| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 29,496 | 0 | T | A | 47.7% | 34.8 / 26.9 | 44 | intergenic (+301/‑155) | dapB/carA | dihydrodipicolinate reductase/carbamoyl phosphate synthetase small subunit, glutamine amidotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/5); new base A (0/21); total (18/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.40e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTG‑TAAAA‑CATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTG > NC_000913/29347‑29641 | ttAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTG‑TAAAA‑CATGCATGAGCCACAAAATAatat > 2:294444/1‑150 (MQ=255) tGACCATTTGGTCCTCTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTG‑TAAAA‑CATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGcc < 2:278138/150‑1 (MQ=255) aCCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTG‑TAAAA‑CATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCAtt > 1:827036/1‑151 (MQ=255) cATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTG‑TAAAA‑CATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTa > 2:332198/1‑150 (MQ=255) cATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTG‑TAAAA‑CATGCATGAGACACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTa > 1:183384/1‑150 (MQ=255) tttGGCCCCTTTTTTTCTCCTCTTTTTTATTTCATGCAATCTTTTGGCTGCGAAAGCTTTTCCAAAAAAAGGTTAAATAATTTTTTTGTCGTTTAATGCCTG‑AAAAA‑CAGGAATGACCCAAAAAAAAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAg < 1:333971/150‑1 (MQ=255) cttttttttCTGCTTTTTTTTTTTTCATGCAATCTTTTGGCGGCGCAAGCTTTTCCAAAAACGGTTTAGATAATTTTTTTGTCGCTTAATGCCTG‑TAAAA‑CATGAAGGAGCCAAAAAAAAATATAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGAc < 1:408472/145‑1 (MQ=255) cTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTG‑TAAAA‑CATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACtttt > 2:381236/1‑150 (MQ=255) tttttcCTGCTCTTTTTTATTCCATGCATTCTTTTTGCTGCGAAAGCTTTTCCAAAAACGGGTAAGATGATCTTTTTGTCGTTTATTGCCTG‑AAAAC‑CATGCAGGACCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACttt < 2:229633/148‑1 (MQ=255) tttttcttttgttttatATTTAATCCAATTTTCTTCCTGCGAAGGCTTTTCCAAAAACGGGTTAGATATTTTTTTTGCCG‑TTAATTCCTT‑AAAAATCATGAATGGCCCAAAAAAAAATAAAAAAACTCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAg < 1:814948/138‑1 (MQ=255) tCTGCTAGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCAAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTG‑TAAAA‑CATGCATGAGCCACAAAATACTATAAATAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGcc > 1:701030/1‑150 (MQ=255) tctttttttttTCATGCAATTTTCTTGCTGCGAAGGCTTTTCCAAAAACAGTTTAGATAATTTTTTTGTCGTTAAATCCCTG‑AAAAC‑CATGCATGACCAAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCat < 2:793981/145‑1 (MQ=255) cGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTG‑TAAAA‑CATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATAtct > 1:96398/1‑151 (MQ=255) tCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTG‑TAAAA‑CATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATgcc > 1:581915/1‑151 (MQ=255) cAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTG‑TAAAA‑CATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGt > 1:167892/1‑151 (MQ=255) cgcAAGCTTTTTCAAAAACAGGTTAGATGATTTTTTTGTCGTTTAATGCTTG‑AAAAA‑CATGAATGACCAAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGa < 2:770994/145‑1 (MQ=255) cAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTG‑TAAAA‑CATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATtcgtc > 2:766049/1‑151 (MQ=255) aggctttttCAAGAACAGTTTAGATGATTTTTTTGCCGTTTAATCCTTG‑AAAAA‑CAGGAATGAGCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAAt < 2:478489/140‑1 (MQ=255) ttcccAAAAAAGGTTAAATGATTTTTTTGTCGTTTAAGCCCTG‑AAAAA‑CATGCATGACCCAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAg < 2:405906/147‑1 (MQ=255) cAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTG‑TAAAA‑CATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCCCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTACAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTg > 1:520838/1‑149 (MQ=255) ttAGATTATTTTTTTTTCGTTTACT‑CCTGAAAAAA‑CATGAATGGCCCACAAAATAATATAAAAACCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTg < 1:133192/150‑1 (MQ=255) aGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTG‑TAAAA‑CATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGAtt > 1:259492/1‑151 (MQ=255) tttttttGTCGCTAAATGCCTA‑AAAAA‑CATGCATGACCAAAAAAATAATAAAAAAATTCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGAtt < 2:642015/143‑1 (MQ=255) tttttttGTAGCTTAATCCCTA‑AAAAA‑CATGCATGACCCAAAAAATAATAAAAAAACTCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTAc < 1:439147/146‑1 (MQ=255) tCTTTTTGTCGCTTAATGCCTG‑TAAAA‑CATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtc > 2:104991/1‑151 (MQ=255) cTTTTTGTCGCTTAATGCCTG‑TAAAA‑CATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtc > 2:140248/1‑150 (MQ=255) tttttGTCGTTAAATGCTTG‑AAAAA‑CATGAATGCGCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGt < 2:659803/148‑1 (MQ=255) ttGCCGTTTATTGCTTG‑AAAAA‑CATGCATGACCCAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtcatca < 2:784729/150‑1 (MQ=255) cccTTAATGCCTA‑AAAAA‑CAGAAATAACACAAAAAAAAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATtgtg < 1:612960/149‑1 (MQ=255) cGCTTAATCCCTG‑AAAAA‑CATGCATGACCAAAAAAAAAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATtg < 2:674125/149‑1 (MQ=255) cgctaaacccctaaaaaa‑CATCCATGACACAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATtgt < 1:754135/136‑1 (MQ=255) attgcttaaaaaa‑CATGCATGACCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTa < 2:699209/142‑1 (MQ=255) tAAAA‑CATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCa > 2:75682/1‑150 (MQ=255) aaaa‑CATGCATGACCCAAAAAAAAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGc < 1:349965/148‑1 (MQ=255) a‑CATGCATGACCCAAAAAATAATATAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATa < 1:742940/150‑1 (MQ=255) gtaacacaAAAAAAAAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGATAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTAATCATTGTGAATTAATATGCAAATaa < 1:833945/139‑1 (MQ=255) cacaAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAat > 2:270505/1‑150 (MQ=255) cacaAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAat > 2:119745/1‑150 (MQ=255) aaaaaaaTAATAAAAAAAAGCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATGTACGTCATCATTGTGAAGTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAata < 2:623607/148‑1 (MQ=255) aaaaTAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATtc > 2:451291/1‑151 (MQ=255) aaaaaaTAAAAAAATCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATtct < 1:19767/151‑1 (MQ=255) ataataAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTctct < 1:332161/151‑1 (MQ=255) taataTAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTg > 2:202398/1‑151 (MQ=255) aaataTAAAAATCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGaaga < 1:271782/143‑3 (MQ=255) aataAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTg < 2:563815/150‑1 (MQ=255) | TTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTG‑TAAAA‑CATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTG > NC_000913/29347‑29641 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |