| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,376,505 | 0 | A | C | 41.3% | 178.3 / 28.9 | 92 | T158P (ACC→CCC) | ycjR | putative TIM alpha/beta barrel enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/8); new base C (0/38); total (46/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.07e-18 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGT‑GAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCAT > NC_000913/1376361‑1376648 | ccgccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGT‑GAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCt < 1:553320/149‑1 (MQ=255)ccgccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGT‑GAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCg > 3:591385/1‑151 (MQ=255) tgccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGT‑GAATGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGc > 1:906950/2‑151 (MQ=255) gccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGT‑GAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGcc < 2:149850/151‑1 (MQ=255) gccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGT‑GAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGcc > 3:205840/1‑151 (MQ=255) gATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGT‑GAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGCCGAt < 3:397121/151‑1 (MQ=255) aTGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGT‑GAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGCCGATg > 1:864589/1‑151 (MQ=255) gACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGT‑GAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGCCGATGcc < 3:79156/151‑1 (MQ=255) gACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGT‑GAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGCCGATGcc < 1:286491/151‑1 (MQ=255) ccTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGT‑GAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGCCGATGCccg > 1:103219/1‑151 (MQ=255) cgccgcGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGT‑GAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGCCGATGCccgccg > 3:1273010/1‑151 (MQ=255) cgccgcGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGT‑GAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGCCGATGCccgcc < 1:583857/150‑1 (MQ=255) gTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGT‑GAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACAt > 2:136560/1‑151 (MQ=255) ccTGGACGGCGACCGCAAAATGGT‑GAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACAtcgtc > 1:546847/1‑151 (MQ=255) ggACGGCGACCGCAAAATGGT‑GAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGa > 3:864658/1‑150 (MQ=255) ggACGGCGACCGCAAAATGGT‑GAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGa > 3:350499/1‑150 (MQ=255) ggACGGCGACCGCAAAATGGT‑GAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGa > 1:1227617/1‑150 (MQ=255) aCGGCGACCGCAAAATGGT‑GAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGaaa > 2:261959/1‑150 (MQ=255) 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tgtATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGgc > 2:181259/1‑151 (MQ=255) aTCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCt > 3:1124702/1‑151 (MQ=255) aTCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCt > 3:352922/1‑151 (MQ=255) cccccctttaccccccTATCAGTTTC‑ATATCATCCCC‑CCCCCCGCCGATCCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCAt < 1:933245/136‑1 (MQ=255) aacccGTTATAAGGATC‑ATATAACCACC‑CCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACaa < 1:660998/144‑1 (MQ=255) aa‑CCGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACcgcg > 1:1233110/1‑151 (MQ=255) ccGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGAc > 3:186232/1‑151 (MQ=255) ccGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGAc > 2:404186/1‑151 (MQ=255) cgttaacAGGATA‑ATTTAACCACC‑CCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGa < 3:56925/143‑1 (MQ=255) cGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGAcc > 3:49971/1‑151 (MQ=255) cGCTATAAGGTTC‑ATATCATCACC‑CCCCTCGCCGATCCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACcgcg < 1:752836/148‑1 (MQ=255) cGCTACCAGAATC‑AAATGAAAAAC‑CCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGAcc < 3:580085/151‑1 (MQ=255) gCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCt > 1:1302852/1‑151 (MQ=255) tATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGc > 1:87383/1‑151 (MQ=255) aTCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCt > 3:962564/1‑151 (MQ=255) atGATCACC‑CCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCAtgtg < 3:258357/150‑1 (MQ=255) atGATCAAC‑CCCCGCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTg < 4:277501/138‑1 (MQ=255) gATCAAC‑ACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCat > 3:39930/1‑151 (MQ=255) accAAC‑CCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCa < 3:413411/147‑1 (MQ=255) | CCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGT‑GAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATC‑ATATGATCAAC‑ACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCAT > NC_000913/1376361‑1376648 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |