCTTTTCCCAGata > 1:837245/1‑146 (MQ=255) gtTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCC‑GTGCTTTAACC‑GTACCCAGGC‑GGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCga < 1:64841/149‑1 (MQ=255) tttAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTGCTCGCGGTCCGCCGCCC‑CCGCCTTTACC‑CGACCCAGGCGGGGCGGAAA‑CCCCCCCCCG‑TTCTTTCCCCCGa > 2:93430/1‑142 (MQ=255) tAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCGAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCTC‑GTGCTTTAACC‑GTCCCCAGGC‑GGGCAGTAC‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCTAGATg < 2:518018/150‑1 (MQ=255) tAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCC‑GTGCTTTAACC‑GTACCCAGGC‑GGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATg < 1:668121/150‑1 (MQ=255) cgccgcCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCC‑GTGCTTTAACC‑GTACCCAGGC‑GGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAg < 2:637400/151‑1 (MQ=255) cgccTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCC‑GTGCTTTAACC‑GTACCCAGGC‑GGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGccc < 2:295120/151‑1 (MQ=255) gggTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTTCTCGCGTTCCCCCGCCC‑GTGCTTTTACC‑GCAACCCGGC‑GGGCAGTAA‑CCCCCCCCCCCATCTTTTCCCCGATATCGAGATGCCcgcccgcc > 2:840498/1‑149 (MQ=255) ttGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTGCTCGCGTTCCGCCGCCC‑GGGCCTTAAAC‑GGAACCAGGC‑GGGCAGGAA‑ACTCCGCCCGATTTTTTTCCCAGATATCGAGATGCCCGCCCGCCGttta > 1:894380/1‑148 (MQ=255) ccACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCC‑GTGCTTTAACC‑GTCCCCAGGC‑GGGCAGTAC‑CCCCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAg < 1:216904/148‑1 (MQ=255) cACTCCCATTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCC‑GTGCTTTAACC‑GTCCCCAGGC‑GGGCAGTAC‑CCCCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCaa < 1:797077/151‑1 (MQ=255) cACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTGCTCGCGTTCCGCCGCCC‑GTGCTTTAAAC‑GTACCCAGGC‑GGGCAGTAA‑ACTCCGCCCGATTCTTTCCCCCGATAACGAGATGCCAACCCCCCGTTAAAcc > 1:38403/1‑149 (MQ=255) cTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTTCTCGCCTTCCGCCGCCC‑CTGCTTTTAAC‑CTACCCCGGC‑GGGGCGGAA‑CCTCCCCCCCCATCTTTTCCCCGATATCGAGATGCCCGCCCGCCGGTTAACCaaa > 2:438345/1‑150 (MQ=255) cAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTGCTCGCGGTTCCCCCCCC‑CTGCTTTTAAC‑CTACCCCGGG‑GGGCAGTAACCCCCCCCCCCCTTTTTTCCCCA‑ATTTCCAGAGGCCAACCCCCCCCTAAACCcaaaaga > 2:774858/1‑147 (MQ=255) aCAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTTCTCGCGGTTCGCCGCCC‑GTGCTTTTACC‑CTACCCAGGC‑GGGGAGGAA‑ACTCCCCCCCGTTCTTTTCCCCGATATCGAGATGGCAGCCCCCCCGTAAGCCaaaaagaccctt > 1:632268/1‑143 (MQ=255) gggggcttccGCTGCCAGCCAGCAATTGGGGGGTTTGCGCGCGTCCCCCCCCCC‑GTGTTTAACCC‑GTACCCAGGC‑GGGCGGTAC‑CCTCCGCCCGATTCTTCCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTg < 2:678983/140‑1 (MQ=255) tACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCC‑GTGCTTTTACC‑GTACCCAGGC‑GGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTAACGTTGGTGTAcccc > 2:40944/1‑149 (MQ=255) cTGCGAGCCAGCAATCGGCGGATCTGCCCGCGTTCCGCGGCCC‑GTGATTAAACC‑GCACCCAGGG‑GGATACAAA‑CCTCCGCCCGTTTTTTGCCACACATATCGAGAGCCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACgg < 2:73216/149‑1 (MQ=255) agcAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCC‑GTGCTTTAACC‑GTACCCAGGC‑GGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTAc > 1:892657/1‑151 (MQ=255) ggttttGCTCGCGTCCCCCCGCCC‑GTGCTTTACCC‑GTCCCCGGGC‑GGGCAGAAC‑CCCCCGCCCGATTCTTTCCCAAGATATCGAGATGCCGGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCg < 2:337924/147‑1 (MQ=255) gggTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCC‑GTGCTTTAACC‑GTACCCAGGC‑GGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCgg > 1:59387/1‑151 (MQ=255) | GAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCC‑GTGCTTTAACC‑GTACCCAGGC‑GGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGG > NC_000913/2228074‑2228369 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |