| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,001,911 | 0 | G | A | 47.9% | 57.4 / 47.3 | 71 | intergenic (‑122/+199) | fliA/fliC | RNA polymerase, sigma 28 (sigma F) factor/flagellar filament structural protein (flagellin) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/6); new base A (0/34); total (31/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.19e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCAT > NC_000913/2001764‑2002061 | ccTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGaaa < 1:711937/151‑1 (MQ=255) aGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑ACAGGTAAAGTCCAGGCAGAAAAAAA‑c < 1:795760/151‑1 (MQ=255) gCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑cc > 1:961564/1‑151 (MQ=255) ggTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑cccc > 1:1220083/1‑151 (MQ=255) ggTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑cccc > 2:1151354/1‑151 (MQ=255) ggTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑cccc > 1:258665/1‑151 (MQ=255) ataGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCccgcc > 1:218686/1‑151 (MQ=255) tGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTgg > 2:660032/1‑150 (MQ=255) 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taatatGGTTTATCGGCTTGATTTTCCTTTTCGGGGGGGTTTTAAATGGGACAATTAGGGGGAAAAAGGGGGGTTTTTTTGGGGG‑TT‑GGGGGAAAATACAAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaa < 2:529704/145‑1 (MQ=255) tataTGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGGGGGGTTATTTGGGGG‑AT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 2:138015/1‑150 (MQ=255) tatGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGGTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgcgc > 1:583000/1‑151 (MQ=255) gTTATCGGCATAATTATCCGTTTCTGAAGGTTTTTTAATCGGACGATTGGGGGGTAAAAGGGGGGGTTTTTTGGGGG‑TA‑ACAGGAAATTCCCAGAAAGAAAAAAG‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTa < 1:335576/150‑1 (MQ=255) gTTACCGGCATGATTACCCTTTTCTGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTAAAAGGAGGGTTTTTTTGGGGT‑TA‑ACAGTAAAATCCCAGAAAAAAAAACA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCttt < 1:208067/149‑1 (MQ=255) 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CCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCAT > NC_000913/2001764‑2002061 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |