| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 657,894 | 0 | T | C | 40.4% | 53.7 / 19.4 | 48 | G15G (GGA→GGG) | flc | fluoride efflux channel, dual topology membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/6); new base C (0/19); total (22/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.56e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACACTGGATCAATGTTCGTCATCCTGCTGAACCATGCGAATCCTATTCCTATGATGAATGCCCCAATCAGGTTTGC‑TGTCAGCGTCCCCAACGGAATCGCCTGA‑TGCAGTGGGTTAAATCGCATACTTAACAGCC‑ATCTCGCCACGCTTCCCGTACCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAACACTGCAAAATCCTGCTATTTGATTTGTATGAGTGATAAGTGTAACGCCGAATAATCGTCGTTGGCGAATTTTACGACTCTGACAGGAGGTGGCAATGCTGGT > NC_000913/657745‑658038 | cacaCTGGATCAATGTTCGTCATCCTGCTGAACCATGCGAATCCTATTCCTATGATGAATGCCCCAATCAGGTTTGC‑TGTCAGCGTCCCCAACGGAATCGCCTGA‑TGCAGTGGGTTAAATCGCATACTTAACAGCC‑ATCTCGCCACGCTTc > 2:767911/1‑151 (MQ=255)cacaCTGGATCAATGTTCGTCATCCTGCTGAACCATGCGAATCCTATTCCTATGATGAATGCCCCAATCAGGTTTGC‑TGTCAGCGTCCCCAACGGAATCGCCTGA‑TGCAGTGGGTTAAATCGCATACTTAACAGCC‑ATCTCGCCACGCTTc > 1:696557/1‑151 (MQ=255) tGGATCAATGTTCGTCATCCTGCTGAACCATGCGAATCCTATTCCTATGATGAATGCCCCAATCAGGTTTGC‑TGTCAGCGTCCCCAACGGAATCGCCTGA‑TGCAGTGGGTTAAATCGCATACTTAACAGCC‑ATCTCGCCACGCTTCCCGt > 1:719195/1‑150 (MQ=255) aTCAATGTTCGTCATCCTGCTGAACCATGCGAATCCTATTCCTATGATGAATGCCCCAATCAGGTTTGC‑TGTCAGCGTCCCCAACGGAATCGCCTGA‑TGCAGTGGGTTAAATCGCATACTTAACAGCC‑ATCTCGCCACGCTTCCCGTacca < 2:125302/151‑1 (MQ=255) aTCAATGTTCGTCATCCTGCTGAACCATGCGAATCCTATTCCTATGATGAATGCCCCAATCAGGTTTGC‑TGTCAGCGTCCCCAACGGAATCGCCTGA‑TGCAGTGGGTTAAATCGCATACTTAACAGCC‑ATCTCGCCACGCTTCCCGTacc > 2:407905/1‑150 (MQ=255) tCAATGTTCGTCATCCTGCTGAACCATGCGAATCCTATTCCTATGATGAATGCCCCAATCAGGTTTGC‑TGTCAGCGTCCCCAACGGAATCGCCTGA‑TGCAGTGGGTTAAATCGCATACTTAACAGCC‑ATCTCGCCACGCTTCCCGTacca > 2:286678/1‑150 (MQ=255) ttCGTCATCCTGCTGAACCATGCGAATCCTATTCCTATGATGAATGCCCCAATCAGGTTTGC‑TGTCAGCGTCCCCAACGGAATCGCCTGA‑TGCAGTGGGTTAAATCGCATACTTAACAGCC‑ATCTCGCCACGCTTCCCGTACCACCGCCa > 2:501233/1‑150 (MQ=255) ctaacccATGCGAACCCTTTCCTTTTGATAAATCCCCCAATCGGTTTGGT‑TGTCAGCGCCCCCAA‑GGAATCCCCTGATTGCAGGGGTTTAAATCCAATCCTAAACACCC‑ATCTCCCCACGTTCCCCGTCCCACCGCCAATAAAAACTGc < 2:599927/144‑1 (MQ=255) aaCCATGCGAATCCTATTCCTATGATGAATGCCCCAATCAGGTTTGC‑TGTCAGCGTCCCCAACGGAATCGCCTGA‑TGCAGTGGGTTAAATCGCATACTTAACAGCC‑ATCTCGCCACGCTTCCCGTACCACCGCCAATAAAAACTGCTaaa > 2:50743/1‑150 (MQ=255) aCCATGCGAATCCTATTCCTATGATGAATGCCCCAATCAGGTTTGC‑TGTCAGCGTCCCCAACGGAATCGCCTGA‑TGCAGTGGGTTAAATCGCATACTTAACAGCC‑ATCTCGCCCCGCTTCCCGTACCACCGCCAATAAAAACTGCTaaa > 2:231757/1‑149 (MQ=255) aTGCGAATCCTATTCCTATGATGAATGCCCAAATCAGGTTTGC‑TGTCAGCGCCCCCAACGGAATCGCCTGA‑TGCAGTGGGTTAAATCGCATACTTAACAGCC‑ATCTCGCCCCGCTCCCCGTACCACCGCCAATAAAAACTGCTAAaagaag < 1:508596/151‑1 (MQ=255) gAATCCTATTCCTATGATGAATGCCCCAATCAGGTTTGC‑TGTCAGCGTCCCCAACGGAATCGCCTGA‑TGCAGTGGGTTAAATCGCATACTTAACAGCC‑ATCTCGCCACGCTTCCCGTACCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGt > 1:523486/1‑151 (MQ=255) tcctattcctatGATGAATGCCCCAATCAGGTTTGC‑TGTCAGCGTCCCCAACGGAATCGCCTGA‑TGCAGTGGGTTAAATCGCATACTTAACAGCC‑ATCTCGCCACGCTTCCCGTACCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAac > 2:47125/1‑151 (MQ=255) cctattcctatGATGAATGCCCCAATCAGGTTTGC‑TGTCAGCGTCCCCAACGGAATCGCCTGA‑TGCAGTGGGTTAAATCGCATACTTAACAGCC‑ATCTCGCCACGCTTCCCGTACCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAac > 2:332132/1‑150 (MQ=255) ctactcctatGATAAATCCCCCAATCGGGTTTGC‑TGTCCGCCTCCCAAACGGATTCCCGGAA‑GGCGGTGGTTAAAATCCTATTTTAAACACAC‑ATCGAGCCGCTCTACCCGGCCCGCCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTaa < 2:721950/148‑1 (MQ=255) tattcttatAATAAATGCCCCAACCAGGTTTGC‑TTTCACGGCCCCCAGCGGAACCGCCTGA‑TGCAGTGGGTAAAACCGAATAATAAACACCA‑ATAGCCCCACGCTTCCCGTCCCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTaa < 2:108006/147‑1 (MQ=255) atgatgAATGCCCCAATCAGTTTTGC‑TGCCAGCCCCCCCACCGGAATCGCCTGA‑TGCAGTGGGTTAAATCCAATACTAAACACCC‑ATCTCGCCCCTCTCCCCGCACCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAACACTGCa < 2:21937/147‑1 (MQ=255) gccacaataGGTTTGCTTGCCAGCGCCCCGACGGGAGTCGCCTGA‑TGCATGGGGTTAACCCGAAAACTAACCACCC‑ATCACCCCGCGCTCCCCGTACCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAACACTGCAAAATCCTGCTa < 2:683479/141‑1 (MQ=255) 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tttGC‑TATCAGCGCCCCCAACGACACCGCCTAA‑GGCAGGGGTTAAAAACGCATAATTAAAACCA‑ATATCGCCTCGCTCCCCGTACCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAACACTGCAAAATCCTGCTATTTGATTTGTATg < 2:234837/150‑1 (MQ=255) tGTCAGCTCCCCCAACGGAATCCCTTGA‑TGCAGTGGGTTAAATCGCATACTTAACAGCC‑ATCTCGCCACGCTTCCCTTACCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAACACTGCAAAATCCTGCTATTTGATTTGTATGAGTg < 1:836402/149‑1 (MQ=255) tGTCAGCGCCCCAAACGGAATCGCCTGA‑TGCAGTGGTTAAAATCGCATACTAAACAGCC‑ATCCCCCCACGCTCCCCGTCCCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAACACTGCAAAATCCTGCTATTTGATTTGTATGAGTg < 1:323987/149‑1 (MQ=255) acaacacccccTGA‑CGCGGGGGTTTAAACCAAATAC‑TAACCGCCAATCTCCCAACTCTCCCCGTACCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAACACTGCAAAATCCTGCTATTTGATTTGTATGAGTGATaa < 2:108633/130‑1 (MQ=255) cgaaaTCGCCTGA‑TCCAGTGGTTAAAATCAAATAATTAACACCA‑ATCTCGCCACGCTCCCCGAACCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAACACTGCAAAATCCTGCTATTTGATTTGTATGAGTGATAAGTGTAACGc < 2:217854/144‑1 (MQ=255) gaaaTCCCTTGA‑TGCGGTGGTTTAAATCGAATACTAAACAGCC‑TTCCCGCCCCGCTCCCCGTCCCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAACACTGCAAAATCCTGCTATTTGATTTGTATGAGTGATAAGTGTAACGCCg < 1:768106/146‑1 (MQ=255) aaTCTCGTGA‑TGCAGTGGGTTAAATCACATACTTAACACCC‑ATCCCGCCACTCTCCCCGTACCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAACACTGCAAAATCCTGCTATTTGATTTGTATGAGTGATAAGTGTAACGCCGa < 1:147249/147‑1 (MQ=255) ccTGA‑TGCGGTGGGTTAAATCGCATCCTTAACAGCC‑ATCTCCCCACGCTTCCCGTACCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAACACTGCAAAATCCTGCTATTTGATTTGTATGAGTGATAAGTGTAACGCCGaataat < 1:711459/147‑1 (MQ=255) tGCAGTGGGTTAAATCGCATACTTAACAGCC‑ATCTCGCCACGCTTCCCGTACCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAACACTGCAAAATCCTGCTATTTGATTTGTATGAGTGATAAGTGTAACGCCGAATAATCGTCGTTgg > 2:652249/1‑151 (MQ=255) attGGGTTAAATCGCATACTTAACAGCC‑ATCTCGCCACGCTTCCCGTACCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAACACTGCAAAATCCTGCTATTTGATTTGTATGAGTGATAAGTGTAACGCCGAATAATCGTCGTTGGCg > 2:615940/3‑150 (MQ=255) 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cGCCACGCTTCCCGTACCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAACACTGCAAAATCCTGCTATTTGATTTGTATGAGTGATAAGTGTAACGCCGAATAATCGTCGTTGGCGAATTTTACGACTCTGACAGGAGGTGGCAATGCt > 1:728598/1‑151 (MQ=255) cGCCACGCTTCCCGTACCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAACACTGCAAAATCCTGCTATTTGATTTGTATGAGTGATAAGTGTAACGCCGAATAATCGTCGTTGGCGAATTTTACGACTCTGACAGGAGGTGGCAATGCt > 1:479547/1‑151 (MQ=255) gCCACGCTTCCCGTACCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAACACTGCAAAATCCTGCTATTTGATTTGTATGAGTGATAAGTGTAACGCCGAATAATCGTCGTTGGCGAATTTTACGACTCTGACAGGAGGTGGCAATGCTg > 1:172710/1‑151 (MQ=255) ccACGCTCCCCGTACCGCCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAACACTGCAAAATCCTGCTATTTGATTTGTATGAGTGATAAGTGTAACGCCGAATAATCGTCGTTGGCGAATTTTACGACTCTGACAGGAGGTGGCAATGCt < 1:408006/149‑1 (MQ=255) cACGCTTCCCGTACCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAACACTGCAAAATCCTGCTATTTGATTTGTATGAGTGATAAGTGTAACGCCGAATAATCGTCGTTGGCGAATTTTACGACTCTGACAGGAGGTGGCAATGCTGGt > 2:148941/1‑151 (MQ=255) | CACACTGGATCAATGTTCGTCATCCTGCTGAACCATGCGAATCCTATTCCTATGATGAATGCCCCAATCAGGTTTGC‑TGTCAGCGTCCCCAACGGAATCGCCTGA‑TGCAGTGGGTTAAATCGCATACTTAACAGCC‑ATCTCGCCACGCTTCCCGTACCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAACACTGCAAAATCCTGCTATTTGATTTGTATGAGTGATAAGTGTAACGCCGAATAATCGTCGTTGGCGAATTTTACGACTCTGACAGGAGGTGGCAATGCTGGT > NC_000913/657745‑658038 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |