| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,665,702 | 0 | C | A | 40.0% | 141.5 / 42.8 | 90 | A37S (GCG→TCG) | gadX | acid resistance regulon transcriptional activator; autoactivator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/11); new base A (0/36); total (43/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.40e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATG‑AAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATG > NC_000913/3665552‑3665852 | aGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATG‑AAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGc < 1:388923/151‑1 (MQ=255) tgatgaACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATG‑AAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCa > 1:1034793/1‑150 (MQ=255) atgaACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATG‑AAAGCGTGTCCCTTGACACGAATTCAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCaaaa < 1:963196/151‑1 (MQ=255) gaccGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATG‑AAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAAc > 2:661492/4‑151 (MQ=255) gaACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATG‑AAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCaaaaa < 2:487434/150‑1 (MQ=255) gaACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATG‑AAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCaaaaa < 1:195248/150‑1 (MQ=255) gaACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATG‑AAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAAc < 1:961506/151‑1 (MQ=255) aaCGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATG‑AAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAAcc > 2:650951/1‑151 (MQ=255) aaCGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATG‑AAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAAcc > 1:609842/1‑151 (MQ=255) aCGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATG‑AAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAAcc > 2:982908/1‑150 (MQ=255) gAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATG‑AAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAgg > 1:522626/1‑151 (MQ=255) aGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATG‑AAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGt > 1:361604/1‑151 (MQ=255) aGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATG‑AAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGt > 1:316653/1‑151 (MQ=255) aaTGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATG‑AAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CAc < 1:33734/151‑1 (MQ=255) tGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATG‑AAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CAcc > 1:871390/1‑150 (MQ=255) agaaACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATG‑AAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCa < 2:430876/151‑1 (MQ=255) aCTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATG‑AAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTa > 1:237288/1‑150 (MQ=255) ttttttATGTGCATGAAGTTTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGAATAAATAATG‑AAAGCGTGTCCCTTGACACAAATCCAAAATTTACAACCCATTTATCTACTCAAATTTGGCTTGCACCCAAAAAACCCAGGT‑CACCGCCATTaa < 2:635889/149‑1 (MQ=255) 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aaattttAATGCCCCCTCCTTGAGCTTGGGGAAAAATAATG‑AAAGCGTGTCCCTTGACACAAATAAAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGATTTTGGCTTGCATCCGAAAAACCCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCAc < 1:180977/145‑1 (MQ=255) aaGTTTTAATCCCTCCCCCTTGACCATAGGGA‑AAAAAATGAAAAGCGTGCCCCTGAACACAAATAAAAAATTTACACCCCCCTTATCTCCTCAAATTTGCCTTACACCCAAAAAACCAAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCAc < 2:818311/149‑1 (MQ=255) aaGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATGGGGAAAAAAAAGA‑AAAGCGTGCCCCTTAACACAAATACAAATTTTTCAACCCACTTATCTACTCAATTTTGGCTTGCACCCGAAAAACCCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCa < 1:381005/148‑1 (MQ=255) ttAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATG‑AAAGCGTGTGCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCCTTaa > 2:651692/1‑150 (MQ=255) ttAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATG‑AAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAc > 2:36930/1‑151 (MQ=255) 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AGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATG‑AAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATG > NC_000913/3665552‑3665852 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |