| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,104,077 | (T)8→7 | coding (433/1119 nt) | wbbK ← | lipopolysaccharide biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,104,070 | 0 | T | . | 98.8% | 389.2 / ‑2.7 | 81 | coding (440/1119 nt) | wbbK | lipopolysaccharide biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base . (49/31); total (49/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
AAGGGTTATTCTTAAATTGAGAATCATCATCAGTAAGTTGGCTTTTATCAGATAATTTAATTTCTGGCCGACTGACAATGATGTTATTTATAGAATATTTCTTGATAAATTTTTCTTTCATCCAGAATTGTTGAACAAACACTGCAGTATTTTTTTTAATGTTTATTTTATATATCAGCCCGTATAGCATTTTAAATAAGAAAAAGCTAGGCTCCATAAGAATTTCACGGAATAAAATTCCTTTATAAAAAGGTGCAGGGTTATGACAATACACATATCTTTTTTTAGTGACGACA > NC_000913/2103921‑2104216 | aaGGGTTATTCTTAAATTGAGAATCATCATCAGTAAGTTGGCTTTTATCAGATAATTTAATTTCTGGCCGACTGACAATGATGTTATTTATAGAATATTTCTTGATAAATTTTTCTTTCATCCAGAATTGTTGAACAAACACTGCAGTAt < 1:75367/150‑1 (MQ=255) gTTATTCTTAAATTGAGAATCATCATCAGTAAGTTGGCTTTTATCAGATAATTTAATTTCTGGCCGACTGACAATGATGTTATTTATAGAATATTTCTTGATAAATTTTTCTTTCATCCAGAATTGTTGAACAAACACTGCAGTAtttttt < 1:189761/151‑1 (MQ=255) aTTCTTAAATTGAGAATCATCATCAGTAAGTTGGCTTTTATCAGATAATTTAATTTCTGGCCGACTGACAATGATGTTATTTATAGAATATTTCTTGATAAATTTTTCTTTCATCCAGAATTGTTGAACAAACACTGCAGTAttttttta > 1:522851/1‑149 (MQ=255) tCTTAAATTGAGAATCATCATCAGTAAGTTGGCTTTTATCAGATAATTTAATTTCTGGCCGACTGACAATGATGTTATTTATAGAATATTTCTTGATAAATTTTTCTTTCATCCAGAATTGTTGAACAAACACTGCAGTAtttttttaat < 1:446215/150‑4 (MQ=255) tAAATTGAGAATCATCATCAGTAAGTTGGCTTTTATCAGATAATTTAATTTCTGGCCGACTGACAATGATGTTATTTATAGAATATTTCTTGATAAATTTTTCTTTCATCCAGAATTGTTGAACAAACACTGCAGTATTTTTTTTAATg < 2:876340/149‑1 (MQ=255) tAAATTGAGAATCATCATCAGTAAGTTGGCTTTTATCAGATAATTTAATTTCTGGCCGACTGACAATGATGTTATTTATAGAATATTTCTTGATAAATTTTTCTTTCATCCAGAATTGTTGAACAAACACTGCAGTA‑TTTTTTTAATGttt > 2:384035/1‑151 (MQ=255) tAAATTGAGAATCATCATCAGTAAGTTGGCTTTTATCAGATAATTTAATTTCTGGCCGACTGACAATGATGTTATTTATAGAATATTTCTTGATAAATTTTTCTTTCATCCAGAATTGTTGAACAAACACTGCAGTA‑TTTTTTTAATGt < 1:757930/149‑1 (MQ=255) aaaTTGAGAATCATCATCAGTAAGTTGGCTTTTATCAGATAATTTAATTTCTGGCCGACTGACAATGATGTTATTTATAGAATATTTCTTGATAAATTTTTCTTTCATCCAGAATTGTTGAACAAACACTGCAGTA‑TTTTTTTAATGttt > 2:291467/1‑150 (MQ=255) 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tttaatttCTGGCCGACTGACAATGATGTTATTTATAGAATATTTCTTGATAAATTTTTCTTTCATCCAGAATTGTTGAACAAACACTGCAGTA‑TTTTTTTAATGTTTATTTTATATATCAGCCCGTATAGCATTTTAAATAAGAAAAAGc > 1:104400/1‑151 (MQ=255) tttaatttCTGGCCGACTGACAATGATGTTATTTATAGAATATTTCTTGATAAATTTTTCTTTCATCCAGAATTGTTGAACAAACACTGCAGTA‑TTTTTTTAATGTTTATTTTATATATCAGCCCGTATAGCATTTTAAATAAGAAAAAGc > 1:514608/1‑151 (MQ=255) aatttCTGGCCGACTGACAATGATGTTATTTATAGAATATTTCTTGATAAATTTTTCTTTCATCCAGAATTGTTGAACAAACACTGCAGTA‑TTTTTTTAATGTTTATTTTATATATCAGCCCGTATAGCATTTTAAATAAGAAAAAGCTa < 2:618576/150‑1 (MQ=255) aatttCTGGCCGACTGACAATGATGTTATTTATAGAATATTTCTTGATAAATTTTTCTTTCATCCAGAATTGTTGAACAAACACTGCAGTA‑TTTTTTTAATGTTTATTTTATATATCAGCCCGTATAGCATTTTAAATAAGAAAAAGCTAg < 2:223475/151‑1 (MQ=255) atttCTGGCCGACTGACAATGATGTTATTTATAGAATATTTCTTGATAAATTTTTCTTTCATCCAGAATTGTTGAACAAACACTGCAGTA‑TTTTTTTAATGTTTATTTTATATATCAGCCCGTATAGCATTTTAAATAAGAAAAAGCTAgg > 2:261235/1‑151 (MQ=255) 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gCAGTA‑TTTTTTTAATGTTTATTTTATATATCAGCCCGTATAGCATTTTAAATAAGAAAAAGCTAGGCTCCATAAGAATTTCACGGAATAAAATTCCTTTATAAAAAGGTGCAGGGTTATGACAATACACATATCTTTTTTTAGTgacgac > 1:610737/1‑151 (MQ=255) cAGTA‑TTTTTTTAATGTTTATTTTATATATCAGCCCGTATAGCATTTTAAATAAGAAAAAGCTAGGCTCCATAAGAATTTCACGGAATAAAATTCCTTTATAAAAAGGTGCAGGGTTATGACAATACACATATCTTTTTTTAGTGACGACa < 2:1036566/151‑1 (MQ=255) | AAGGGTTATTCTTAAATTGAGAATCATCATCAGTAAGTTGGCTTTTATCAGATAATTTAATTTCTGGCCGACTGACAATGATGTTATTTATAGAATATTTCTTGATAAATTTTTCTTTCATCCAGAATTGTTGAACAAACACTGCAGTATTTTTTTTAATGTTTATTTTATATATCAGCCCGTATAGCATTTTAAATAAGAAAAAGCTAGGCTCCATAAGAATTTCACGGAATAAAATTCCTTTATAAAAAGGTGCAGGGTTATGACAATACACATATCTTTTTTTAGTGACGACA > NC_000913/2103921‑2104216 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |