| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,487,163 | 0 | C | T | 41.5% | 64.1 / 24.1 | 53 | intergenic (+200/‑72) | hrpA/ydcF | putative ATP‑dependent helicase/DUF218 superfamily protein, SAM‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (8/23); new base T (22/0); total (30/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.43e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
TTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCA‑GTA‑TTC‑TTAAGGGAACGATAAGGA‑GGAACCATGAAC‑ATTACCCC‑GTTTCCGACGCTTTCGCCGGCAACTATAGATGCCATAAATGTTATCGGACAGTGGCTGGCGCA > NC_000913/1487016‑1487311 | tttttATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTtcct < 1:345941/150‑1 (MQ=255) ttttATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTtcctc < 2:329440/150‑1 (MQ=255) ttattaATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAAGATATAAGATTtcctcc > 1:249505/1‑149 (MQ=255) 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aaaaCGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAAGACAAACGAATTTCTCCTTTTTGAGTg > 1:429098/1‑148 (MQ=255) aaaCGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTTTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTcc < 1:27708/151‑1 (MQ=255) aaaCGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAAGAAATACAATTTTtttctttcttggggcgcc > 2:370526/1‑141 (MQ=255) aCGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGAAAAACAATTttctcc > 2:762224/1‑135 (MQ=255) aaGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTtct < 1:92672/150‑1 (MQ=255) 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TTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCA‑GTA‑TTC‑TTAAGGGAACGATAAGGA‑GGAACCATGAAC‑ATTACCCC‑GTTTCCGACGCTTTCGCCGGCAACTATAGATGCCATAAATGTTATCGGACAGTGGCTGGCGCA > NC_000913/1487016‑1487311 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |