| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,001,918 | 0 | A | C | 43.5% | 99.4 / 12.8 | 71 | intergenic (‑129/+192) | fliA/fliC | RNA polymerase, sigma 28 (sigma F) factor/flagellar filament structural protein (flagellin) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/7); new base C (0/30); total (32/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.31e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGG > NC_000913/2001769‑2002065 | aGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑ACAGGTAAAGTCCAGGCAGAAAAAAA‑c < 1:795760/151‑1 (MQ=255) gCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑cc > 1:961564/1‑151 (MQ=255) ggTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑cc‑cc > 2:1151354/1‑151 (MQ=255) ggTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑cc‑cc > 1:1220083/1‑151 (MQ=255) ggTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑cc‑cc > 1:258665/1‑151 (MQ=255) ataGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CC‑ccgcc > 1:218686/1‑151 (MQ=255) tGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CC‑CCGCCGGTgg > 2:660032/1‑150 (MQ=255) aCGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CC‑CCGCCGGTGGCGGGGa > 1:1135843/1‑149 (MQ=255) 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tataTGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGGGGGGTTATTTGGGGG‑AT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 2:138015/1‑150 (MQ=255) tatGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGGTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgcgc > 1:583000/1‑151 (MQ=255) gTTATCGGCATAATTATCCGTTTCTGAAGGTTTTTTAATCGGACGATTGGGGGGTAAAAGGGGGGGTTTTTTGGGGG‑TA‑ACAGGAAATTCCCAGAAAGAAAAAAG‑CC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTa < 1:335576/150‑1 (MQ=255) gTTACCGGCATGATTACCCTTTTCTGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTAAAAGGAGGGTTTTTTTGGGGT‑TA‑ACAGTAAAATCCCAGAAAAAAAAACA‑CC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCttt < 1:208067/149‑1 (MQ=255) ttacgggCATGTTTTTCCTTTTCTGCAGGTTTTTTAAGCGGAGGTTTGGTGGGGGAAATG‑GGGGTTTTTTGGGGGTTT‑ACGGGAAAATCCCGGGCAAAAAAAAA‑CC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTAt < 2:893463/145‑1 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCTTTTCTGCAGGTTTTTTAATCGGACTATTAGTGGGGGAAAGGAGGGTTTATTTGGGGG‑TT‑ACAGGTAAATTCCAGGAAAAAAAAAA‑CC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGt < 2:1134485/150‑1 (MQ=255) cGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGGTg > 1:576268/1‑150 (MQ=255) cGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGAGGGTGAAATGAGGGGTTCTTTGGGGG‑CT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CC‑ACGCCGGCGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTctgctgt > 2:814953/1‑150 (MQ=255) ggCATGATTATCCGTTTCGGCGGGTTTTTTAATCGGAGTATTAGGGGGTAAAATGAGGGGTTTTTTGGGGG‑TA‑ACAGGAAAATCCCAGGAAAAAAAACC‑CC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTg < 1:927804/149‑1 (MQ=255) gCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGcc > 1:1162434/1‑150 (MQ=255) 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gAAAAAAA‑CC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCAt > 1:939692/1‑151 (MQ=255) aaaa‑CC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAgg > 2:929782/1‑151 (MQ=255) | AGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CC‑CCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGG > NC_000913/2001769‑2002065 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |