| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,378,802 | 0 | A | C | 51.4% | 97.8 / 132.4 | 73 | V48G (GTA→GGA) | ampC | penicillin‑binding protein; beta‑lactamase, intrinsically weak |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/3); new base C (0/37); total (32/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-17 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.03e-13 | |||||||||||
CCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAA‑CTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAGGGT > NC_000913/4378655‑4378949 | ccTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAA‑CTCAAACAACGTTTGCTGGGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCGGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGGTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTa‑ccg > 1:252665/1‑151 (MQ=255) aGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAA‑CTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTa‑ccg‑ccacc > 2:117808/1‑151 (MQ=255) gCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAA‑CTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTa‑ccg‑ccaccg > 2:1088808/1‑151 (MQ=255) gCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAA‑CTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTa‑ccg‑ccaccg > 1:841912/1‑151 (MQ=255) aaTAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAA‑CTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATATGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTa‑ccg‑ccaccgcc > 2:264173/1‑151 (MQ=255) aaTAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAA‑CTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTa‑ccg‑ccaccgcc > 2:928761/1‑151 (MQ=255) aTAGCTTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAA‑CTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑ccg‑ccaccgcca < 2:300949/151‑1 (MQ=255) gTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAA‑CTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATAccc > 1:1066581/1‑151 (MQ=255) ccccaacccccGCAAGTAATTTTTTTGCTGACCAAACCTAA‑CTAAAACACCTTTTGCTGGGTGAGGGGTTGTTTTTTGGCGATGCCCCCATACCCCCAGA‑AAAAGTAA‑AAGGTTT‑TCCCTTA‑ATAAT‑TTC‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGa < 2:198855/141‑1 (MQ=255) caAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAA‑CTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCtt > 1:920494/1‑151 (MQ=255) caAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAA‑CTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCtt > 1:85465/1‑151 (MQ=255) aaGCCCGCCAGAAATTGTTTTGCTGCCCGACCCAAA‑CTAAAACACCGTTTGTTGTGGGAGGGGCTGTTTTTGGGCGATGCCCCCATCCCCCCAGG‑AAAAGTAATAAGTTTT‑CCCC‑TA‑AAAAA‑TTC‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCt < 1:544131/149‑1 (MQ=255) aaGCCCGCAAGAAAATTTTTTGCTGCCCAAACCAAA‑CCAAAACACCTTTTGTTGTGTGAGGGCTTGTTTTTGGGGGATGCCCGCATACCCCAGGG‑AAAAGAAATAAGTTTT‑CCCT‑TA‑AAAAT‑TTC‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCttt < 1:715428/151‑1 (MQ=255) aaGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAA‑CTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCttt > 1:629317/1‑151 (MQ=255) aaGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAA‑CTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCttt > 2:542127/1‑151 (MQ=255) cccGCAAGTAATTTTTTTTCT‑ACCCAACCCAACCTAAAAAAGCTTTTGCTGTGTGGCGGGCTGTTTTTGGGCTTGCCCCCCATCCCCCCAGG‑AAAAATAAT‑AGGTTT‑TCCC‑TT‑AAAAATTTC‑CCC‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTttgt < 2:84965/149‑1 (MQ=255) cACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAA‑CTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTttgt > 2:930031/1‑151 (MQ=255) cGCCAGTAATTGTTTCGCGGACCGACCCGAG‑CAAAAACACTTTTTGCTGTGTGGGGGGCTCTTTTTTGGCGTCGCCCGCATCCCCCCGGG‑AAAAATAATAAGGTTT‑TCCT‑TA‑AAAAT‑TTC‑CCC‑CCTCCGCCATACCCGGGATCTTttgtt < 2:815479/150‑1 (MQ=255) cGCCAGTAAGTGTTTTGCGTCCCAACCCAAA‑CCAAAACAATTTTGGCTGTGTGAGGGGCTTTTTTTGGGCGATGCCCGCATGGCCCCGGT‑AAAAGTAA‑AAGGTTT‑TCCCTTA‑ATAAA‑TCC‑CCC‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTttgttg < 2:312428/151‑1 (MQ=255) caagaaattttttgGCTGCCCAACCCAAA‑CTAAAACAACGTTTGTTGTGTGCGGGGCTTTTTTTTGGCAATGCCCGCATCCCCCAAGG‑AAAAGAAATAGGTTTT‑CCCT‑TA‑AAAAA‑TCC‑CCC‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTttgttg < 2:795294/139‑1 (MQ=255) aGTAAGTGTTTTGCTACCCAAACTTAT‑CAAAAACAACGTTTGTTTTGTGGCGGGCTTTTTTTTGGCGATCTCCACATA‑CCCCCGG‑AAAAATTAAAAGGTTTCCCCC‑TA‑ATAAA‑TTC‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGc < 1:217504/148‑1 (MQ=255) tAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAA‑CTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCtat > 1:1099730/1‑151 (MQ=255) aatttttttCCTGCCCAAACCCAA‑CCAAAACAGCTTTTGCTTTGTGGGGGGTTGTTTTTGGGCATTGTCGCCAGCCCCCGAGG‑AAAAAAAATAA‑GTTT‑TCCA‑AT‑AAAAA‑TTACCCC‑CCCCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCta < 2:982997/144‑1 (MQ=255) aaaTGTTTTGCTGACCGAACCTAA‑CTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCtat > 1:781989/1‑150 (MQ=255) aaaTGTTTTGCTGACCGAACCTAA‑CTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCtat > 1:219118/1‑150 (MQ=255) aaaTGTTTTGCTGACCGAACCTAA‑CTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCtat > 2:557747/1‑150 (MQ=255) aaaTGTTTTGCTGACCAACCCTAC‑CTAAAACAACGTTTGTTGTGTGACGGGCTTTTTTTTGGCGATGCCCGCATACCCCCAGG‑AAAAGTAATAAGTTTT‑CCCC‑TA‑AAAAA‑TTC‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGctc < 1:718096/147‑1 (MQ=255) aaTTTTTCGCAGACCGAACTTAA‑CAAAAACAACGTTTGTGGTGCGGTGGGCTTTTTGTGGGCGTTTCCCGCCTGGCCACGGG‑TAATGAAAAAGGTTTT‑GCCC‑TA‑AAAAT‑TCT‑CTC‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCtata < 2:276984/150‑1 (MQ=255) tGTTTTGCGGACGAAACCTAA‑CAAAAACAACTTTGGCTGGGGGGCGGGGTGTTTTTGGGGGATCGCCGAATTGCCCCAGA‑TAAAGAAATAGGGTTT‑CCCC‑TA‑AAAAT‑TTC‑CCG‑CCTCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAg < 1:418930/150‑1 (MQ=255) ttttgcgccccGAACCAAA‑CTCAACCAAGGTTTGCTGTGTGGCGGGCTGTTTTTTGGCGTTCCCCGCATCCCCCCGGG‑AAATTTAATAATGTTT‑CCCC‑AG‑AAAAA‑TCC‑CCG‑CCGCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCg < 2:470761/141‑1 (MQ=255) ttGCTGCCCGACCCTAA‑CTCAAACAACTTTTGCTGTGTGACGGGCTTTTTTTGGGCGATGTCCGCATACCCCCAGG‑AAAAGTAATAAGTTTT‑CCCC‑TA‑AAAAA‑TTC‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCggg < 1:72868/150‑1 (MQ=255) tGCTGACCGAACCTAA‑CTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGt > 1:1061592/1‑151 (MQ=255) tGACCGAACCTAA‑CTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTaa > 1:975954/1‑150 (MQ=255) cGAACCTAA‑CTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATtg > 1:68430/1‑149 (MQ=255) aa‑CTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGc > 1:52483/1‑150 (MQ=255) accccaaacatgttttGCTGTGTGACGGGTTCTTTTTTGGCATTTTCCGCATAGCCCAAGT‑TAAAGAAATAAGTTTT‑CCCC‑TA‑AAAAA‑TTA‑CCC‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATg < 1:792859/136‑1 (MQ=255) ccaaaaatacGTTTGCTGTTTGCCGGTCTGTTTTTGGGCAATGCCCCCATA‑CCCCAGA‑TAAAATAAATAGTTTT‑TCCC‑CT‑TTAAA‑ATC‑CCGCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGcaca < 2:267051/143‑1 (MQ=255) cAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAat > 2:554700/1‑151 (MQ=255) aaaCAACGTTTGTTGTGTGAGGGGCTGTTTTTGGGCGATGCCCGCAT‑CCCCCAGGAAAAAGTAATAAGTTTT‑CCCC‑TG‑AAAAA‑TCC‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGAt < 2:1066425/143‑1 (MQ=255) tttttcttatgtgAGTGGCTGTTTTTTGGCAACGTCCGCCCGGCCCCAGA‑AAAAGAAATAGGGTTA‑ACCC‑TA‑TAAAA‑TTC‑CCC‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGtt < 2:358179/141‑1 (MQ=255) tttGCTGTGTGAGGGGCTGTTTTTGGGCGATGCCCGCATACCCCCAGG‑AAAAGAAAAAAGTTTT‑CCCC‑TA‑ATAAA‑TTC‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGtt < 1:981734/148‑1 (MQ=255) tttGCTGTGGGCGGGGCTGTTTTTGGGCGATGCCCGCATACCCCAAGA‑AAAAGTAATAATTTTT‑CCCC‑TA‑ATAAA‑TTC‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGtt < 2:428947/148‑1 (MQ=255) tGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGAttt > 1:517363/1‑151 (MQ=255) tgtgACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttgttg > 2:68502/1‑150 (MQ=255) tgtgACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttgttg > 2:461109/1‑150 (MQ=255) gtgAGGGGTTGCTTTTTGGGGTTGCCCGCATAGCCCCAGT‑TAAAGAAAAAGGGTTT‑CCCC‑TA‑ATAAA‑TCC‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGa < 1:1040541/150‑1 (MQ=255) tggcGGGTTGTTTTTTGGCGATGCCCGCTTAGCCCTGGG‑AAAATAAAGAAGTTTT‑CCCT‑TA‑AAAAT‑TTC‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttgttg < 1:1045841/145‑1 (MQ=255) ggggtctgctTTTTGGAGTTGCCCGAATGCCCACAGT‑TAAAATAAT‑ATGTTT‑TCCC‑TGTAAAAA‑TTC‑CCG‑CAGCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAgg < 1:1063881/144‑1 (MQ=255) gggCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGgc > 1:540852/1‑150 (MQ=255) gctgctTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGCAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTCGTTGAGGGgcag > 1:121503/1‑150 (MQ=255) tttttGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAtg > 1:1099215/1‑151 (MQ=255) ttttggggtaTGCCCGAATAGCCCCAGG‑AAAAATAATAAGTTTT‑CCCC‑TA‑AAAAA‑TTC‑CCC‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAt < 1:436207/141‑1 (MQ=255) ttttgGGCGATGCCCCCATACCCCCAGG‑AAAAGAAATAAGTTTT‑CCCC‑TA‑AAAAA‑TTC‑CCC‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGgcagca < 1:736983/147‑1 (MQ=255) ggggATGCCCGCATACCCCAAGA‑AAAAGTAATAAGTTTT‑CCCC‑TA‑AAAAA‑TTC‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGa < 2:187120/147‑1 (MQ=255) ggCGATGTCCGCATACCCCCAGA‑AAAAGTAAAAGGTTTT‑CCCC‑TA‑AAAAA‑TTC‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTgg < 1:555881/149‑1 (MQ=255) cccaaacccccAGG‑AAAAATAAAAGGGTTT‑CCCC‑TA‑AAAAA‑TTC‑CCC‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCg < 2:641742/144‑1 (MQ=255) agaccccaAGG‑AAAAGAAATGAGTTTT‑CCCC‑TA‑AAAAA‑TCC‑CCC‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGt < 2:685126/146‑1 (MQ=255) tAGCCCAAGG‑AAAAGTAATAAGTTTT‑CCCT‑TG‑ATAAA‑TTC‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCgg < 1:1043403/148‑1 (MQ=255) aaccccaAGG‑AAAAGTAAAAAGTTTT‑CCCT‑TA‑AAAAA‑TCC‑CCC‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGtaa < 2:28212/148‑1 (MQ=255) cccAGG‑AAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTC‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGtaattaa < 1:166723/151‑1 (MQ=255) cccAGA‑AAAAGTAATATGTTTT‑CCCC‑TA‑AAAAT‑TCC‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGtaattaa < 2:643437/151‑1 (MQ=255) aGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATtaata > 2:652729/1‑150 (MQ=255) gg‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATtaata > 1:242791/1‑149 (MQ=255) gg‑TAAAGTAAAAGGTTTT‑ACCC‑GA‑ATAAA‑TCC‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATtaataa < 1:217891/150‑1 (MQ=255) gaaaaaGTAAAAAGTTTT‑CCCT‑TG‑AAAAA‑TAC‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATtaataa < 2:121069/147‑1 (MQ=255) aaaGTAATAATCTTT‑CCCT‑TG‑AAAAT‑TTC‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGgcg < 2:1103860/151‑1 (MQ=255) aaaGAAAAAAGTTTT‑ACCT‑TG‑AAAAT‑TTC‑CCC‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGgcg < 1:854924/151‑1 (MQ=255) aaGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGgcgc > 2:94969/1‑151 (MQ=255) gTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGgcgc > 1:1112914/1‑149 (MQ=255) aataaGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGgcgc > 1:183962/1‑147 (MQ=255) aataaGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCag > 1:1036386/1‑149 (MQ=255) ataaGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCagag > 2:915492/1‑150 (MQ=255) aaGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGcgt > 1:981210/1‑151 (MQ=255) tttt‑CCCT‑TG‑AAAAA‑TTC‑CGT‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGc < 1:1021795/145‑1 (MQ=255) aTAAA‑TTC‑CCG‑CCCCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACAt < 1:143717/150‑1 (MQ=255) tAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGATCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACAt > 2:1076975/1‑149 (MQ=255) aaa‑TTC‑CCC‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAg < 2:343461/150‑1 (MQ=255) a‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAggg > 2:369580/1‑150 (MQ=255) a‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAGGGt > 2:793198/1‑151 (MQ=255) | CCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAA‑CTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGG‑TAAAGTAATAAGGTTT‑ACCC‑TG‑ATAAA‑TTA‑CCG‑CCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAGGGT > NC_000913/4378655‑4378949 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |