| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,040,075 | 0 | C | G | 41.1% | 78.0 / 25.3 | 59 | L200V (CTG→GTG) | yedY | membrane‑anchored, periplasmic TMAO, DMSO reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/29); new base G (23/0); total (27/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.54e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTC‑GAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGG > NC_000913/2039929‑2040224 | cGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGaa < 2:475727/151‑1 (MQ=255) gATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGaaa < 2:352855/151‑1 (MQ=255) ggtggtGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAatat < 1:807133/151‑1 (MQ=255) tggtgCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGTGGAATATcc > 2:523906/1‑151 (MQ=255) ggtgCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGGGGGGTGgaaaaacc > 1:739092/1‑145 (MQ=255) gtgCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCtt < 2:526965/151‑1 (MQ=255) ggTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTC‑GAAGGa < 1:639227/150‑1 (MQ=255) ggTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAAAATCCTTATGTC‑GAAgg > 2:427439/1‑149 (MQ=255) ccGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTC‑GAAGGATTGCGt < 2:437140/150‑1 (MQ=255) gCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTC‑GAAGGATTGCGTCTcgac < 1:686509/151‑1 (MQ=255) cacaAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGGGGAAAATACTTATTTC‑GGAGGGGTGCGtcttgccg > 1:184503/1‑146 (MQ=255) aaaTTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGGGGGGCGGAACATCCTTTTCAA‑GAAGGAGTGCGcctc > 1:384074/1‑144 (MQ=255) aaTTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGCGGGGTGGAAAATTCTTATTTG‑GAAGGGTTGCTTCTCAACGaa > 1:875468/1‑149 (MQ=255) tGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTC‑GAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCaa < 2:243457/150‑1 (MQ=255) cgcTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGTGGAATATCCCTATTTC‑GAAGGAATGGGTCTCGACGAAGCAAAGCATcc > 2:594380/1‑151 (MQ=255) cgcTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGTGGAAAATACTTATGTC‑GAAGGGTTGGGGCTCGACGGAGCAAAGAATcc > 2:779273/1‑151 (MQ=255) cgcTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGTGAAAAATCCTTATGTT‑GAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATcc > 2:765485/1‑151 (MQ=255) cgcTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTC‑GAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATcc < 1:743986/151‑1 (MQ=255) tGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTC‑GAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGc < 2:955447/149‑1 (MQ=255) gCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTC‑GAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTc < 1:55811/150‑1 (MQ=255) cGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGTGCAAAATTCTTATTTCGGAAGGA‑TGCGGCTCGACGGAgaa > 2:829941/1‑134 (MQ=255) cGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGTGAAAAATTCTTATGTC‑GAAAGATTGGGGCTCGACGAAGCAATGCATCCCCTc > 2:154784/1‑148 (MQ=255) gAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTC‑GAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCacac < 2:685351/151‑1 (MQ=255) gAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTC‑GAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCacac < 1:405113/151‑1 (MQ=255) aCCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGGGTAATATCCTTATGTT‑GGCGGGTTGCGTCTCCACGGAGCTATgt > 1:126645/1‑136 (MQ=255) aCCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTC‑GAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACtgatga < 2:106446/151‑1 (MQ=255) aCCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGCGGGCTGAAATATCCTTATGTC‑GAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACtgatg < 2:816703/150‑1 (MQ=255) ccAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGAGGGGTGCAAAATACTTATTTC‑CAAGGGATGCGTCTCGACGGGGGAAAGCAACCGCCCACACtcatga > 1:169906/1‑150 (MQ=255) gCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTC‑GAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGgt < 1:937032/150‑1 (MQ=255) aGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGTGAAAAATCCTTATGTC‑GAAGGATTGGGTCTCGGCGAAGCAAAGCAATCGCCCCCACCGATGACCGGAgggg > 1:341499/1‑145 (MQ=255) aTGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGTGGAAAATCCTTTTGTC‑GGAGGATTTGGTCTCGACGGAGCAAAGGATTCGCCCACACTGATTACCGTAgggggtt > 2:426808/1‑142 (MQ=255) aTGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTC‑GAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTTTATgg < 2:151792/151‑1 (MQ=255) aTGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTC‑GAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTTTATg < 2:387003/150‑1 (MQ=255) cGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTC‑GAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTTTATGGCaa < 2:73739/150‑1 (MQ=255) gCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGTGAAAAATCCTTATGTC‑GAAGGATTTCGTCTCGACGGAGCAAAGCATCCCCCCCCACTGATGACCGGAGGGGGTTTTGGCAAgg > 2:1030655/1‑151 (MQ=255) gCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTC‑GAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTTTATGGCAAgg < 1:681793/151‑1 (MQ=255) aaCAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGTGAAAAATTCCTATGTC‑GAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAAAGCATCCGCCCCCACTGATGAACCGAGGGGTTTATGGCAAGGCGGTAcc > 2:839861/1‑150 (MQ=255) tttATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTTGGGTGGAAAATCATTATGTC‑CAAGGAATGGGGCTTGGCGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGATAGCAGGGGTTTTTTGGAAGGGGGCACCGcc > 1:338921/1‑148 (MQ=255) tttATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGGAATATCCTTATGTC‑GAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGGATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGGGGTTATGGCCAGGCGTTACcccccc > 2:274031/1‑148 (MQ=255) ttATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGGGGGGTGAAAAAAACTTTTTTT‑GGAGGGTTGCGGTTGGAGGAAGGAAATCATCCCCTCACACTGATGGACGTAGGGGGTTTTGGGAAGGGGGTAACCCcac > 2:629123/1‑149 (MQ=255) gCACCGGAACAGATGCCGGCCCAGCAGCACCGTTTTATCGGCGGTGGGTGAAAATATCCTTATGTG‑GAAGGAGTGCGTCGCGACGAAGCAATGCACCCGCTCCCACTGATACCCGTGGGTGTTTGTGGCAAGGCGTTACCGCCACaaaa < 1:63117/149‑1 (MQ=255) cACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGCCCGTTTTATCGGGGGTGGGCTAAAATATCCTTATGTC‑GAAGGATTGCTTCTCGACGAAGAAATGCACCCGCTCACACTGAGGACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATg < 1:511414/150‑1 (MQ=255) ggAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGGGCAAAATCCCTATGTT‑CAAGGGTTGCGTCTCGACGAAGGAAAGCATCCGCTCACACTGCTGACCGGAGGGGTTTTTGGGAAGGAGGTACCGCCACcaaaaag > 1:216845/1‑144 (MQ=255) agcAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGGGGGGGGGAATAACCATTTGGC‑GAGGGATTGCGGCTCGACAAAGCAAAGCATCCGCGCACACAGATGACCGGGGGGGGTTATGGGGAGGCGGTACCGCCACCAAATggag > 1:976359/3‑145 (MQ=255) gATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGTGAAAAATCCTTTTTTC‑GAAGGATTGCGTCTCGACGGAGAAAAGCATCCCCTCACACTGATGACCGTAGGGGGTTTTGGCAAGGCGGTACCGCCCCAAAAAGGCGcggcggg > 1:664381/1‑149 (MQ=255) aTGCCAGGCCAGCAGGCCCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTC‑GAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGc < 2:623782/151‑1 (MQ=255) aggccagCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGTGAAATATCCTTATTTC‑GAAGGATTGTGTCCCCACGGAGCAAAGCCTTCCCCCACACCTATGACCGGAGGGGTTTTTGGCAAAGGGTTTACGCCACCAAAAGGGGCGCCGGTGCGGCt > 2:979277/1‑150 (MQ=255) agaccagAAGGCCCCCTTTATCGGGGGGGGTTTAAAATTTCTTTATGTC‑GAAGGATTGCGTCTCGCCGAAGAAATGTATCCGCTCACACTGATGTCCGTAGGTTTTTATGGAAAGGGGTAACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACt < 2:636089/147‑1 (MQ=255) ggccagGAGGGCCGCTTTGTCGGGGGTGGGCGGAAATATCGTTAGGGC‑GATGGATTGCGCCTGGACGAAGAAATGCACCCGCTCCCGCTGGTGACGGGAGGTGTTTATGGCAGGGCGTGACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGAca < 1:328577/149‑2 (MQ=255) ggccagCAGGCCCGTTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTC‑GAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGa < 2:718890/151‑1 (MQ=255) ccagCAGGACCGTTTTATCGGGGGTGGGCTGAAATATCTTTATGTC‑GAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGCCCGTGGGTGTTTAGGGCAGGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGAtt < 1:820398/151‑1 (MQ=255) ggagGACCGTTTTATGGGCGGTGGGTGAAAATATCCTTATGTC‑GAGGGATTGGGTCTCGAGGAAGCAATGCACCCGCTCACCCGGATGCCCGGGGGTTTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGAtt < 1:856615/146‑1 (MQ=255) cagGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGTGAAATATCCTTATGTC‑CAAGGGTTGCGGCTCGACGAAGCAATGCATCCCCTCACACCGATTAACGTAGGTGGTTATGGGAAGGCGTTAACCCCCCAAAAAGGCGCGGCGGGGCGACCGATtgt > 2:230349/1‑149 (MQ=255) ggACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTC‑GAGGGATTGCGTCCCGACGAAGAAATGCATCCGCCCACACGGATGACCGTGGGTTTTTATGGCAAGGCTTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATtgtg < 1:668495/148‑1 (MQ=255) ttAGCGGCGGGGGGCTAAAATATCCTTATGTC‑GAAGGATTGCGCCTCGACGAGACAATGCATCCGCTCACACTGATGGCCGTAGGTGTTTATGGAAAGTCTTTGCCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAat < 1:238025/150‑1 (MQ=255) cggcggTGGGCTGAAATATCCTTATGTC‑GAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGGGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATgg > 1:948182/1‑150 (MQ=255) ggcggTGGGCTTAAATATCCTTATGGC‑GAAGGATTGCTTCTGGACAAAGCAAGGCATCCGCTCCCACTGATGACCGGAGGTGTTTATGGAAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAatat < 2:184584/147‑1 (MQ=255) ggTGGGCTAAAATATCCTTATGTA‑GAAGAATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCTCCCGCTCACTCTGATGACCGGAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTa < 2:179773/151‑1 (MQ=255) gCTGAAATATCCTTATGTC‑GAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAggg > 2:580945/1‑151 (MQ=255) | CGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTATGTC‑GAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGG > NC_000913/2039929‑2040224 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |