| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,376,505 | 0 | A | C | 61.8% | 23.6 / 43.7 | 34 | T158P (ACC→CCC) | ycjR | putative TIM alpha/beta barrel enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/0); new base C (0/21); total (13/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.08e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.06e-07 | |||||||||||
TTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCG‑TTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATATTGCGG > NC_000913/1376358‑1376655 | ttACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCG‑TTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACAccc > 2:348919/1‑151 (MQ=255) ggACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCG‑TTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGa > 2:709272/1‑150 (MQ=255) ggACGGCGACCGAAAAAGGGTGAGTGATCCCCGGCGCGTACTGAAACGGGTCGCCGCGCGTACCGGACCC‑GT‑GGTTTATCTCGACCCG‑TAAAC‑CCCCTATCAGGATCATATGACCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACAtcgtcg < 2:224798/149‑1 (MQ=255) cgcccaaaaaaTGGTGAGTGTTCCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGACCC‑GG‑GGTGTATCTCGACCCT‑TTAAC‑CCGCTATCAGGATCATATGATCACCCCCCTCCCCGATCCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGAt < 1:624854/144‑1 (MQ=255) aataTGGGGAGTGATCCCCTGCGCGTCATTGAACAGGTCGCCGCACGTACGGAACCC‑GT‑GGTGTCTCTCTAACCG‑TTAAC‑CCCTGACCGGGCACATATGAACACCCCCCTCGCCGGTGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTaaa < 2:357152/147‑1 (MQ=255) tGGTGAGTGATCCCCTGCGCGTACTGAAACAGGCCCCCGCGCGTCCCGGACCC‑GT‑GGTGTATCTCGACCCT‑TAAAC‑CCGCTATCAGGATCATATAACCACCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATg < 1:78842/150‑1 (MQ=255) ggTGAGTGTTTCCCGGCGGGTCCGGGAAAAGGTCGCGGCGCGTCCCGGACCG‑GG‑GGTGTATCTC‑AACCGTTTAAC‑CCGCTATAAGGATCAAATGATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACAt < 1:459706/148‑1 (MQ=255) ggTGAGTGTTCCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGACCC‑GT‑GGTTTATCTCGAACGG‑TTAAC‑CCGCTATCAGAATCATATGACCACCCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTa < 1:544204/151‑1 (MQ=255) cccTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCG‑TTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCgg > 1:16848/1‑151 (MQ=255) tGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCG‑TTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCg > 1:293807/1‑150 (MQ=255) aCTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGACCC‑GT‑GGTGTATCTCGACCCG‑TTAAC‑CCGCTATCAGGATAATATGATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCt < 1:124525/149‑1 (MQ=255) gAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCG‑TTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATcac > 1:629251/1‑150 (MQ=255) acaagttCGCCGCGCGTACCGGGCCG‑GT‑GTTTTATCTGGAACCG‑TAAAC‑CCGCTAACAGGATCATATAACCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATcaca < 2:701050/144‑1 (MQ=255) aaagggTCGCCGCGCGTCCCGGAACC‑GT‑GTTGTA‑CCCGGACCC‑TTAAACCCGCTATGAGGATCATATGATCACCCCCCTCGCCGGTGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACAt < 1:36554/147‑1 (MQ=255) aaCAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACT‑GG‑GGTTTATCTCGAACGG‑TAAAC‑CCGCTATCAGTATCATATGACCACCCCCCCCCCCGAGGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATcac < 2:374052/149‑1 (MQ=255) ggTCGCCGCGCGTCCCGGAACG‑GT‑GTTGTATCTCGACCCT‑TTAAC‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGa < 1:557145/149‑1 (MQ=255) gcgcgTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCG‑TTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTATATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCga > 1:319051/1‑149 (MQ=255) tACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCG‑TTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCgaaga > 1:589186/1‑147 (MQ=255) ccGGAACCGGT‑GGGTTATC‑CCAACCC‑TTAAACCCGTTAACAGAATCAAAT‑AACCACCCCCCCGCCGATCCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATa < 2:377021/150‑1 (MQ=255) ccGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCG‑TTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATa > 1:388900/1‑150 (MQ=255) cGGAACC‑GTGGGTTTTTCTAGACCCG‑TTAAA‑CCGCTACCAGAAGAATATAATCACCCCCCCCGCGTATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGAt < 2:57095/149‑1 (MQ=255) ggtgTATCTCGAACCG‑TTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGgcgc > 1:375204/1‑149 (MQ=255) cactccacccttaaaa‑CCGCTATGAGCACCATGGTAACAACCCCCTCCCCGATCCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGgc < 1:192887/135‑1 (MQ=255) ctcGACCCG‑TAAAC‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACCCCCCCGCCAATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAgg < 2:320944/145‑1 (MQ=255) cttaaaa‑CCCCTATCAGAATCATATAATCACCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACa < 1:504390/146‑1 (MQ=255) ttAAC‑CCGCTATAAGAATCATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAAc < 2:216548/150‑1 (MQ=255) ttAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAAcc > 1:62241/1‑151 (MQ=255) aaacccGCTATCAGGATCATATAACCAACCCCCCCGCCGAGGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACcg < 1:451119/147‑1 (MQ=255) aa‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACcgcg > 2:321411/1‑151 (MQ=255) acccGCTATCAGGATCATATGATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACcgcg < 1:484031/149‑1 (MQ=255) ccGCTAACAGGATCATATGACCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAAcc < 2:32567/146‑1 (MQ=255) aTCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGc > 2:713319/1‑150 (MQ=255) aaatGACCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCAt < 2:188835/147‑1 (MQ=255) tCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCatat > 2:347999/1‑151 (MQ=255) acCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATATTGCgg > 1:520706/1‑151 (MQ=255) | TTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCG‑TTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATATTGCGG > NC_000913/1376358‑1376655 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |