| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,665,702 | 0 | C | A | 42.4% | 85.3 / 37.1 | 67 | A37S (GCG→TCG) | gadX | acid resistance regulon transcriptional activator; autoactivator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/12); new base A (0/28); total (26/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.15e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATG > NC_000913/3665555‑3665852 | gatgaACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCaaa < 2:322252/151‑1 (MQ=255) cGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAg < 2:1148553/151‑1 (MQ=255) gAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAgg < 2:547054/151‑1 (MQ=255) gAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAgg < 1:1125307/151‑1 (MQ=255) aTGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CAcc > 1:288078/1‑151 (MQ=255) gaagaaACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCg < 1:130270/150‑1 (MQ=255) gaagaaACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGc > 1:69076/1‑151 (MQ=255) gaagaaACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGc > 2:364048/1‑151 (MQ=255) agaaACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGcc > 1:32247/1‑150 (MQ=255) tATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCg > 2:367203/1‑151 (MQ=255) aTGGGCATAAAGTTTAAATGCCTCCTCCTTGACCAGCGGGAAAAATAAGAAAG‑GCGTGCCCCTTGACAC‑AAAAAAAAATTTT‑CAAACACTCTTATCTACAAGATTTTGGCTTGCACCCCAAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCg < 1:668972/150‑1 (MQ=255) gtgaaggaaatttaaaTCCCTCCTCTTGGAGCATGGGAAAAAAAAATGAAG‑GCGTGTCCCTTGACACAAAAAAAAAATTTC‑A‑AACCCACTTATCTCCTAAATTTTGGTTTGCACCCGAAAAACCCGGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCg < 1:379146/134‑1 (MQ=255) tgCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGatat > 2:499479/1‑151 (MQ=255) aTGAAGTTTTAATGCCCCCTCCTTGAGAATCGGAAAAAATAATAAAA‑GCGTGTCCCTTGACCAGAATACAAAATTTA‑C‑AACCCCCTTATCTACTAAAATTGGGCTTGCATCCGAAAAACCGAGTT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCa < 1:1183335/151‑1 (MQ=255) aaaaTTAAATCCCTCCTCGTTGA‑CACGCGGAAAAAAAAAGAAAGGGGTGTCCTTAAACAAAAAAAAAAAATTTT‑C‑AACACCCTTACCTACAAAATTTTGGTTTCCATCCACAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCAc < 1:748235/146‑1 (MQ=255) aaGATTAAATGCCTCCTCCTTGAGCATGGGGAAAAATAATGAAG‑GCGTGTCCTTTGACACAAATAAAAAATTTT‑A‑AACACACTTATCTACTCAATTTTGGTTTGCATCCGAAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATAtt < 1:566863/146‑1 (MQ=255) aTTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCAtt > 2:262142/1‑150 (MQ=255) aTTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCAtt > 2:774676/1‑150 (MQ=255) aTTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCAtt > 2:651568/1‑150 (MQ=255) tttAATGCCTCCCCCTTGAGCATGGGGAAAAAAAAGGAAA‑GTGTGTCCTTTGACAAAAAAAAAAAATTAA‑C‑ATCACACTTATCTACAAAATTTTGGTTTGCCTCAGCAAAAACCAGCT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCAtt < 1:963347/149‑1 (MQ=255) aaTGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAAAAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATAAAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCAAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAcc < 2:576923/150‑1 (MQ=255) aaTCCCTCCCCCTTGAGCATCGGAAAAAAAAATGAAA‑GCTTGCCCTTTGACACAAATAAAAAATTTA‑A‑AACACATTTATCTCCCCGATTTTGGCTTGCACCCGAAAAACCCAGGC‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCa < 2:249664/151‑1 (MQ=255) atcccccctcctAGAGAATGGGGAGAAATATTAAAC‑GTGTGTCCTTTGACAAAAATAAAAAATTTT‑C‑AACCCTCTTATTTACTCGATTTTGGTTTCCACCCAAAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCAt < 1:445231/145‑1 (MQ=255) ccccccctttgacaaTCGGAAAAAATAATAAAT‑GGTTGTCCTTTGCCCCAAATAAAAAATTTT‑C‑AACCCTTTTTTCTTATATAATTGGGCTTCCCTCAGAAAACACCGGGT‑CCCCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATgg < 1:122044/136‑1 (MQ=255) gCATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATAttt > 1:141853/1‑151 (MQ=255) cATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATAttt > 2:771599/1‑150 (MQ=255) gggAAAAATAAGGAAA‑GCGTCTCCCTTGACACAAATAAAAAATTTT‑C‑ACCCCCCTTTTCTCCTCAAATTTGGCTTGCCTCCACAAAACCGAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTc < 2:1103200/151‑1 (MQ=255) agaAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTg > 1:151950/1‑151 (MQ=255) 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a‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAAtt > 1:425002/1‑150 (MQ=255) tgtCCCTTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCaa > 2:366492/1‑144 (MQ=255) tGACACAAAAACAAAATTTC‑C‑AACACCCTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCACCCGAAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACaa < 1:38273/145‑1 (MQ=255) aacacAAATAAAAAATTTT‑C‑ACCCCCCTTACCTACTCGATTTTGGCTTCCACCCAAAAAAACCAGTT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCa < 1:1092937/149‑1 (MQ=255) acacGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATg > 2:1060901/1‑151 (MQ=255) aaaaaaaaaaaaTTTT‑C‑ACCACTCTTTTCTCCTAAATTTTGCCTTGCACCCCAAAAAACCAGAT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGt < 1:564108/142‑1 (MQ=255) aaaaaaaaTTTTAC‑AACACCTTTATCTACTCAATTTGGGCTTGCACCCAAAAAACCCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCa < 1:610267/140‑1 (MQ=255) aTAAAAAATTTT‑C‑AACACCCTTATCTACTCGAATTGGGTTTGCATCCGAAAAACCCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCAt < 2:342117/144‑1 (MQ=255) aaaaaTTTA‑C‑AACACACTTATCTACACGAATTTGGTTTGCACCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTg < 1:912798/150‑1 (MQ=255) aaaaTTTT‑C‑AAAACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTg > 1:302162/1‑150 (MQ=255) aaTTTA‑C‑AACACATTTTTCTCCTCAATTTTGGCTTGCACCCAAAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCAt < 1:705638/151‑1 (MQ=255) aTTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCAt > 1:86107/1‑150 (MQ=255) tttc‑C‑AACACACTTATCTACTCGATTTTGGCTTGCACCCAAAAAACCCGGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATa < 1:193853/150‑1 (MQ=255) aaCACCTTTATCTACTCAATTTTGGCTTGCATCCAAAAAAACCAGTT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTg < 1:919626/149‑1 (MQ=255) aaCACACTTATCTACTCGATTTTGGCTTGCACCCGCAAAACCCAGTT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGa < 2:367129/150‑1 (MQ=255) aaCACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGAc > 2:888281/1‑151 (MQ=255) aaCACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGAc > 1:555263/1‑151 (MQ=255) acacacTTATCTACTCAAATTTGGCTTCCACCCGAAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACt < 2:34489/151‑1 (MQ=255) ttttCTACTCGATTTTGGCTTGCACCCG‑AAAAACCCGGTCCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAat < 2:792848/146‑1 (MQ=255) ttATCTCCTCAAATTTGGTTTGCACCCGAAAAACCCAGTT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTaa < 2:51475/148‑1 (MQ=255) ttATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAatat > 1:1172075/1‑151 (MQ=255) ttACCTACTCAAATTGGGCTTCCACCCGAAAAACCCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTa < 1:1062827/147‑1 (MQ=255) aTCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTGAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATAtt > 1:4067/1‑150 (MQ=255) ccccTCGATTTTGCCTTGCATCCACAAAAACCGGTT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATAtt < 2:715944/145‑1 (MQ=255) cTACTCAATTTTGCCTTGCACCCGAAAAACCCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAata < 2:822935/146‑1 (MQ=255) 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ggCTTGCACCCGAAAAACCCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTAc < 2:902009/151‑1 (MQ=255) cTTGCATCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTg > 2:833844/1‑151 (MQ=255) ttccacccacAAAAACCGGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTg < 1:665162/141‑1 (MQ=255) aTCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTttat > 1:307627/1‑151 (MQ=255) tCCGCAAAAACCAGGT‑CACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTttatt > 2:1061763/1‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |