| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,378,802 | 0 | A | C | 47.5% | 80.7 / 22.3 | 61 | V48G (GTA→GGA) | ampC | penicillin‑binding protein; beta‑lactamase, intrinsically weak |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/3); new base C (0/29); total (29/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.70e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCCCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAGGGTCT > NC_000913/4378653‑4378951 | ccccTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ac > 2:831617/1‑151 (MQ=255)ccccTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ac < 1:68625/151‑1 (MQ=255) cccTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑acc > 2:764370/1‑151 (MQ=255) cccTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑acc > 1:496793/1‑151 (MQ=255) ccTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑accg > 1:495593/1‑151 (MQ=255) cGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑accgcc > 2:350363/1‑150 (MQ=255) gAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑accgccac > 1:865785/1‑151 (MQ=255) aGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑accgccacc > 1:976328/1‑151 (MQ=255) cAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑accgccaccgc < 1:395950/151‑1 (MQ=255) aaTAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑accgccaccgcc > 2:242527/1‑151 (MQ=255) aaTAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑accgccaccgcc > 2:402216/1‑151 (MQ=255) aaTAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑accgccacc < 2:602005/148‑1 (MQ=255) aTAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑accgccaccgcc > 2:772431/1‑150 (MQ=255) aTAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑Accgccaccgcca < 1:1004007/151‑1 (MQ=255) acccACGCAAGAAAATTTTTTCCTCCCCAACCCAAACAAAAACACCTTTGGCTGTGTGCGGGGCTGTTTTTTGGCGTTGCCCGCACACCCCC‑AGGAAAAGTAATAAGTTTTCCCC‑TA‑AAAAATT‑CCCCCCACCGCCATACCCGGGATc < 1:497147/145‑1 (MQ=255) gCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGc > 1:38576/1‑151 (MQ=255) ccAGTAAATTTTTTGCTGACCGAACCAAACCAAAAAAACTTTTGTTGTGTGGGGGGCTTTTTTTGGGCGATGCCCCCATACCCCC‑AGAAAAATTAATAAGTTTTCCCC‑TA‑AAAAATT‑CCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTttgt < 2:712025/147‑1 (MQ=255) tAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCtat > 2:819488/1‑151 (MQ=255) aaaTTTTTGGCGGCCCGAACCAAACAAAAACACCTTTTGTTGGGGGGGGGGTTTTTTTTGGGGGTTGCCCCCACAGCCCC‑AGGAAAAGAAAAAAGGTTTCCCC‑AA‑AAAAATT‑ACCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCta < 1:452284/149‑1 (MQ=255) aaaTGTTTTGCTGACCGACCCTAACTAAAACAACGTTTGCTGGGTGGGGGGTTTTTTTTTGGCGATGCCCGAATACCCCC‑AGGAAAATAAATAAGTTTTCCCT‑TA‑ATAAATT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGctct < 2:430262/148‑1 (MQ=255) aaTGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCtata > 1:895005/1‑150 (MQ=255) tttttGCCCACCAAACCAAACACAAACAACTTTTGTTGTGTGAGGGGCTTTTTTTTGGCGATGTCCGCATGCCCCA‑AGAAAAAGAAATAGGTTTTCCCC‑TA‑AAAAATT‑CCCGCCCCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGct < 1:30250/141‑1 (MQ=255) tttttctacccGACCCTAACCCAAACATCTTTTGGTGTGTGCCGGGCTTTTTTTTGGCGATGCCCGCATCCCCCA‑AGGAAAAGTAATAATTTTTCCCC‑TA‑AAAATTC‑CCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCg < 1:850411/141‑1 (MQ=255) ttttGCTGCCCAAACCAACCAAAAACAGCTTTGGTTTTGTGGGGGGTTGTTTTTGGGCGATCCCCCCATACCCCC‑AGGAAAATTAAAATGTTTTCCCC‑TA‑AAAAATC‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCg < 1:1042004/150‑1 (MQ=255) tgcgacccaacccTAACACAAACAACGTTTGGTGTGGGGCGGGCTGTTTTTGGGCGATGTCCG‑ATACCCCCAATATAAAGAAAAAAGTTTTCCCC‑TA‑AAAAAAC‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCggg < 2:745357/138‑1 (MQ=255) tGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAAt > 2:610073/1‑151 (MQ=255) ccGAACCAAACAAAAACAGTGTTTGCTGTGGGACGGGTTGTTTTTTGGGGATGCCCGCATAGCCCC‑GGAAAAATTAATAATTTTTCCCC‑TA‑AAAAATC‑CCCCCCCCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATtgt < 2:577432/151‑1 (MQ=255) acccTAACTAAAACAACTTTTGCTGTGTGAGGGGTTGTTTTTTGGCGTTGCCCGCATACCCCA‑AGGAAAAGTAATAAGTTTTCCCT‑TA‑ATAATTT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGc < 2:1043499/148‑1 (MQ=255) ccaaacaaaaaCACCGTTTGTTGTGGGGCGGGCTTTTTTTGGGGGATGTCCGCATCCCCCA‑AGAAAAAGTAAAAGGTTTTCCCC‑TG‑AAAAATT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGc < 2:934662/140‑1 (MQ=255) cTAACTCAAACAACTTTTGCTGTGTGACGGGCTGTTTTTTGGCGATGCCCGCATACCCCC‑AGAAAAAGTAATAAGTTTTACCC‑TA‑AAAAATT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGAt < 2:766004/150‑1 (MQ=255) tAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGc > 2:40894/1‑151 (MQ=255) aaCACAAACAGTTTTTGCTGTGTGGGGGTTTGCTTTTGGGAGCTCCCCACATCGCCCC‑AGATAAATTAATAA‑GTTTCCCC‑TT‑TAAAATTCCCCGCACCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGAt < 1:703882/148‑1 (MQ=255) cTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGcac > 1:602540/1‑150 (MQ=255) tCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGcaca > 2:18644/1‑150 (MQ=255) cAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGCTGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTCATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATTCACaa > 2:548424/1‑150 (MQ=255) aaaCAAGTTTTGCTGTGGGAGGGGCTTTTTTTTGGCGATGCCCGCATCCCCCC‑AGATAAAGTAAAAGTTTTTACCC‑TA‑ATAAATC‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGAt < 1:342876/143‑1 (MQ=255) aaaCAACTTTTGTTGTGTGACGGGCTGTTTTTTGGCGATGCCCGAATACCCCC‑AGGAAAAGTAATAAGTTTTCCCC‑GA‑AAAAATC‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATg < 2:377830/144‑1 (MQ=255) aaaCAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAat > 1:604540/1‑150 (MQ=255) 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tGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGAttt > 1:924928/1‑151 (MQ=255) tgtgtgACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttgtt > 2:61342/1‑151 (MQ=255) tgtgtgACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttgtt > 1:629228/1‑151 (MQ=255) tgtggggggCTGTTTTTGGGCGATGCCCGCATGCCCCC‑AGGTAAAGAAATAAGTTTTCCCC‑TA‑ATAATTT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttgtt < 2:365958/143‑1 (MQ=255) gggaggggtttttttttGGCTATCTCCGAACACCCCA‑AGTAAAAGTAAAAAGTTTTCCCT‑TA‑AAAATTT‑CCCCCCCCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttgttg < 1:188754/137‑1 (MQ=255) 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tttttGGGGATTCCCCCATA‑CCCC‑ATGAAAAATAAAAAGTTTTTCCCGTA‑AAAATTT‑CCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCaa < 1:915206/148‑1 (MQ=255) ccGCATACCCCA‑AGAAAAAGAAATAAGTTTTCCCC‑TA‑AAAAATT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGc < 2:689623/144‑1 (MQ=255) cATAGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCgg > 1:534567/1‑150 (MQ=255) aaGCCCC‑AGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCgg > 1:106530/2‑148 (MQ=255) cccgagaaaaaGAAATAGGTTTTCCCG‑TA‑AAAAATC‑CCCGCCCCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGta < 1:596522/139‑1 (MQ=255) aGGTAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAGTtaata > 2:250568/1‑150 (MQ=255) tAAAGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATtaataa > 1:424105/1‑148 (MQ=255) aaaaaaataaGTTTTCCCT‑TA‑AAAATTT‑CCCGCCGCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGtaattaat < 2:5474/140‑1 (MQ=255) aaaGAAATAGGTTTTCCCT‑TA‑AAAAATC‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATtaata < 2:379629/146‑1 (MQ=255) aGTAATAAGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGgcgc > 1:900676/1‑150 (MQ=255) 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aaGGTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGcg > 1:905335/1‑150 (MQ=255) ggTTTACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGcgtcg > 2:274628/1‑151 (MQ=255) ttcccttG‑ATAATTT‑CCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGtt < 1:839966/144‑1 (MQ=255) tACCC‑TG‑ATAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGtttt > 1:443825/1‑151 (MQ=255) aTAAATT‑ACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACAt > 2:756444/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |