| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,781,645 | 0 | A | C | 42.2% | 141.9 / 22.7 | 91 | V361G (GTT→GGT) | ypjA | adhesin‑like autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/12); new base C (0/38); total (40/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.82e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCC‑ATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAA‑TTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAACACATTGTCTGCCACGT > NC_000913/2781496‑2781795 | aggaTATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCC‑ATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAA‑TTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAAc > 1:1164927/1‑151 (MQ=255) ggaTATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCC‑ATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAA‑TTGTGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAAc < 2:1118500/150‑1 (MQ=255) tataTTTGTTGTGTCATCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCC‑ATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAA‑TTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAAcc < 2:1061351/148‑1 (MQ=255) ataATTGTTGTGTCGGTTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCC‑ATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAA‑TTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAAccc < 2:196169/148‑1 (MQ=255) ttttagcAGCTTTCCCGCCTCTTTTGATATTTGGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCC‑TTAATTATTAATATTCTGTGTTCCACCATTAA‑TTATGCTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATaa < 2:1007000/132‑1 (MQ=255) cAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCC‑ATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAA‑TTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCg > 2:620468/1‑151 (MQ=255) cTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCC‑ATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAA‑TTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGt > 1:1140859/1‑151 (MQ=255) tttCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCC‑ATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAA‑TTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTc > 2:584103/1‑151 (MQ=255) tttCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCC‑ATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAA‑TTATAGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTc > 2:1243178/1‑151 (MQ=255) tcccccGCCCCTTTTGATATTTTGCGTCCCGTTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTTTGCC‑ATATTTATTAATTTTCTGTTTCCCCCCATTAA‑TTATGTTTTTTGGCGCTTTTCCTCCAACACCCAAACCCCCGCCATTATCTATTCgg < 2:487596/145‑1 (MQ=255) ttCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCC‑ATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAA‑TTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCg > 2:215211/1‑151 (MQ=255) cccccGCCCCTTTTAATTTTTTGCGTCCCGCTGTTGATATGGGGCCCGGTGGCTATGCA‑AAAATTATTAATTTTCTGTGTCCCCCCATTAA‑TTATGGTTTTTGTCGCTTTTCCTCCAACACCAACACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTc < 1:153628/148‑1 (MQ=255) tCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCC‑ATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAA‑TTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGc > 1:109260/1‑151 (MQ=255) ccccGCCGTTTTTGTTTTTTGGCTTTCCTTTGTTAATATGGGTGCTTGT‑GCTTCGCCAATAATTATTAATATTCGGTGT‑CCCCCATTAATTTATGTTCTTTGTCGCGTTTCCGGCAACACCCAAACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTc < 2:1172627/148‑1 (MQ=255) ccccGCCGTTTTTGATATTTTGGGTTCCGGTTTTGATATGGGTGCCTTTGGTTTTCCC‑ATATTTATTAATTTTCTGTGTCCCCCATTTAT‑TTATGGTTTTTGGCGGGTTCCCTAGAACACCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGc < 2:1218284/150‑1 (MQ=255) ccgccgTTTTTGATTTTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATCCC‑AAAATTATTAATATTCGGTGTCCCCCCATTAA‑TTATGGTTTTTGTCGCTTTTCCTGCAACATCCAAACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCAt < 1:466379/151‑1 (MQ=255) ccgccgCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCC‑ATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAA‑TTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCAt > 2:463865/1‑151 (MQ=255) ccgccgCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCC‑ATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAA‑TTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCAt > 1:629818/1‑151 (MQ=255) 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tttGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCC‑ATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAA‑TTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCttt > 2:1148232/1‑150 (MQ=255) atatTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCC‑ATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAA‑TTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCAt > 2:1204673/1‑151 (MQ=255) ttttGCTTCCCGTTGTTGATTTTGGTGCTTGTGGTTATGCA‑ATAATTATTAATATTCTGTGTCCCACCATTAT‑TTAGGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACACCCAAACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTg < 1:258935/150‑1 (MQ=255) ttttGCGTTCCTCTGTGAATGTTGGTGCTTGTGGTTATGCA‑ATAATTATTAATATTCGGTGTCCCACCATTTT‑TTTTGGTTTTTGGCGCGTCTCCTCAAACCCCCATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTg < 2:913576/150‑1 (MQ=255) ttGCGTTCCTTGTTTTATTTTGGGCCCTGTTGCTTTCCC‑ATATTTATTAATTTTCTGCGTGCCCAATTTAT‑TTTTGGTTTTTGTCGGTTTTCCGGCAACTTCTAATTCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTgg < 2:509185/149‑1 (MQ=255) cGTTCCTTTTTTGATTTTGGTGCCTGTGGTTATGCC‑ATAATTATTAATCTTCTGTGTGCCCCCATTAA‑TTATGGTTTTTGTCGCTTTTCCTTCAACATCCATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGtt < 1:535729/148‑1 (MQ=255) ttCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCC‑ATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAA‑TTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTaaa > 2:446193/1‑149 (MQ=255) ccGTTGTTGATTTTGGTGCCTTTGGTTATGCA‑ATAATTATTAATATTCTGTGTCCCACCATTAT‑TTATGTTATTTGTCGCTTTTCCTCAAACATCCATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTaaaa < 2:320565/148‑1 (MQ=255) ccGCTTTTGTTTTTGGTGCTTTTGGTTATGCC‑ATAATTATTAATATTCTGTGTCCCACAATTAT‑TTATGTTTTTTGTCGCGTTTCCTCCAACATCCATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACt < 2:229349/150‑1 (MQ=255) cGCTTTTGATTTGGGTGCCTGTGGCTATGCA‑ATATTTATTAATATTCTGTGTCCCACAATTAA‑TTATGGTTTTTGCCGCGTTTCTTGCACAACCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAAc < 1:1028207/148‑1 (MQ=255) 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c‑ATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAA‑TTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCtt > 1:356329/1‑151 (MQ=255) tttttaATATTTTGTTTGCACCCATTAA‑TTATGTTTTTTGTCGTGTTTCCTCCAACATCAATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGttt < 1:4465/147‑1 (MQ=255) tattaATATTCTGTGTGCCACCATTAA‑TTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGc > 2:1089194/1‑151 (MQ=255) tattaATATTCTGTGTCCCACCATTAA‑TTATGGTTTTTGTCGCTTTTCCTGCAACATCCATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTg < 2:597351/150‑1 (MQ=255) attaATATTCTGTGTGCCACCATTAA‑TTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGcc > 2:81901/1‑151 (MQ=255) taATATTCTGTGTGCCACCATTAA‑TTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCg > 2:408983/1‑150 (MQ=255) atttttCTGTGTCCCACATTTAA‑TTATGTTTTTTGTCGCTTTTCCTGCAACATCAATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCg < 2:1193347/145‑1 (MQ=255) ttttttgttttccaccaTTAA‑TTATGATTTTGGCCGATTTTCATTAATCATCAAAAACACCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGaa < 2:109256/138‑1 (MQ=255) tCTGTGTGCCACCATTAA‑TTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCat > 1:962227/1‑150 (MQ=255) tgtgCCACCATTAA‑TTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCg > 2:339683/1‑151 (MQ=255) 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cgcgTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTcc > 1:351449/1‑151 (MQ=255) gcgTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTcc > 2:669223/1‑150 (MQ=255) gcgTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTcc > 1:772293/1‑150 (MQ=255) cgTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTcc > 1:390921/1‑149 (MQ=255) gTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGc > 1:717284/1‑151 (MQ=255) tttCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGc > 1:709767/1‑150 (MQ=255) tttCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGc > 2:288111/1‑150 (MQ=255) tttCCTGAAACATCCATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTcc < 2:801609/147‑1 (MQ=255) ttcccTGCAACATCCATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGtttt < 2:653506/142‑1 (MQ=255) aaCACCCATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAACACATTg < 1:535767/151‑1 (MQ=255) cATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCTTTGGTCAAAACTGACATTGTGCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTGGCCGAACCATAGGCGTTTATGTCTAAATGACCACAGTTTTCCAGCAACACATTg > 2:73620/1‑149 (MQ=255) cATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAACACATTGTc > 2:715683/1‑151 (MQ=255) ccATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAACACATTGTCTg < 1:1260084/150‑1 (MQ=255) ccATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAACACATTGTCTGc > 1:1152819/1‑151 (MQ=255) aCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAACACATTGTCTGCCACGt > 2:505274/1‑151 (MQ=255) | AGGATATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGATATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCC‑ATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAA‑TTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAACACATTGTCTGCCACGT > NC_000913/2781496‑2781795 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |